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ビジョンフリーゼとトイプードルのミックス

雑種（ざっしゅ）は、広義には、異なる品種、系統、種などの間の交雑によって生じた仔をいう。狭義には特定の遺伝子に関してヘテロの状態の個体をいう。遺伝学、分類学、ペット市場など分野ごとに雑種の定義が異なり、交雑種、交配種、異種交配種と呼ばれるほかミックスと呼ばれることもある。
遺伝学

遺伝学では系統が異なる個体間交雑から得られる子を雑種という。両親が対立形質を持つ純系では、雑種は両親どちらかの発現する性質を優性遺伝子、発現の見られない性質を劣性遺伝子といい、対立遺伝子の中間が発現する場合を中間雑種という。
汎用用法

通常は確立された形質の異系統間交雑から産生された個体を雑種と呼ぶ。犬の異なる品種の間の仔や、ラン科の種間交雑によるものなどが例出される。

一般に生物は、近隣種を除いては交雑できないか、子が生まれても不妊になる場合が多い。これは生殖的隔離と呼ばれ、配偶行動、生殖器の構造、精子と卵子の表面にあるタンパク質によるカギ構造など、多層的な仕組みに由来するとされる。ただ亜種のような近いレベルでは交配が可能で、生まれた子には双方の遺伝的性質が現れる場合が多い。また、カイコ(n = 28)と日本産クワコ(n = 27)のように染色体の本数が異なっている種でも、遺伝的に近い種では種間交雑が可能であり、さらにその子孫にも妊性（稔性）があるという例もある[1]。ビションフリーゼとトイプードルのMIX犬ビションプー（こたつ）
ペットの場合アビシニアンとニホンネコの雑種。両方の特徴が見られる。

「犬」は元来一種類で、区分は人間の品種改良によるものであり、異品種間交配は可能である。仔は両者中間的か両者特徴を持つ「雑種」が得られることが大半である。品種特定が困難な場合も全国のペットショップで「MIX 父○○ 母○○」と呼ばれ、これらは商品価値が低く、品種維持のため雑種を生まない努力を要す。ドッグショーで雑種を出すショーは多くない。雑種から新品種が選ばれる場合もあり、新品種を作出するために雑種を作る場合もある。ブルテリアなどはその経緯が名に残されたものである。雑種という呼称はイメージが悪いため「ミックス」なる呼称が近年流行しているが、ラベルだけ張り替えても本質は変わらず、組み合わせにより奇形などの障害発生も多く、安易に行うのは好ましくない。交配する品種で体格差があったり、性質が違ったりする場合は問題が起きやすい。[2]

ウサギも雑種が多数販売されているが、全ての店舗で「仔うさぎ」という商品名で売られており、どの品種を交雑させたのか説明も無く、値段も他の品種とあまり変わらない。
種間の場合

分類学で種の分類でもっとも基本的と見なされているのは、交雑によって妊性(稔性)のある子(次世代)ができるかどうかを基準とする生物学的種概念である。したがって定義上、雑種を形成する二種は別種ではないのだが、記載されている生物種の多くは実際には形態や生態的特徴で分類されている。このような形態的種、生態的種の間の交配によって生まれた個体のことを雑種という。これには自然に生まれるものと、人為的なものがある。
野外の場合

野外の場合、雑種個体が見つかることはごく少ないのが普通である。生物の種は近縁なものがごく近いところに生息することは珍しくないが、それらの間で生殖的隔離が成立していない場合は二種に分かれず、融合するはずである。

しかし実際には、雑種が見られる場合もある。例えばセグロカモメのような輪状種の地域個体群やダーウィンフィンチ類が雑種を形成していることで有名である。そしてこれらは種とすべきか、別種とすべきかの議論を引き起こしている。

ニホンイシガメとクサガメの雑種が発見されることがあり、「イシクサガメ」または「ウンキュウ」とよばれている。この雑種は繁殖能力を持っており、ペットショップにはブリーディング個体も出回っている。かつてはイシガメ科イシガメ属とイシガメ科クサガメ属の属間雑種と言われたが、遺伝子解析をふまえた新しい分類ではニホンイシガメもクサガメもイシガメ属に分類されている。またイシガメ科ハコガメ属のセマルハコガメとイシガメ科ヤマガメ属のリュウキュウヤマガメの雑種も発見されている。