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出典検索?: "ドメイン" 分類学 ? ニュース ・ 書籍 ・ スカラー ・ CiNii ・ J-STAGE ・ NDL ・ dlib.jp ・ ジャパンサーチ ・ TWL（2012年12月）

生物ドメイン界（かい）門（もん）綱（こう）目（もく）科（か）属（ぞく）種（しゅ）

生物分類学におけるドメイン（英: domainドメイン、羅: regioレギオー）とは、界よりも上の最も高い階級である。この階級における分類は、基礎的なゲノムの進化の違いを反映して行われる。3ドメイン説においては、真核生物ドメイン、細菌ドメイン、古細菌ドメインの3つのタクソンがこの階級に位置づけられる[1]。日本語では、界を超える存在として「超界」、中国語に由来する「域」、あるいはregio/domainを直訳した「領域」と呼ばれることもある。

この項目では、ドメインと同程度、あるいは代替となる階級についても扱う。empire（エンパイアー）、superkingdom（スーパーキングダム）と呼ばれるものがそれで、それぞれ日本語では帝国、上界、ラテン語ではimperium（インペリウム）、superregnum（スペッレグヌム）が充てられる。ウイルスではrealm（レルム）が同等の階級に相当する。

この階級の新設は、これまでの分類の最も高い階層である界が本来は植物と動物を分けるために設定されたものであったことに由来する。様々な生物の発見により界は徐々に増加したが、原核生物についての研究が進むにつれ、植物と動物の差よりも原核生物内部の多様性の方が遥かに大きいことが分かってきため、界より上のランクを設定した方がよい、との判断が生まれてきたことによる。古細菌の発見がこれを後押しした。
3ドメイン説全生物を対象にした進化系統樹の1例。赤の枝(Archaea)が古細菌。扇形の中心で、枝が集束している部分が全生物の共通祖先。真正細菌（左側の青色部分;Bacteria）と古細菌が系統的に離れた存在であることが示されている。

現在主流の3ドメイン説では、生物全体を古細菌、細菌、真核生物の3つに大別する。1990年にカール・ウーズが提唱した。
古細菌

sn-グリセロール1-リン酸のイソプレノイドエーテルより構成される細胞膜に特徴付けられる生物である。メタン菌・高度好塩菌・好熱好酸菌・超好熱菌など、極限環境に生息する生物を含む。
細菌

バクテリアともいう。sn-グリセロール3-リン酸の脂肪酸エステルより構成される細胞膜を持つ原核生物と定義される。大腸菌、枯草菌、シアノバクテリアなどを含む。
真核生物

身体を構成する細胞の中に細胞核と呼ばれる細胞小器官を有する生物である。動物、植物、菌類、原生生物などを含む。
3ドメイン説以外の分類

生物の最高ランクの分類は、基礎的なゲノムの進化の違いや細胞の基本的な構造に基づいて行われており、前提となる系統樹の違いにより異なる分類方法が提唱されている。例えば次のようなものがある。
2帝説

生物全体を原核生物（細菌と古細菌が含まれる）と真核生物の2つに分ける。（参考: en:Kingdom (biology)#Four kingdoms）

近年では Ruggiero et al. (2015) の体系がこの形である（empire ではなく superkingdom だが）。なお彼らは原核生物が単系統群だと主張しているわけではない。「界 (分類学)#修正六界説」も参照
2ドメイン説（二分岐説）

エオサイト説から発展したもので、生物全体をバクテリアとアルカエア（アーキア）に分ける[2][3][4]。