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上下分離方式（じょうげぶんりほうしき）とは、鉄道・道路・空港などの経営において、下部（インフラ）の管理と上部（運行・運営）を行う組織を分離し、下部と上部の会計を独立させる方式である。

一般には、中央政府・自治体や公営企業・第三セクター企業などが土地や施設などの資産（下）を保有し、それを民間会社や第三セクターが借り受けるなどして運行・運営（上）のみを行う営業形態がとられることが多い。
日本での採用事例
鉄道

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高速道路とバス会社のように、本来はインフラ（線路や土地）と運行（車両や営業）を分離することを指し、日本にもJR貨物や青い森鉄道・南海空港線や和歌山港線などの事例がある。しかし日本では疑似上下分離とでも言うべき類型が増加しており[1]、以下に一例を示す。
鉄道における上下分離方式の採用例

鉄道事業者名線区公的主体
の
投資公的主体の投資+
ランニングコスト負担公的主体の保有固定資産税の
減免措置
青い森鉄道全線ありあり車両以外の鉄道資産あり
三陸鉄道全線車両トンネル・橋梁・車両トンネル・橋梁税相当額補助
上信電鉄全線ありインフラと車両なしあり
上毛電気鉄道全線ありインフラと車両なしあり
富山ライトレール全線ありインフラと車両なしなし

次の一覧は、土佐電気鉄道（現・とさでん交通）が2010年12月2日提出した資料より[2]
実施例

完全分離型： 養老鉄道 伊賀鉄道 富山地方鉄道（富山軌道線のうち富山都心線）

一部保有型： 若桜鉄道 青い森鉄道 のと鉄道 千葉都市モノレール 三陸鉄道 福井鉄道 和歌山電鐵 三岐鉄道北勢線

みなし上下分離実施例

上毛電気鉄道 上信電鉄 万葉線 えちぜん鉄道 一畑電車 井原鉄道 富山ライトレール

鉄道における上下一体方式の採用例（参考）

鉄道事業者名線区公的主体
の
投資公的主体の投資+
ランニングコスト負担公的主体の保有固定資産税の
減免措置
えちぜん鉄道全線ありなしなしなし
三岐鉄道北勢線ありなし土地のみなし
和歌山電鐵全線ありなし土地のみなし

凡例鉄道事業者名の下地：緑色は第三セクター、黄色は中小民鉄

各欄の下地：青色は都道府県主体、赤色は沿線市町村主体、紫色は都道府県+沿線市町村主体

投資に国庫補助が入る場合、国も公的主体に含まれる。

上表中のランニングコストとは、車両における車両保存費、インフラ部分の線路保存費・電路保存費、土地の場合の固定資産税・都市計画税を指す（欠損補助という意味ではない）。

並行在来線における採用例

整備新幹線を建設する場合、原則として並行在来線に指定された在来線は、新幹線の開業と同時にJRから経営分離されることとなっており、沿線自治体が並行在来線の経営分離に同意しない限り新幹線の着工ができないこととされている[3]。