分子人類学（ぶんしじんるいがく、molecular anthropology）[1]とは、人類学の一分野。分子生物学を人類研究に応用して、ヒト集団の遺伝的系譜やその多様性、疾患との関連性を議論する場合が多い。広義の自然人類学に含めることがあるが、形質人類学には包含されない。
対象とする遺伝子はヒトのY染色体、ミトコンドリアDNA、常染色体さらにはヒトに感染するウイルスや細菌まで多岐にわたる。ウイルス学や免疫学とかかわりが深く、日本人の起源の解明も盛んに行われている。「分子生物学」、「人類学」、および「日本人#系統」も参照
用いられる主な指標
Y染色体ハプログループ
ミトコンドリアDNAハプログループ
HLAハプロタイプ
ATLレトロウイルス
Gm遺伝子
JCウイルス
ピロリ菌
日本の分子人類学者
尾本惠市
斎藤成也
崎谷満
佐藤陽一
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表
話
編
歴
分子人類学
指標
Y染色体ハプログループ
ミトコンドリアDNAハプログループ
HLAハプロタイプ
Gm遺伝子
HTLV-1
ATL
JCウイルス
ヘリコバクター・ピロリ
ABCC11（ドイツ語版）
耳垢
ALDH2
下戸遺伝子
COL7A1（英語版）
EDAR（英語版）
GALNT11（英語版）
MC1R（英語版）
OCA2（英語版）
成果
日本人の起源
縄文人の起源
弥生人の起源
大和民族の成り立ち
琉球民族の成り立ち
アイヌ民族の成り立ち
日本人バイカル湖畔起源説
アフリカ単一起源説
プロジェクト
学会・手法
ヒトゲノム計画
国際 HapMap 計画
ジェノグラフィック・プロジェクト
1000人ゲノムプロジェクト
ISOGG
遺伝子系図
学者
ルイジ・ルーカ・カヴァッリ＝スフォルツァ
スペンサー・ウェルズ
尾本惠市
村上和雄
ブライアン・サイクス
斎藤成也
崎谷満
篠田謙一
根井正利
日沼頼夫
スバンテ・ペーボ
デイヴィッド・ライク
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