『ポケットモンスター ミュウツー! 我ハココニ在リ MEWTWO SAGA』（ポケットモンスター ミュウツー! ワレハココニアリ ミュウツーサーガ）は、2000年12月30日にテレビで放送された『ポケットモンスター』の年末特番作品。オープニングアニメーションでは、タイトルロゴが表示された際に「特別企画」という文章が追加されている。CS放送キッズステーションでは「特別企画」という文章が追加されていない。
概要

『劇場版ポケットモンスター ミュウツーの逆襲』の続編という位置づけで作られた長編作品で、映画のテーマであった「自分と言うものの存在意義」について1つの解答がなされる。脚本も劇場版と同じく首藤剛志が担当している。2001年7月7日にDVDで、8月29日にVHSで発売。後に『週刊ポケモン放送局』、『キッズステーション』でも3部に分けて放送された。アメリカでは2001年12月4日に『Pokemon: Mewtwo Returns』のタイトルでDVDが発売された。

翌年の2001年12月30日には年末特番第2弾『ポケットモンスタークリスタル ライコウ雷の伝説』が放送されている。

本作の放映時は、オープニング・エンディングのアニメーションや一部シーンを除いてテレビシリーズはセル画で制作されていたが、本作は本編全てがデジタルで制作されている（後にテレビシリーズも第262話からデジタル制作となる）。

外伝作に近い形だが、キッズステーションでの金銀編再放送では179話と180話の間に入る形で、分割される形で本編内の話数に組み込まれる形で再放送が行われている。この形式は『特別編 最強メガシンカ』でも見られる。

2019年7月にて『ミュウツーの逆襲 EVOLTION』公開を記念に、コミカライズ版が発売。
あらすじ

『ミュウツーの逆襲』にて、コピーポケモンたちを連れて旅立ったミュウツーは、ピュアーズロックという絶壁の台地の頂上に居を構え、コピーポケモンたちと共に平和に暮らしていた。しかし、ミュウツーは未だに「自分が誰なのか」という自問に答えを出せずにいた。そのため、ピュアーズロックという秘境にひっそりと暮らし、コピー以外の存在とは関わりを断っていた。

一方、旅の途中でピュアーズロックの麓に差し掛かったサトシ一行は唯一の運行バスに乗り遅れてしまい、山の麓で宿屋を営む女性ルナに出会って彼女の宿に泊めてもらうことに。その翌日、ルナからピュアーズロックやピュアーズロックの周辺を流れるピュア川の水についてサトシたちが話を聞いていると、ピュア川の水の調査に訪れた医学博士のペニシリーナとその助手・ドミノが一晩泊めてくれないかとルナの宿屋を訪れた。

川の水を調査させてほしいというペニシリーナの申し出を聞いた途端、ルナは表情を曇らせる。実は彼女は自然学者でもあり、ピュア川の水を調査する事でその近辺の自然が壊されてしまうのではないかと懸念していたのだった。

その時ロケット団がサトシたちの前に現れ、ピカチュウを連れて行ってしまう。ルナやペニシリーナたちと共にロケット団の気球を追い、何とか追いついたサトシたち。ところがそのとき、一行に同行していたドミノが突然サトシたち諸共ロケット団の気球を撃ち落し、自身は小型ロケットで飛び去ってしまう。実はドミノはロケット団の団員で、サカキの命令を受けてミュウツーの行方を捜していたのだ。ピュアーズロックの頂上にミュウツーの姿を発見したという知らせを受けたサカキは、ミュウツーとコピーポケモンたちを捕えるべく、ピュアーズロックへと向かう。

ロケット団と共にピュアーズロックの頂上へ落下したピカチュウはそこでコピーピカチュウやミュウツーと再会する。外部の者たちの接近により、ピュアーズロックの平和な生活も長くはないことをコピーたちは悟る。オリジナルとコピーの争いを繰り返さないために、あくまでピュアーズロックにとどまろうとするミュウツーに対し、コピーピカチュウを筆頭とする一派は外の広い世界に行きていくことを主張し独立する。

ミュウツーはロケット団が近づいている事を察知し、コピーポケモンたちを逃がそうとする。しかしポケモンたちを完全に逃がしきれないうちにロケット団が到着、ミュウツーは取り残されたコピーポケモンたちを人質に取られ、やむなくサカキに囚われてしまう。一方、ピュアーズロックの頂上にあるピュア川の源泉・クリア湖の小島に落下したサトシやルナたちは、ピカチュウを探すうち、ピュア川の水の源泉である、生命に必要な成分を完璧なバランスで含むという湖にたどり着いていたが、そこへドミノたちが現れ、サトシたちは小島に住むコピーポケモンたちと共に捕獲リングによって捕まってしまう。

ミュウツーを手中に収める事に成功したサカキはクリア湖の小島に目をつけ、その島にロケット団の秘密基地を建てようとする。だが、自然を破壊するその行動に周辺の虫ポケモン達が反発し、大量に集まって妨害を加える。サトシたちも牢屋から脱出し、ミュウツーを捕らえる装置を破壊する。しかし、ミュウツーは装置に無理に抗ったことで、瀕死の重症を負ってしまう。サトシはミュウツーを抱え、源泉湖に彼を投げ入れる。その水の中で傷が癒やされるのを感じたミュウツーは、「自分が何者なのかはわからないが、この水で癒やされるということは、他の生き物と同じ体を持っており、少なくともこの星に生きていていい生き物のはずだ」と悟る。

復活したミュウツーは、ロケット団を転移させ、記憶を奪う。さらに、湖を地下に隠し、外部のものが侵略できないように計らう。ミュウツーたちコピーポケモンはサトシたちと共に外界へと旅立ち、どこかへと消えていく。

しばらくして、大都会の人混みを歩いていたサトシは、何者かに話しかけられたような気がして振り返る。そんなサトシを、摩天楼の上からミュウツーが見つめていた。彼は人目を避けながらも、たくさんの人やポケモンのいる大都会で生き続けているかも知れないという都市伝説として語られる存在になっていた。
登場人物・キャスト

物語の冒頭には『ミュウツーの逆襲』の映像が流用されているため、ドクトル・フジ博士、ウミオ、ソラオ、スイートが登場するが、本編には登場しない。
レギュラーキャラクター