不完全遺伝子系統仕分け（ふかんぜんいでんしけいとうしわけ、Incomplete lineage sorting[1][2][3][4]またはdeep coalescence, retention of ancestral polymorphism, or trans-species polymorphism）とは、祖先集団で遺伝子多型が存在する場合に、その遺伝子が種が分岐する以前に分岐していたり、種分化の途中で多型対立遺伝子のどちらかが失われたりする現象である[5]。不完全な系統仕分けなどども呼ばれる[6]。この現象により、単一の遺伝子によって生成された系統樹は、個体群または種レベルの系統樹とは異なり、不一致な系統樹が生成されてしまう。種の系統樹の連続するノード間で保持された遺伝子多型の不完全仕分けによって引き起こされる影響は、hemiplasyと呼ばれる。メカニズムがどうであれ、結果として、生成された種レベルの系統樹は、評価に使う選択された遺伝子によって異なる可能性がある[7][8]。逆に、遺伝子によって生成された系統樹が、個体群または種レベルの系統樹と同じである現象を、「完全遺伝子系統仕分け（complete lineage sorting）」という。どちらも系統分析の一般的な結果だが、遺伝子、生物、およびサンプリング手法によって結果は異なる。
現生人類集団での例出アフリカをしたY染色体ハプログループは不完全遺伝子系統仕分けを示す。Y染色体ハプログループの拡散と人種

現生人類は出アフリカ後、アラビア半島の縁を経由してイラン付近に至り、そこから南ルート（インドを経由して東南アジア、オーストラリア、オセアニアへ）、北ルート（アルタイ山脈付近を経由して北アジア、東アジア、東南アジア、オセアニア、アメリカへ）、西ルート（西アジアを経由してヨーロッパ、北アフリカへ）の3方向に拡散し、それぞれ南アジア人、オセアニア人、東ユーラシア人、西ユーラシア人を形成した[9][10]。それぞれのルートにおけるY染色体ハプログループおよびミトコンドリアDNAハプログループはその系統に関係なく3分されており、これは各人種における不完全遺伝子仕分けの顕著な例である。

移動ルート集団Y染色体
非出アフリカアフリカ人A, B, D2, E
南ルート南アジア人、オセアニア人C1a1, C1b2, D1, F, K, MS, H, L
北ルート東ユーラシア人C2, N, O, Q
西ルート西ユーラシア人C1a2, I, J, G, R, T
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