メタン菌（メタンきん、Methanogen）とは嫌気条件でメタンを合成する古細菌の総称である。英語ではmethanogenというように、正確な邦訳はメタン生成菌である。メタン生成古細菌とも呼ばれる。動物の消化器官や沼地、海底堆積物、地殻内に広く存在し、地球上で放出されるメタンの大半を合成している。分類上は全ての種が古細菌ドメインのユーリ古細菌に属しているが、系統樹上、ユーリ古細菌門の中では様々な位置にメタン生成菌種が分岐しており、起源は古いと推測される。35億年前の地層（石英中）から、生物由来と思われるメタンが発見されている。

メタン生成菌の特徴は嫌気環境における有機物分解の最終段階を担っており、偏性嫌気性菌とはいえ、他の古細菌（高度好塩菌や好熱菌など）とは異なり、他の菌と共生あるいは基質の競合の中に生育している。ウシの腸内（ルーメン）や、数は少ないものの人の結腸などにも存在し、比較的身近な場所に生息する生物として認知されている。また、汚泥や水質浄化における応用等も試みられている。

かつてはメタン生成細菌と呼ばれていたこともあったが、古細菌に分類されるに伴い、現在は使われない。
メタン生成の基質

メタン生成菌は極めて広範な環境に生育するが、メタン生成によるエネルギー獲得の基質はそれほど多様ではない。一般的なメタン生成菌の生育基質は、二酸化炭素である。

しかし、この他にも多様な炭素源をメタンへと変換できるメタン生成菌も何種類か存在する。例えば、Methanosarcinacea綱のメタン生成菌は、一酸化炭素、酢酸、メタノール、メタンチオール、メチルアミンなどを用いることができ、油井から分離された Methanolobus siciliae などはジメチルスルフィドを資化できる。また、Methanogenium organophilumは、第一級アルコールであるエタノールや1-プロパノールを利用できる。かつては、Methanobacterium omelianskii がエタノールからメタンを生成できると考えられていたが、これは後に細菌であるS菌（エタノールを水素と二酸化炭素に分解する）との共生系であり、今では Methanobacterium bryantii と名前が変更されている。また、第二級アルコール（イソプロパノール、シクロペンタノール、2-ブタノールなど）を電子供与体として利用するものやメトキシ基芳香族化合物を利用するもの[1]もいる。詳細は「メタン生成経路」を参照
基質の競合と共生

メタン生成菌がメタン生成基質として利用する水素と酢酸は自然環境における基質として非常に重要である。そのため、嫌気環境においては幾つかの細菌とメタン生成菌は競合関係にある。また、低級脂肪酸を分解して酢酸を生成する細菌と共生しているケースもあり、この点で古細菌といえども高度好塩菌や好熱性古細菌とは異なっている。

水素は嫌気性細菌の有機酸を電子供与体とした脱水素反応の産物である。またヒドロゲノソームを有する、カビや原生動物などからも水素は発生する。深海熱水孔などからも地球科学的に水素は発生しているが、そのような特殊環境を除けば嫌気的な環境からは水素が発生していると考えてよい。酢酸は、上に述べたように低級脂肪酸からの分解を含む発酵の最終段階の反応であり、発酵で得られるエネルギーとしては最も多い（グルコースから発酵が進んだ場合、pH 7 においてモルあたりΔG0' = −946 kJ/mol）。

水素と酢酸を利用する他の生物としては、二価鉄を電子受容体として生育する鉄細菌、硫酸イオンを電子受容体として生育する硫酸還元菌（硫酸塩呼吸）、そして水素と炭酸塩から酢酸を生成する酢酸生成菌がいる。モルあたりのエネルギー獲得量をそれぞれ以下に記す。

鉄細菌

水素を電子供与体とした時：ΔG0’ = −914 kJ/mol

酢酸の時：ΔG0’ = −809 kJ/mol


硫酸還元菌

水素の場合：ΔG0’ = −152 kJ/mol

酢酸の場合：ΔG0’ = −47 kJ/mol


メタン生成菌

水素の場合：ΔG0’ = −135 kJ/mol

酢酸の場合：ΔG0’ = −31 kJ/mol

したがって、効率は鉄細菌が特に優れており、電子受容体として鉄が存在する場合は鉄細菌が優占する。同様に硫酸イオンが存在する場合は硫酸還元菌が優占する。鉄も硫酸イオンも無い環境で、水素が豊富な環境で初めてメタン生成菌が増殖可能となる。ただし、細菌類、原虫とメタン生成菌が共生する場合はこの限りでない。

共生の場合は嫌気条件下における嫌気性細菌の有機酸分解の効率が低いことを考える。例えば低級脂肪酸を嫌気的に分解すると以下の反応式となる。 CH 3 CH 2 CH 2 COO −   + 2 H 2 O ⟶ 2 HC 3 COO −   + H +   + 2 H 2 {\displaystyle {\ce {CH3CH2CH2COO^-\ + 2H2O -> 2HC3COO^-\ + H^+\ + 2H2}}}

この反応の標準自由エネルギー変化は ΔG0’ = +48.3 kJ/mol と吸エルゴン反応であり、酢酸や水素の濃度を下げない限りは起こりえない反応である。そこで、メタン生成菌の以下の反応により上記の反応を進行させる。 4 H 2   + HCO 3 −   + H + ⟶ CH 4   + 3 H 2 O {\displaystyle {\ce {4H2\ + HCO3^-\ + H^+ -> CH4\ + 3H2O}}} (ΔG0’ = −135 kJ/mol)（水素資化） CH 3 COO −   + H 2 O ⟶ CH 4   + HCO 3 − {\displaystyle {\ce {CH3COO^-\ + H2O -> CH4\ + HCO3^-}}} (ΔG0’ = −31 kJ/mol)

メタン生成菌の水素資化の式と上記の脂肪酸分解の式とをまとめると、以下のようになる。 2 CH 3 CH 2 CH 2 COO −   + 2 H 2 O   + CO 2 ⟶ 4 CH 3 COO −   + 2 H +   + CH 4 {\displaystyle {\ce {2CH3CH2CH2COO^-\ + 2H2O\ + CO2 -> 4CH3COO^-\ + 2H^+\ + CH4}}}

この式の標準自由エネルギー変化を求めると、まず脂肪酸分解の +48.3 kJ/mol は2モル分で +96.6 kJ/mol、そこへ水素資化の −135 kJ/mol を合わせ、ΔG0’ = −38.4 kJ/mol となる。ゆえに発エルゴン反応となり、共生関係が成り立つ。
分布

自然界の幅広い生理条件(温度、pH、NaCl濃度)の嫌気的環境に分布。具体的には湖沼、水田、海洋、ルーメン、シロアリ後腸など。至適増殖温度に関しては最低が 15 ℃ (Methanogenium frigidum)、最高が 105 ℃ (Methanopyrus kandleri Strain 116) である。淡水からも多くのメタン生成菌は分離されているが、高度好塩性のメタン生成菌としては Methanohalobium evestigatum（至適増殖NaCl濃度 4.3 M）がある。

また、メタン生成菌の生育環境によって他の生物との相互関係により利用基質が変化する。メタン生成菌の生育場所として以下の4環境をあげて説明を行う。
淡水の堆積物中（嫌気消化槽、湖沼、水田）

海洋

ルーメン

シロアリ後腸

淡水堆積物中

淡水堆積物は発酵性真正細菌の働きが活発であり、硫酸イオンに乏しい。そのため、有機物はほとんど二酸化炭素、ギ酸、酢酸にまで分解される。また有機酸を電子供与体として水素も発生するので、メタン生成菌の生育の場としては理想的である。特に、淡水中では酢酸の量が多く、淡水で発生するメタン生成の60%は酢酸、40%は水素、二酸化炭素経由である。

多くのメタン生成菌が湖沼や嫌気消化槽から分離されているものの、潜在的なメタン発生源となっているとされる水田から分離された種は多くなく、Methanobacterium spp.や Methanoculleus spp. などが知られるだけである。これは、水田土壌が農閑期に乾燥状態に置かれるため、偏性嫌気性のメタン生成菌の中では特に酸素耐性が高い種が優勢になり、分離される率が高いからだという説もある。しかし最近では、RICEクラスターと言われる難培養性の水田由来のメタン生成菌が多く分離されている。
海洋

海洋中では硫酸イオンが豊富に存在するために、堆積物中で発生する水素、ギ酸、酢酸はほとんどが硫酸還元菌によって消費される。