シブリー・アールキスト鳥類分類（シブリー・アールキストちょうるいぶんるい、Sibley-Ahlquist鳥類分類）は、1990年前後に チャールズ・シブリー、ジョン・アールクィスト、バート・L・モンローによって発表された鳥類の分類体系である[1][2][3][4][5]。

骨格などの形態データーを元に行われていた従来の分類方法とは大きく異なり、DNA-DNA分子交雑法という分子生物学的手法を初めて導入し、鳥類全体を同一の基準で包括的に分類した唯一の分類体系である[6]が、後述のようにさまざまな問題が指摘され、広く受け入れられることはなかった[6]。

2008年には、遺伝子の分子解析により、新たな系統樹が見出された。これは、シブリー・アールキスト鳥類分類とは大きく異なるが、特に問題もないようなので、かなり受け入れられている。ただし公的に標準の位置を占めるには、時期尚早であるようだ。
鳥類分類の課題

鳥類の古典的な分類方法では形態的特徴を元に分類がなされており普及しているものの、分類に恣意性があること、進化を考慮した分類ではないこと、すなわち各目の単系統性や目間の類縁関係など不明点が多いこと、など課題が多く指摘されていた。

しかし鳥類の系統分類は以前は困難とされた。その理由は、各系統間の関係を明らかにするような化石記録があまり残されていない等である。

1990年代、チャールズ・シブリー、ジョン・アールクィスト、バート・L・モンロー (Burt L. Monroe) の共同研究者たちは、シブリー・アールキスト鳥類分類として知られる、いくつかの項目で、これまでの分類とは大きく異なる系統関係を提示した[7]。この分類体系は形態分類にたよる従来の伝統的な分類を改革するマイルストーンとなり、鳥類系統分類学の活性化の要因となった[6]。しかしその後の研究で、実験方法や分析方法などに問題があると批判され[8][9][10][11][12][13][14]、さらに形態による分類手法との矛盾、ミトコンドリアDNAやRNAの塩基配列に基づいた他の分子生物学的手法との不一致も指摘されており[15]、この分類法がそのまま現時点では鳥類学者や学会に広く受け入れられたわけではない[6]。また、彼らに続いて分子生物学的手法を用いた様々な鳥類分類の試みがなされており、この分類法も『検証されるべき一仮説』として取り入れられるにとどまった[6]。

シブリー・アールキスト分類法の後、2000年代前半まで、これを乗り越え、鳥類全体を網羅する分類は登場しなかった[6]。2000年代後半からは、鳥類全体の包括的な分子系統が求まったため[16][17]、それに適合した分類がされるようになった。ただしその分類は、シブリーらのように客観的・機械的に同一の基準を鳥類全体に当てはめるのではなく、伝統的な分類に対する個別の修正という形で行われている。
分類の特徴
高位分類

伝統的な形態分類に比べ、シブリー・アールキスト鳥類分類は劇的に異なる分類を行った。

しかしDNA-DNA分子交雑法は、現在のシーケンス分析が利用する遺伝子座ごとの情報を利用できず遺伝子距離のみを利用するため、利用できる情報が少ない。またこのことと計算機技術の制約により、シブリーらが系統樹の再構成に用いたのは、現在から見れば原始的な手法であるUPGMAだった。

そのためSibleyらの結果は、部分的には評価できる点もあるが、実際の系統から見ると間違いが多かった。特に、UPGMAの使用によるバイアスとして、進化速度が速い内部系統が除外された側系統が随所に現れていた（ダチョウ目など）。

個々の目については次のようになっている。

コウノトリ目に、ペンギン目、タカ目、チドリ目、カイツブリ目、ペリカン目、アビ目、ミズナギドリ目を内包させた。この拡大されたコウノトリ目は、現在「water birds」系統と呼ばれる大きな単系統を含んでいた。