日本トンデモ本大賞（にほんトンデモぼんたいしょう）は、日本で前年度に刊行された数多の書物の内でもっともトンデモないもの、すなわち最高のトンデモ本を選んでしまおうという企画である。と学会で選定した数冊のノミネート本のほか、一般投票で候補作として推薦された本のうち、最も多くの票を集めた本が大賞とされた。
第1回は1992年に日本SF大会の一コーナーとして行なわれ、第2回以降はこれをきっかけに発足したと学会によって、やはり主に日本SF大会の一部として開催されてきたが、2003年からは同団体主催の独立したイベント[注釈 1]になった。 前年で一年間に発売された書籍の中から「特にトンデモないもの」数冊がノミネートされた。第22回までの選考権者は会長の山本弘。 会長はじめ運営委員を中心とするメンバーによって座談会形式のプレゼンテーションが行われ、ノミネート作の紹介の後それ以外の本も紹介された。大賞受賞作は会場の観客の投票によって決定され、ノミネート作以外にも（当日紹介されていないものも含めて）投票することができた（ノミネート外の作品が次点となったこともあった）。 大賞受賞者には賞状と粗品が送られることになっていたが、会長（京都府出身、大阪在住）名義で郵送していたため、身内への報復を恐れてか[注釈 2]、当時大阪に在住していた武田了円には送らなかったという[1]。また、暗号解読系の人が賞に勝手な解釈をしたり、陰謀論系の人が自説の正当性の証明に使ったりしないかといった危惧が（冗談めかして）語られることもある。 初期の受賞作には内容が独創性の強いもの、「濃い」ものが多かったが、近年の傾向としては、内容はあまり深くないがインパクトの強いもの、間違いや突込みどころが多いものが大賞に選ばれる傾向が強い。
選考方法・投票の傾向
受賞リスト
第1回（1992年） - 川尻徹 『ノストラダムス複合解釈』 ISBN 4195047072、『ノストラダムス戦争黙示』 ISBN 4195045312 徳間書店（トクマブックス
第2回（1993年） - 三上晃 『植物は警告する』[注釈 3] ISBN 4884812913 たま出版
特別賞 會津信吾&横田順彌 (南沢十七 『緑人の魔都』 復刻の功績により)
第3回（1994年） - 小石泉 『悪魔最後の陰謀』 ISBN 4887190131 第一企画出版（キリスト教根本主義系陰謀論）[注釈 4]
特別賞 大槻義彦教授（超常現象研究を混乱させ、自分も珍妙な理論を発案し広めた功績から）[注釈 5]
第4回（1995年） - ヤミリ・キリー 『アトランティスのミンダ王女 500機のUFO従え「生命の樹」へ』 （桑原啓善監修） ISBN 4795291829 でくのぼう出版（「人類を守るためサタンと戦っている」という内容）[注釈 6]
第5回（1996年） - 武田了円 『世界の支配者は本当にユダヤか』 ISBN 4887190271 第一企画出版（ニャントロ人）
第6回（1997年） - 松平龍樹 『発情期ブルマ検査』[注釈 7][注釈 8] ISBN 4576961764 マドンナ社（マドンナメイト文庫）（ヒロインがアニメファンという異色の官能小説）。
