公益法人制度改革（こうえきほうじんせいどかいかく）とは、2000年から2008年にかけて日本で行われた公益法人制度に関する制度改革である。
概説「骨太の方針」および「聖域なき構造改革」も参照
制度改革の目的は、民間非営利部門をして日本の社会経済システムの中でその活動の健全な発展を促進させるために、行政委託型公益法人を含めて1896年（明治29年）の民法で定められていた公益法人制度を抜本的に見直すことにある。すなわち、寄附金税制の抜本的改革を含めて、「民間が担う公共」を支えるための税制の構築を目指すことにある。その前提として法人税制の改革が進められている。
この公益法人制度を抜本的に改革するため、2006年3月に「公益法人制度改革関連3法案」が閣議決定され、同年5月に第164回通常国会において法案が成立した。2008年12月から施行され、新制度に移行している。その柱は、法人格取得と公益認定の切り離し、準則主義による非営利法人
の登記での設立、主務官庁制廃止と民間有識者からなる合議制機関による公益認定、公益認定要件の実定化、中間法人の統合、既存の公益法人の移行・解散などである。公益法人制度改革関連3法とは、以下の三つの法律から構成される。
「一般社団法人及び一般財団法人に関する法律」（平成18年法律第48号。一般社団・財団法人法）
「公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律」（平成18年法律第49号。公益法人認定法）
「一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律」（平成18年法律第50号。関係法律整備法）
制度改革のポイント
一般社団法人・一般財団法人
一般社団法人は、社員2名以上で設立可能で、設立時の財産保有規制は設けない。
一般財団法人は、純資産300万円以上で設立可能。
一般財団法人は、遺言でも設立可能。
準則主義（登記）によって法人格を取得（許可制は廃止）。
公益認定をうけても、法人格は一般社団法人・一般財団法人である（例えば「一般財団法人のみ許可する」という法があった場合、それは公益認定された財団法人にも及ぶ）。
主務官庁制は廃止となる（公益社団法人、公益財団法人も含めて）。
理事の任期は最大2年、監事の任期は最大4年と定められた。そのため株式会社と同様に休眠法人のみなし解散制度が設けられた。
公益社団法人・公益財団法人
公益社団法人・公益財団法人の認定は、内閣総理大臣および都道府県知事が行う。
有識者からなる合議制の委員会が上記行政庁から諮問を受け、公益認定、移行認定、移行認可について答申し、公益法人及び公益目的支出計画を実施中の一般社団法人・一般財団法人の実質的な監督権限を有する。
公益認定の要件（公益法人認定法第5条）は、公益目的事業支出が全支出の50%以上であることなど17項目。ほかに同法6条に欠格事由あり。「公益目的事業」の定義は、同法別表の23事業に該当し、なおかつ、不特定かつ多数の者の利益の増進に寄与するもの（同法2条）。
不特定かつ多数の者の利益の増進に寄与するものとして認定するための目安として、「公益目的事業のチェックポイントについて」が参照される。
「公益目的事業のチェックポイントについて」を含む「公益認定等に関する運用について（公益認定等ガイドライン）」が行政手続法第5条で義務づけられた審査基準として、内閣府及びすべての都道府県で公示されている。
特例民法法人の移行審査に際しての審査基準としては、公益認定等ガイドラインの他に、「移行認定又は移行認可の申請に当たって定款の変更の案を作成するに際し特に留意すべき事項について」がある（一般社団法人・一般財団法人を新設する際には、定款の審査は公証人と登記所が行う）。
公益目的事業については、公益法人認定法第5条第6号及び第14条の定め（公益目的事業の収入）から、「赤字事業でなければ認定されない」という誤解があるが、必ず（経常収益）?（経常費用）がマイナスでなければならないということはなく、赤字事業でなければ認定されないという認識は誤りである[4]。
新制度への移行
1896年（明治29年）以来、2008年11月30日までの公益法人は特例民法法人とし、2008年12月1日の法律完全施行日から5年以内に新制度に移行。
新制度上の公益法人への移行認定を申請し、認定を受けた場合は、公益認定を受けた一般社団・財団法人へ移行（ただし、移行のための登記が必要）となり、「公益社団法人」・「公益財団法人」の名称を用いなければならない。
通常の一般社団法人・一般財団法人（公益認定を受けない一般社団法人・一般財団法人）への移行認可を申請し、認可を受けた場合は、一般社団法人・一般財団法人へ移行（ただし、移行のための登記が必要）となり、「一般社団法人」・「一般財団法人」の名称を使わなければならない。
株式会社に移行することも可能。
5年以内に何もしなかった場合及び認定申請・認可申請が不許可となり、認定も認可も受けなかった場合は、移行期間の終了日をもって自動的に解散となる。
公益認定を受けない一般社団・財団法人へ移行する法人は、移行認可申請の際に合議制機関に既存の財産、及び、公益事業に付随する収入を当該事業で使い切るための「公益目的支出計画