アジアクラブ選手権1998-99は、18回目のアジアクラブ選手権である。

ジュビロ磐田が初優勝した。日本のクラブがアジアチャンピオンとなったのはこれが3度目になる。
1回戦
西アジア

チーム #1合計チーム #2第1戦第2戦
アル・クワ・アル・ジャウィヤ 9-01 ヒドマト・ラファフ7-02-0
アル・アイン 7-2 オマーン・クラブ5-22-0
アル・アンサール (a)3-3 アル・アラビ1-02-3
ウェスト・リファー 2-3 アル・ワフダ2-00-3(aet)
アル・サルミヤ 2-3 アル・ヒラル0-02-3
コペトダグ・アシガバート 4-42 FCイルティシュ4-10-3
ヴァフシュ・クルガン・テッパ (w/o)3 ネフチ・フェルガナ
エステグラル bye

1 両試合ともイラクのバグダードで開催
2 FCイルティシュは2人の不適格選手を出場させたことにより失格処分を受けた
3 ネフチ・フェルガナは第1戦前に棄権した
東アジア

チーム #1合計チーム #2第1戦第2戦
浦項スティーラース 6-0 カン・サイゴン2-04-0
シンガポール・アームド・フォーシズ 2-4 スランゴールFA1-41-0
インスタント・ディクトFC 0-7 ジュビロ磐田0-30-4
BECテロ・サーサナ1 6-1 スリースター・クラブ6-1n/p2
大連万達 6-0 イースト・ベンガル6-00-0
クラブ・バレンシア 0-6 釜山大宇ロイヤルズ0-20-4
アライド・バンク (w/o)3 サウンダーズSC
ファイナンス・アンド・レヴェニュー bye4

1 BECテロ・サーサナは国内リーグの順位がより上位にあった3クラブが経済的理由から出場を辞退したため繰り上げでタイ代表クラブになった
2 第2戦はおそらく行われず
3 アライド・バンク・リミテッドFCは1回戦の前に棄権した
4 インドネシア代表クラブと対戦する予定だったが、インドネシアでは1997-98シーズン中に国内リーグが中断された
2回戦
西アジア

チーム #1合計チーム #2第1戦第2戦
アル・クワ・アル・ジャウィヤ 1-3 エステグラル1-10-2
アル・アイン 3-2 アル・アンサール3-10-1
アル・ワフダ 2-6 アル・ヒラル2-20-4
ヴァフシュ・クルガン・テッパ 0-6 コペトダグ・アシガバート0-10-5

東アジア

チーム #1合計チーム #2第1戦第2戦
大連万達 3-1 BECテロ・サーサナ3-00-1
ジュビロ磐田 4-0 ファイナンス・アンド・レヴェニュー4-0n/p1
サウンダーズSC 1-9 釜山大宇ロイヤルズ1-40-5
浦項スティーラース 10-1 スランゴールFA6-04-1