マルタ島の歴史は非常に古く、人類が最初にマルタ島に入植したのは紀元前5,900年前頃である[1][2]。マルタに最初に入植した人々は主に農耕民族であった。彼らは島で土地を耕し農耕を営んだが、彼らの耕作活動によりマルタの土壌は悪化し、人類が生活できる環境でなくなり放棄された。その後、紀元前3,850年前頃、再びマルタに人類が入植し、文明を成した。この時移住してきた人々は、マルタの地に ジュガンティーヤ神殿をはじめとする巨石神殿を築いた。これらの神殿は世界最古の建造物の１つと考えられている。紀元前2,350年頃、これらの文明は滅んだ。しかしその後間も無く、青銅器時代の戦士たちがマルタに入植した。

マルタ島における先史時代は紀元前700年頃にフェニキア人によって植民されることで終わりを告げた。フェニキア人は紀元前218年にローマ共和政によって占領される（英語版）までマルタ島を統治し続けた。その後マルタ島の統治者はローマ共和政・ローマ帝国・東ローマ帝国と続いたが、870年、北アフリカに勢力をはるアグラブ朝によって占領され（英語版）、マルタ島はイスラム教国の勢力下に入った。11世紀にアラブ人によって入植されるまで、マルタ島の人口は希薄なものであった。1091年には南イタリアに勢力をはるノルマン人によって侵略され（英語版）、それまでイスラム教国の支配下にあったマルタ島はノルマン人の勢力下に入ったことで徐々にキリスト教化されていった。そしてマルタ島はシチリア伯国の継承国家であるシチリア王国の支配下に入った。その後マルタ島は売りに出されて多くの封建領主や男爵たちに転売され、シュヴァーベン人（英語版）の領主、アンジュー=シチリア家の領主、アラゴン連合王国、カスティーリャ王国、そしてスペイン帝国へと統治者が変遷した。しかしマルタ島の統治は現地の有力者たちの統治組織Universitaによって行われた。

16世紀、マルタ島はスペイン帝国からホスピタル騎士団に譲り渡された。ホスピタル騎士団はシチリア王国の属国としてマルタを統治し、1565年にはマルタ島を制圧しようとしたオスマン帝国の包囲を受けるもこれを撃退した。その後騎士団は約2世紀に渡り島を統治した。ホスピタル騎士団統治下のマルタ島は芸術活動や建築における全盛期となり、社会的にも飛躍的に発展した。そんなマルタ島の繁栄はフランス第一共和政の侵攻により終わりを告げた。1798年、フランスの将軍ナポレオン率いるフランス軍にマルタ島は占領され、それから数ヶ月に渡りフランス共和政の勢力下に置かれ（英語版）た。

フランスによるマルタ島統治が始まって数ヶ月が経った頃、マルタ人の反乱組織がマルタ島を包囲し、グレートブリテン王国・ポルトガル王国・ナポリ王国の支援のもとで島内のフランス軍が一掃された。そしてマルタ島はイギリスの保護下に置かれた（英語版）。その後1813年、イギリスはそのままマルタ島をイギリスの直轄植民地とした。このイギリスによるマルタ島統治は1814年にパリで開催されたパリ会議で承認された。イギリスの統治下に入ったマルタ島はイギリス海軍の重要な軍事基地となり、イギリスの地中海艦隊の拠点としての役割を果たした。しかしイギリスが島を軍事拠点としてしまったがために第二次世界大戦中には枢軸国側の軍勢に攻められ、1942年には枢軸国に包囲される事態（英語版）となった。枢軸国に対して果敢に戦ったマルタの人々を称し、1942年、時のイギリス王ジョージ6世はマルタ島と全てのマルタ国民に対してジョージ・十字勲章を授与した。このジョージ・クロスは現在のマルタの国旗にも掲げられている。マルタ直轄植民地では1921年-1933年・47年-58年・62年-64年にかけて自治が行われた。

1964年、マルタ直轄植民地は英連邦王国自治領マルタ国として独立を果たした。1974年にはエリザベス女王を女王とする君主制から共和制へと移行し、現在のマルタ共和国となった。2004年には欧州連合に加盟した。
古代
フェニキア人とカルタゴマルタで発見されたメルカルトのチッピの1つ

フェニキア人（タイア出身）と思われる人々は、前8世紀初頭にこの島々を植民地化し、そこから地中海の探検と交易を拡大した。マルタ島のラバトとゴゾ島の同名の町でフェニキア人の墓が発見されており、当時の主な都市は現在のマルタ島のイムディーナとゴゾ島のチッタデラであったと考えられている[3]。かつての集落は安全な避難所を意味するマレスと呼ばれ、島全体がその名で呼ばれるようになった。

マルタ諸島は、紀元前6世紀半ば頃、西地中海の他のほとんどのフェニキア人の植民地とともに、カルタゴの覇権下に置かれた。紀元前4世紀後半までに、マルタは南イタリアとシチリアをトリポリタニアに結ぶ交易所となった。その結果、建築や陶器にヘレニズム的な特徴が取り入れられ、マルタはヘレニズム化した。マルタが伝統的なギリシャの「アポイキア」のように定住したかどうかは不明であるため、マルタがギリシャの植民地ではなかったと主張する人もいる[4]。ヘレニズム建築の特徴は、タスシルイトのプニキア神殿とジュリエックの塔に見ることができます。メルカートのチッピで見つかったフェニキア語とギリシャ語の二ヶ国語の碑文が証明するように、マルタではギリシャ語も使われ始めた。18世紀、フランスの学者ジャン=ジャック・バルテルミは、これらのチッピの碑文を使用して、絶滅したフェニキア文字を解読した[3]。紀元前255年、ローマ人は第一次ポエニ戦争中にマルタを襲撃し、島の大部分を壊滅させた[3]。
ローマによる支配古代メリテのDomvsRomanaのローマ時代のモザイク

ラテンの歴史家リヴィによれば、マルタ諸島は紀元前218年の第二次ポエニ戦争の開始時にローマ人の手に渡った。リヴィが書いたように、島のポエニ駐屯軍の司令官は、北アフリカに向かう途中のその年の2人の執政官の1人であるティベリウス・センプロニウス・ロングスに抵抗することなく降伏した。群島はシチリア州の一部になったが、1世紀まで独自の上院と人民の集会がありました。この時までに、マルタとゴゾの両方がローマの重量測定に基づいて独自のコインを鋳造した[5]。

ローマ時代、ポエニ族の都市マレスはメリテと呼ばれるようになり、この島の行政の中心地となった。その規模は最大になり、現在のイムディーナの全域とラバトの大部分を占め、現在の聖パウロ教会まで広がっていた。遺跡から、この都市は厚い防御壁で囲まれ、さらにその真上に作られた聖リタ通りと同じ線上にある防護溝によって守られていたことがわかる。岬の一番高いところには、いくつもの寺院がある宗教的な中心地が築かれていたことが、遺跡からうかがえる。ドムヴス・ロマーナとして知られる印象的な住居跡が発掘され、保存状態の良いポンペイ様式のモザイク画が発見された。このドムスは、ローマの裕福な貴族の住居だったようで、紀元前1世紀に建てられ、紀元後2世紀には放棄されたと考えられている[6]。ギリシャ・ローマ時代の遺構はマルタ海事博物館に残っています[7]

島々はローマの支配下で繁栄し、最終的にはムニキピウムとフォデラータ・シヴィタスとして区別されるようになった。多くのローマ時代の遺物がまだ存在しており、マルタの住民とシチリア島の間の密接なつながりを証明している[8]。ローマの支配の期間を通して、ラテン語はマルタの公用語になり、ローマの宗教が島々に導入された。しかし、地元のポエニズム-ヘレニズムの文化と言語は、少なくとも1世紀まで生き残ったと考えられている[5]。西暦60年、使徒言行録は、聖パウロがメリテという名前の島で難破したことを記録されており、多くの聖書学者やマルタ人がマルタと混同している。難破船は、その名も「セント・ポールズ・ベイ」の海岸で起こったという伝統がある。

マルタは紀元6世紀初頭までローマ帝国の一部だった[5]。ヴァンダル人とその後の東ゴート族は5世紀に島を一時的に占領した可能性があるが[9] 、これを裏付ける考古学的証拠はない[10]。