中枢性免疫寛容（ちゅうすうせいめんえきかんよう、英: central tolerance）は、自己に反応する発達中のTリンパ球やBリンパ球を排除するプロセスで、ネガティブセレクション（負の選択）とも呼ばれる[1]。寛容とは、自己反応性のリンパ球を排除することで、免疫系が自己ペプチドを攻撃しないよう保証することである[2]。リンパ球の成熟（および中枢性免疫寛容）は、骨髄や胸腺などの一次リンパ器官で起こる。哺乳類では、B細胞は骨髄で成熟し、T細胞は胸腺で成熟する[1]。

中枢性免疫寛容は完全ではないため、末梢性免疫寛容が、T細胞やB細胞が一次リンパ器官を離れた後に自己反応を起こさないようにするため、二次機構として存在する[3]。末梢性免疫寛容は、中枢性免疫寛容とは異なり、発達中の免疫細胞が一次リンパ系器官（胸腺や骨髄）から出て、末梢に運ばれる前に起こるものである[1]。
中枢性免疫寛容の機能

中枢性免疫寛容は、成熟したB細胞やT細胞が自己抗原を外来微生物として認識しないようにするため、免疫細胞が正常に機能するのに不可欠である[2]。より具体的には、T細胞受容体（TCR）やB細胞受容体（BCR）は、ランダムな体細胞組換えによって細胞内で作られるため、中枢性免疫寛容が必要となる[1]。V(D)J組換えと呼ばれるこのプロセスは、受容体の多様性を高め、B細胞やT細胞が新規抗原に対する受容体を持つ見込みを高めるために重要である[1]。接合部多様性（英語版）は組換えの際に発生し、BCRやTCRの多様性をさらに高める役割を果たしている[1]。ランダムなTCRやBCRの生成は、その高い突然変異率から、微生物に対する重要な防御手段となっている[1]。このプロセスは、種の存続にも重要な役割を果たしている。なぜなら、種の中でさまざまな受容体の再編成が行われ、少なくとも1つの種のメンバーが新規抗原の受容体を持つ可能性が非常に高まるからである[1]。

体細胞組換えプロセスは、免疫防御を成功させるために不可欠であるが、これは自己反応性につながる可能性がある。たとえば、体細胞の組換えに必要な酵素である機能的なRAG1/2（英語版）の欠如は、患者の血球に対して抗体が作られる免疫性血球減少症の発症に関連している[4]。ランダムな受容体組換えの性質により、自己抗原を外来性として認識するいくつかのBCRやTCRが生成される[2]。これらのB細胞やT細胞が活性化された場合、中枢性免疫寛容メカニズムによって死滅したり不活性化されたりしない限り、自己に対する免疫系攻撃を開始するために問題がある[2]。そのため、中枢性免疫寛容がなければ、免疫系が自己を攻撃してしまい、それは持続性を欠くもので自己免疫疾患を起こす可能性がある[2][3]。
中枢性免疫寛容の機構

寛容の最終結果は、自己抗原に反応しないが、ランダムに配置された受容体に基づいて外来の非自己抗原を認識できるような、リンパ球の集団の形成である[2]。重要なのは、リンパ球は骨髄（B細胞）と胸腺（T細胞）に存在する抗原に対してのみ寛容を獲得できることである。 この図は、骨髄におけるB細胞セレクションの過程を示している。
B細胞寛容

骨髄中の未成熟B細胞は、自己ペプチドと結合するとネガティブセレクションを受ける[2]。

正常に機能するB細胞受容体は、非自己抗原または病原体関連分子タンパク質（PAMP）を認識する[1]。

BCRの自己反応性に関する主な結果[1][2]
アポトーシス（クローン欠失（英語版））

受容体編集（英語版）：自己反応性B細胞は、遺伝子を再配列することで特異性を変化させ、自己に反応しない新しいBCRを発達させる。このプロセスにより、B細胞は、アポトーシスまたはアネルギーになるようシグナルを受ける前に、BCRを編集する機会を得られる。

アネルギーの誘導（非反応性の状態）
この図は、T細胞のポジティブセレクションのプロセスを示している。
T細胞寛容

T細胞の中枢性免疫寛容は胸腺で起こる[1]。T細胞はポジティブセレクション（正の選択）とネガティブセレクション（負の選択）を受ける[2]。

T細胞受容体は、非自己ペプチドが結合した自己主要組織適合遺伝子複合体（MHC）分子を認識する能力を備えている必要がある[1]。

T細胞寛容のステップ [2][5]