本項では、日本プロ野球の内、主に日本野球機構／日本プロフェッショナル野球組織（NPB）のコミッショナーについて記述していく。メジャーリーグベースボールのコミッショナーについてはMLBコミッショナーを参照。

NPBにおける最高責任者であり、かつ最高の権限を有する。一般社団法人日本野球機構における会長でもある。

NPB以外では、四国アイランドリーグplusが2004年に四国アイランドリーグとして発足した当初から石毛宏典が務めていたが、2007年12月に辞任し、以後は任命されていない。
概要

野球協約においては、次のように定められている（抄録）。

第6条（任期及び身分）

コミッショナーの任期を2年とし、再任を妨げない。コミッショナーは本人の申し出によるほか、その意に反して任期中に解任されない。


第8条（職権）

（1）コミッショナーは、日本プロフェッショナル野球組織を代表し、これを管理統制する。

（2）コミッショナーが下す指令、裁定、裁決ならびに制裁は、最終決定であって、この組織に属するすべての団体と個人を拘束する。


第9条（指令、裁定および裁決）

（1）指令 コミッショナーは、野球最高の利益を確保するために、この組織に属する団体あるいは個人に指令を発することができる。

すなわち、コミッショナーは極めて強大な権力を有する者であり、その裁決は絶対的なものである。これは、戦争が終結してプロ野球が再開するに当たって、選手の引き抜き合戦が過熱しすぎたのを憂慮した占領軍が、球団関係者の話し合いで最高の権力を有する者を選出させ、その裁決に従うことで球界の自治を促したところに端を発する。

コミッショナー職が空席の場合は、プロ野球実行委員会（各球団オーナーまたは球団社長1名ずつにより構成される）が代行機関を設置することになっている（野球協約第7条）。

2013年現在、業務は週に1回、月収200万円（年収に換算すると2400万円）であるとされている。
歴代コミッショナー

1951年の現行制度施行以降、歴代のコミッショナーとコミッショナー代行は以下の通り。ただし、NPBの源流（ルーツ）に当たる日本野球連盟でも、読売ジャイアンツオーナーの正力松太郎が同様の職務を行っていた時期があった。
コミッショナー

代氏名在任時期前職等野球殿堂
初代福井盛太1951年4月 - 1954年4月検事総長
第2代井上登1956年1月 - 1962年1月最高裁判所裁判官1965年
第3代内村祐之1962年5月 - 1965年4月東京大学医学部教授1983年
第4代宮澤俊義[注 1]1965年8月 - 1971年3月東京大学法学部教授
立教大学法学部教授
第5代大濱信泉1971年5月 - 1976年2月早稲田大学総長
第6代金子鋭1976年7月 - 1979年2月富士銀行相談役
第7代下田武三1979年4月 - 1985年3月駐米大使
最高裁判所裁判官
第8代竹内壽平1986年5月 - 1988年6月検事総長
第9代吉國一郎1989年3月 - 1998年3月内閣法制局長官1999年
第10代川島廣守1998年3月 - 2004年1月警察庁警備局長
内閣官房副長官