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クロロフィルはクロマトグラフィーによって成分ごとに分離することができる。

クロマトグラフィー（英: chromatography）は、ロシアの植物学者ミハイル・ツヴェットが発明した、物質を分離・精製する技法[1]。物質の大きさ・吸着力・電荷・質量・疎水性などの違いを利用して、物質を成分ごとに分離する[1]。

クロマトグラフィーは色（ギリシャ語で chr?ma）を分けるといった意味合いを持つ。これは、ツヴェットがクロマトグラフィーで植物色素を分離した際に色素別に色が分かれて帯ができたことに由来する。
固定相・移動相

クロマトグラフィーは、固定相（または担体）と呼ばれる物質の表面あるいは内部を、移動相と呼ばれる物質が通過する過程で物質が分離されていく。

固定相には固体または液体が用いられ、固体のものは SC (solid chromatography) 、液体のものは LC (liquid chromatography)と呼ばれる。

移動相には気体、液体、超臨界流体の三種類が存在し、順に、ガスクロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、超臨界流体クロマトグラフィーと呼ぶ[1]。
原理

クロマトグラフィー分離の物理化学的原理は、分配、吸着、分子排斥、イオン交換が挙げられる。種々のクロマトグラフィー担体が存在するが、これらの分離原理を単独で示すものはなく、多かれ少なかれこれらの分離作用を併せ持つ。したがって、複数のうち、最も特徴的な分離作用をもってクロマトグラフィーの種類・区分とすることが普通である。またアフィニティークロマトグラフィーは分子生物学的反応である抗原抗体反応あるいは酵素または受容体の基質特異性を分離に用いている。
分配クロマトグラフィー薄層クロマトグラフィー

もっとも一般的なクロマトグラフィーである。ガスクロマトグラフィーと液体クロマトグラフィーのいずれでも利用されている。

分配クロマトグラフィーの例として、逆相薄層クロマトグラフィー、セルロースが担体の順相薄層クロマトグラフィー、ペーパークロマトグラフィーなどがある。セルロースが担体の場合、セルロース上のOH基に水素結合した水が固定相となる。試料は固定相と移動相の間で連続的に分配されるため分配係数の大きなものから流出し、原理的には流出量の保持時間分布（試料ピーク）の形状はガウス分布に従う。
順相クロマトグラフィー

液体クロマトグラフィー担体としては、シリカゲル担体が知られている。このシリカゲルはシリカ (SiO2) 表面が >Si=O ではなく >Si(OH)2 の形をとるように化学処理を施している。したがって、通常の抽出操作に対比させると、水層がシリカゲル表面、有機層が移動相に相当し、固定相と移動相の間で分配（連続抽出）が行われる。シリカゲルでこの固定相と移動相の組み合わせを順相クロマトグラフィーと呼ぶ。なお、極性の高い担体と極性の低い移動相を用いるため、極性の低い物質の保持時間が小さく、極性の高い物質の保持時間が大きい。