『エヴァンゲリオン ANIMA』（エヴァンゲリオン あにま）はテレビアニメ『新世紀エヴァンゲリオン』を原作とし、電撃ホビーマガジンにて連載（連載開始：2008年1月号、連載終了：2013年4月号）の小説。執筆者は陰山琢磨→山下いくと（2009年9月号以降）。全5巻。
概要

アニメ版と同じくメカニックデザインを行う山下いくとが製作総指揮とイラストを、陰山琢磨（当初）が執筆を、キャラクターデザインをうたたねひろゆきが担当し、バンダイとの協力でフィギュアを中心に、「弐拾四話終了時からの分岐ストーリー」すなわち「人類補完計画が発動しなかった世界の3年後」を描いたSF小説。「劇場版以降に相当する時間」が描かれた作品であるが、あくまで分岐であり続編ではない。原作の設定と食い違う新たな設定も盛り込まれている。

2004年末に庵野秀明が山下に対し、『機動戦士ガンダム』シリーズのようにエヴァを多元化したいという構想を話し、オリジナルの企画を考えたことがあると答えた山下に、それをやっていいと許諾を与えたのが企画の始まりであった[1]。国連・日本政府と和議しゼーレの量産機を倒した本編との分岐点を経て、人類補完計画の後始末と再発動の防止のために存続したNERV Japanと、そこに残った17歳になった3人のチルドレン、改造・強化を施された新型エヴァンゲリオンの活躍が描かれる。
ストーリー

EVA弐号機がEVA量産機との戦いに敗れ、同機を中心とした補完計画の儀式が今まさに完成しようとしていたその時、シンジのEVA初号機F型装備が、NERV本部に侵攻していた戦略自衛隊などの勢力を全て撃退して現れた。シンジは量産機を全て破壊し尽くして補完計画を妨害するも、地下のリリスはゲンドウらを呑み込む形で謎の黒い結界を展開、NERV本部は主要施設や重要人物を失うという結末を迎えた。

その後、NERV本部は各国支部との連携が取れにくくなるものの、補完計画の再発防止・ゼーレの活動妨害のために量産機の鹵獲と解体、衛星軌道上にエヴァ零号機試製II式改・領域制圧機「0・0EVA」3機を配備するなどの後処理を進める。しかし、鹵獲した量産機のいくつかが行方不明になった、0・0EVAの配備に関して各国の承認を経なかったなどの件で疑義を抱かれ、ついにはNERV全体が新たな脅威として見られてしまう。それでも、ゼーレが壊滅した保証もない今、NERVが解体されるわけにはいかなかった。ミサトを初めとする旧NERV本部職員一同はその武力を背景にして世界各国と軋轢を重ねながらも、NERV本部を各国支部から切り離し、独立した組織 NERV Japan として新たに立ち上げる。

物語はその3年後、ゼーレの再侵攻は無いであろうと誰もが思っていたころから幕を開ける。
登場人物
エヴァンゲリオンのパイロット
碇シンジ
第3新東京市立第壱高等学校に通う17歳の少年。学校では級長を務める。EVA初号機F型、後にスーパーエヴァンゲリオンのパイロット。三年前に比べて背が伸びている。伸ばした髪を後ろで束ねる。人間的に大きく成長し、エヴァチームの事実上のリーダーを務めている。精神汚染を受け、突如として衛星軌道上から落下してきた0・0EVA（カトル機）と交戦中、同機のγ線レーザー砲で至近距離から撃たれ、死亡したかに思われたが、その肉体と魂は初号機と一体化し、S・エヴァへの進化をもたらした。肉体はサルベージされたものの、心臓がS・エヴァの中に取り込まれて内蔵されたため、彼の身体の中には心臓が存在しない。よって、厳密にはヒトとは言えない存在と化している。彼の魂はS・エヴァと常に繋がっており、第2の身体とも言える存在となっている。その影響か初期はシンジが動くとS・エヴァも動くと言うアクシデントもあった
惣流・アスカ・ラングレー
同じく第3新東京市立第壱高等学校に通う17歳の少女。EVA弐号機II式、後に弐号機II式・アレゴリカのパイロット。ゼーレとの決戦を生き延びたという経験は彼女の精神的なわだかまりやトラウマを浄化して自信を持たせ、再び明るく朗らかな性格となった。胸はミサトに突っ込まれるほど豊満になっている。シンジとの距離は3年前に比べて近づいているが、碇ゲンドウという精神的支柱を失ったレイに遠慮して、少し身を引いている部分がある。
綾波レイ
同じく第3新東京市立第壱高等学校に通う17歳の少女。EVA零号機F型のパイロット。テレビ本編における三人目のレイであり、他のクローンと比してNo.トロワとも呼ばれる（文章中では専らレイ・No.トロワと呼称）。3人のレイ・クローンたちとは精神的にリンクしており、意識を集中することで任意のクローン体の感覚情報などを読み取ることが出来る、NERV Japanの守りの要とも言える存在。3年間の成長で碇ユイに似通った姿に育ってきており、シンジからは距離をおかれて接している。自分自身も、いずれ碇ユイそのものになるのではないかというありえない杞憂を抱いている。また、他のクローンたちと異なり個を確立できない自分への苦悩など、苦しむ姿が多く描写される。
レイ・No.カトル
綾波クローン体の一人。0・0EVA（カトル機）のパイロット。他の個体と識別するため髪は銀色に調整される。黒いプラグスーツを着用。何らかの原因で精神汚染を受け、敵として0・0EVAごと地球に降下。初号機F型を大破させた後に姿を消す。再登場後は、人類補完計画を止めたシンジに憎悪をぶつけ、計画再開のために殺害を図る。シンジを殺害すると宣言しながら彼にキスをするなど、その不可解な行動にはシンジへの憎悪だけでは計り知れない物がある。彼女が精神汚染を受けて以降、他のクローン体にも、本来芽生えるはずの無い独自の人格が芽生えるという異常が出た。
レイ・No.サンク
綾波クローン体の一人。0・0EVA（サンク機）のパイロット。