ポリエン系抗真菌薬（ポリエンけいこうしんきんやく、英: polyene antimycotic）は、真菌をターゲットとした抗菌性ポリエン化合物である[1]。ポリエン系抗生物質（ポリエンけいこうせいぶっしつ、英: polyene antibiotic）とも呼ばれる。これらのポリエン系抗真菌薬は通常、ストレプトマイセス属 (Streptomyces) のいくつかの種より得られる。これらのポリエンは真菌細胞壁中のエルゴステロールに結合し、細胞壁の漏出を促進することによって真菌を細胞死に導く。アムホテリシンB、ナイスタチンおよびナタマイシン等が、ポリエン系抗真菌薬の例である。

これらの化学構造は、環の一方に複数の共役炭素-炭素二重結合（ポリエン）を、もう一方に複数のヒドロキシ基を含む大員環（環状エステル〔ラクトン〕）である。また、しばしばd-マイコサミン基（アミノグルコシドの一種）を有している[2]。一連の共役二重結合は通常紫外-可視領域の電磁波を強く吸収するため、ポリエン系抗真菌薬はしばしば黄色を呈している。アムホテリシンBの化学構造。アムホテリシンBは、黄色を示すポリエン系抗真菌薬の例である。交互に位置する二重および単結合を中央に、マイコサミン基を右下に示している。 ナイスタチンの化学構造 ナタマイシンの化学構造。ピマリシンpimaricin とも呼ばれる。
その他のポリエンの例

リモシジン Rimocidin

フィリピン

カンジシン Candicin

ハマイシン（英語版）

ペリマイシン（英語版）

出典^ Dixon DM, Walsh TJ (1996). ⇒“Chapter 76: Antifungal Agents”. In Baron S. ed.. Medical Microbiology (4th ed.). Galveston (TX): The University of Texas Medical Branch at Galveston. .mw-parser-output cite.citation{font-style:inherit;word-wrap:break-word}.mw-parser-output .citation q{quotes:"\"""\"""'""'"}.mw-parser-output .citation.cs-ja1 q,.mw-parser-output .citation.cs-ja2 q{quotes:"「""」""『""』"}.mw-parser-output .citation:target{background-color:rgba(0,127,255,0.133)}.mw-parser-output .id-lock-free a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-free a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/65/Lock-green.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-limited a,.mw-parser-output .id-lock-registration a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-limited a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-registration a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d6/Lock-gray-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-subscription a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-subscription a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/aa/Lock-red-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-ws-icon a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4c/Wikisource-logo.svg")right 0.1em center/12px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-code{color:inherit;background:inherit;border:none;padding:inherit}.mw-parser-output .cs1-hidden-error{display:none;color:#d33}.mw-parser-output .cs1-visible-error{color:#d33}.mw-parser-output .cs1-maint{display:none;color:#3a3;margin-left:0.3em}.mw-parser-output .cs1-format{font-size:95%}.mw-parser-output .cs1-kern-left{padding-left:0.2em}.mw-parser-output .cs1-kern-right{padding-right:0.2em}.mw-parser-output .citation .mw-selflink{font-weight:inherit}PMID 21413319. ⇒http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=mmed&part=A4050 
^ Volpon L, Lancelin JM (2002). “Solution NMR structure of five representative glycosylated polyene macrolide antibiotics with a sterol-dependent antifungal activity”. Eur. J. Biochem. 269 (18): 4533-4541. doi:10.1046/j.1432-1033.2002.03147.x. PMID 12230565.