ジェノグラフィック・プロジェクト（英: The Genographic Project）とは、ヒトのY染色体ハプログループ（父系）やミトコンドリアDNA（母系）の情報を基に、人類の共通祖先の発祥地から全世界への拡散ルートを特定しマップ化[1]していくことにより、人種・民族の起源と相互関係を視覚的に明らかにしていくことを目的とした進化人類学的研究[1]。個人ユーザー向けのY染色体・ミトコンドリアDNAハプログループの検査サービスを活用した非営利目的の学術研究プロジェクト。2012年秋より、次世代型シーケンサーを活用して解析を行うようになり、プロジェクト名はGeno 2.0 次世代（ジェノ2.0 ネクスト・ジェネレーション）。2020年6月1日終了したプロジェクト。
概要
開始ジェノグラフィック・プロジェクト・平成17年（2005年）

2005年4月13日、アメリカのナショナルジオグラフィック協会・IBM・アリゾナ大学・Family Tree DNAが、スペンサー・ウェルズ博士をプロジェクト・ディレクターとして、全世界のあらゆる地域、あらゆる民族の遺伝子データを集め、全人類の遺伝子系図と拡散の過程を、今後5年間（当時の目標で2010年まで）で明らかにしていくことを目標とした共同研究プロジェクトを開始した。このプロジェクトはジェノグラフィック・プロジェクトと名付けられ、研究費用として4000万米ドルが用意された。現在は分子人類学者のミゲル・ヴィラ博士がプロジェクト・ディレクターを務めた。
特徴

世界中の11の地域拠点の研究者から、各地域の少数民族などのDNAサンプルを採集する他、特筆すべき点は、このプロジェクトに誰でも99ドル[2]で、参加できる方式を採用し、集まった余剰金は少数民族の貴重な文化の保護や研究に役立てられる（レガシー基金）というプロジェクト・モデルを打ち立てたことにもあった[3]。
参加方法口腔粘膜からDNAサンプルを採取する場合の一例

参加希望者が、ナショナルジオグラフィック協会のジェノグラフィック・プロジェクトのwebサイト上から、参加キットの購入手続きをすると「プロジェクト内容の説明用のDVD（1枚）・自分に振り分けられたID番号・採取用の綿棒（2本）・採取後のサンプルを入れる小型のプラスチックケース（2個）・人類の拡散経路の想定地図・サンプル採取説明書・同意書・返送用封筒」などの一式が入ったビデオテープサイズの箱（セルフ・テスト・パッケージ）が送られてくる。

参加者は、取扱説明書に従って、自分で頬の内側の口腔粘膜を専用の綿棒（スクレイパー）で、1分間ほど擦ることによってサンプルを採取し、専用のプラスチックケースに密閉したあと返送用封筒に入れてテキサス州ヒューストンにあるジェノグラフィック・プロジェクトの遺伝子解析ラボに返送する。

開始当初はラボで、PCR法によって目的のDNAを選択的に増幅し、それを基に解析が行われていたが、2012年秋より、次世代型シーケンサーを活用して解析が行われるようになり、分析精度が飛躍的に向上した。採取したサンプルが遺伝子解析ラボに到着し、分析が開始されてから結果が出るまで約2ヶ月を要するが、その間、参加者たちは、ジェノグラフィック・プロジェクトのwebサイト上に、自身のID番号を入力することによって、分析過程の大まかな進捗状況を見ることが可能である。芸能人では俳優の細川茂樹、堀江貴文、また竹村健一の長男で文化人類学者の竹村真一らがこのプロジェクトに参加した。結果はいずれもハプログループD1a2（M64.1）という結果であった[4]。
社会的影響

以上のように、低価格で誰にでも扱いやすく簡単なプロセスを経て自己の父系もしくは母系の祖先の手掛かりを知ることが出来るため、欧米を中心として急速に自己のハプログループや歴史上の人物、有名人のハプログループなどに関する興味が高まるきっかけとなった。日本ではフジテレビジョン系列で人類の足跡である南アメリカ・チリナバリーノ島からタンザニアまで（北ルート）のおよそ5万キロを逆ルートから遡って行く『グレート・ジャーニー』という、紀行ドキュメンタリー番組がシリーズとして放送された。

またこのプロジェクトを活用し、2018年には一般社団法人板垣退助先生顕彰会が『板垣退助のグレート・ジャーニー』と題し、明治維新150年・板垣退助百回忌記念事業の一環として、板垣退助の子孫複数名からDNAサンプルを採取し解析を行った結果、幕末明治の元勲の遺伝子として初めて板垣退助のY染色体系統が特定された[5]。
使用される遺伝子マーカー
Y染色体ハプログループ「Y染色体ハプログループ」も参照

ジェノグラフィック・プロジェクトでは、個々の人々との祖系関係を識別にする指標に遺伝子マーカーを利用している。ヒトの常染色体DNAは、父母の両系からの遺伝子を組み合せながら受け継がれるため、世代が離れるほど、遺伝的要素が薄められていくが、父から引き継がれるY染色体は、母体に存在しないため、父系が続く限り（子孫に男性が生まれ続ける限り）父と全く同じものを引き継ぐことになる。しかし、世代間によって成されるY染色体の複製は、物理的にはアナログコピーの繰り返しとなる為、何千年に一度の割合で、複写ミスが起こる。しかし、その多くは直ちに生存を脅かすものでは無いため、その偶発的な複写ミスの痕跡は、そのまま男系子孫に何百世代にも渡って受け継がれるため、その痕跡のバリエーションを多数採取してハプログループとして比較をすれば、相互の分岐関係がわかるというものである。これを体系化したものがY染色体ハプログループと呼ばれるものである。
ミトコンドリアDNAハプログループ「ミトコンドリアDNAハプログループ」も参照

同様に母から全く同じものを子供が引き継ぐのがミトコンドリアDNAであり、この場合父には「父の母」から引き継がれたミトコンドリアDNAが存在するものの、父から子には引き継がれず、母の持つミトコンドリアDNAと全く同じものを子供が引き継ぐため、子孫に女性が生まれ続ける限り、母系に由来するハプログループが何千年にも渡って世代間に引け継がれる。この場合も物理的にはアナログコピーの連続となるため、どこかの世代で複写ミスが起こったものが、さらに引き継がれるので、その痕跡のバリエーションを多数採取して体系化したものがミトコンドリアDNAのハプログループと呼ばれるものである[6]。