乳酸菌（にゅうさんきん）は、代謝により乳酸を産生する細菌類の総称。生育の為には糖類、アミノ酸、ビタミンB群、ミネラル(Mn , Mg , Fe等の金属)が必要な細菌類[1]。ヨーグルト、乳酸菌飲料、漬け物など食品の発酵に寄与する。一部の乳酸菌は腸などの消化管（腸内細菌）や膣に常在して、他の微生物と共生あるいは拮抗することによって腸内環境の恒常性維持に役立っていると考えられている。
細菌学的な位置づけ

乳酸菌という名称は、細菌の生物学的な分類上の特定の菌種を指すものではなく、その性状に対して名付けられたものである。乳酸発酵によって糖類から多量の乳酸を産生し、かつ、悪臭の原因になるような腐敗物質を作らないものが、一般に乳酸菌と呼ばれる。乳酸菌は、また、TCA回路を有さずその発酵の様式から、乳酸のみを最終産物として作り出すホモ乳酸菌と、ビタミンC[2]、アルコール、酢酸など乳酸以外のものを同時に産生するヘテロ乳酸菌に分類される[3]。また、その細菌の形状から、球状の乳酸球菌（にゅうさんきゅうきん）と桿状の乳酸桿菌（にゅうさんかんきん）に分類されることもある。ただし、これらはいずれも便宜的な分類名である。

一般に、乳酸菌と呼ばれて利用されることが多い代表的な細菌には、以下のような属が挙げられる。いずれも発酵によって多量の乳酸を産生するだけでなく、比較的低いpH条件下でよく増殖する。これらの菌にとって乳酸は発酵の最終産物であると同時に、それを作り出して環境を酸性に変えることで他の微生物の繁殖を抑え、自分自身の増殖に有利に導く役割を持つと考えられている。

但し、以下の要件を満たす菌類が乳酸菌とされている[1]。
グラム陽性

桿菌・球菌

芽胞=なし

運動性=なし

消費ブドウ糖に対して50%以上の乳酸を生成

ナイアシン(B3)を必須要求

ビタミンとの関係

ヘテロ型桿状乳酸菌（21株を実験対象）は例外なくB1、ニコチン酸（=ナイアシン(B3)）（またはニコチン酸アミド）およびパントテン酸(B5)を必須生長素として要求し、そのうちDL-乳酸を生産する13株はL. brevis 1株を除く他の12株がB2を要求しないのに対し、L-乳酸を生産する8株はすべてB2を要求した[4]。

ビフィズス菌は、パントテン酸(B5)をそのまま利用できずパンテチンを必要とし、また、リボフラビン(B2)を必要とするとされる[5]。ビフィズス菌（B. infantis、B. breve、B. bifidum、B. longum及びB. adolescentisのすべて）で菌体内にビタミンB1、B2、B6、B12、C、ニコチン酸(B3)、葉酸(B9)及びビオチン(B7)を蓄積し、菌体外にはビタミンB6、B12及び葉酸を産生した。ヒト（成人）の腸内の平均量のビフィズス菌の推定ビタミン産生量はビタミンB2、B6、B12、Cおよび葉酸で所要量の14-38%を占め無視できない割合と考えられる[6]。ただし、このうちビタミンB12については、内因子と結びついたビタミンB12が吸収される回腸の部位からさらに遠位の大腸でビタミンB12が産生されているので、ヒトは大腸で作られたビタミンB12を十分に吸収することができない[7]。
生育場所による分類

細菌学・分類学上の区別ではなく生育に利用する基質と生育場所による違いで、次の様に分けられる[1][8]。
腸管系乳酸菌[8]


動物の腸管に生息する。消化液耐性を有する種が多い[8]。腸管における菌数は、栄養分、酸素濃度、胃酸に対する耐性、胆汁酸に対する耐性、腸の免疫システムにより排除されないこと、腸壁への付着力、の要因が考えられる[9]。ヒトの糞便中1 gあたりの菌数は、ビフィズス菌が100億個、ビフィズス菌以外の乳酸菌が10-100万個であるといわれている[10]。

動物性乳酸菌


動物質に由来する乳酸菌で、主に乳発酵食品（チーズ、ヨーグルト）。欧米での研究の歴史が長い[1]。

植物性乳酸菌


岡田(1988)[11]により提唱された。植物質に由来する乳酸菌[8]で、主に味噌、醤油、漬け物、パン[12][13]。なお、漬け物などと同時に摂取する程度の付着量では摂食した菌種によるアレルギー反応抑制等の機能性は期待できないとの指摘がある[8][14]。

海洋乳酸菌


石川(2009)により提唱された[15]。海洋環境から分離した乳酸菌で好塩性・好アルカリ性、耐アルカリ性が特徴である。

ラクトバシラス目に属するもの
乳酸菌としてのラクトバシラス目の分類の歴史

乳酸菌の分類体系は、1900年代にグラム陽性、乳酸発酵（ホモ発酵またはヘテロ発酵）によりラクトバシラス属、ペディオコッカス属、ストレプトコッカス属、ロイコノストック属の4属とされた。これに形状（桿菌及び球菌）、カタラーゼ陰性が条件に加えられた。1980年台には細胞壁ペプチドグリカン組成、菌体脂肪酸組成によりストレプトコッカス属からラクトコッカス属とエンテロコッカス属が独立し、ラクトバシラス属からカルノバクテリウム属が独立した。同時期にDNAのGC含量が利用されるようになり、乳酸菌はグラム陽性の低GC含量群に含められた。1990年代、16S rRNA系統解析が導入された結果、乳酸菌のほとんどがラクトバシラス目に含まれることとなった。Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 第2版により、ラクトバシラス目は、アエロコックス科、カルノバクテリウム科、エンテロコッカス科、ラクトバシラス科、ロイコノストック科、レンサ球菌科（ストレプトコッカス科）の6科に分類された[16]。
ラクトバシラス属 (Lactobacillus)

ラクトバシラス属は、フィルミクテス門バシラス綱ラクトバシラス目ラクトバシラス科に属するグラム陽性の桿菌でありラクトバチルスとも呼ばれる。一般に「乳酸桿菌」と呼ぶ場合狭義にはこの属をさす場合が多い。種によって乳酸のみを産生（ホモ乳酸発酵）するものと、乳酸以外のものを同時に産生（ヘテロ乳酸発酵）するものがある。L. delbrueckii、L. acidophilus、L. caseiなど。