Wine やアプリケーションの EXE ファイルやレジストリなどはホームディレクトリ内の .wine ディレクトリ下に保存される。保存先は環境変数 WINEPREFIX を設定することで変更できる[20]。かつて Wine の設定ファイルとして config というファイルがあったが、2005年に廃止され[21]現在は拡張子が reg のファイルに設定が保存されるようになっている。
アプリケーションのデスクトップエントリファイルやアイコンなどはホームディレクトリ下の
.config/menus/applications-merged
.local/share/applications/wine
.local/share/desktop-directories
.local/share/icons
にインストールされる[22]。これらのディレクトリにインストールされるファイルは GNOME や KDE などでメニューに使われる。
Wineに似た他のプロジェクト
CodeWeavers - アメリカの会社で、Windows向けのブラウザ用プラグインソフトをLinux上で動作させるCodeWeavers Pluginなどを開発・販売している。Wineベース。また、Windows アプリケーションを動作させるCrossOver Linuxという製品や、Mac OS X上でWin32 アプリケーションを動作させるCrossOver Macを出荷している。
cedega - ⇒TransGaming Technologies社のWineの改良版プロジェクト。 DirectXに対応しているのが特徴。主にWindows用ゲームをLinux上で動かすことを主目的にしている。
ReactOS - Windows NTとバイナリレベル・ドライバレベルでの互換性を確保することを目標とした、オープンソースプロジェクト。Wineとも協力して開発を進めている。
Wine 用のツール
⇒Wine-Doors - GNOME デスクトップ用のアプリケーション管理ツールであり、Wine に機能を追加する。Wine-Doors は ⇒WineTools の代りとなるもので、WineTools の機能を改善し、より現代的な設計アプローチのもとで WineTools のアイディアを発展させることを狙いとしている。
⇒WineBot - apt/dpkg/rpm のようなネイティブな Linux パッケージマネージャと同様の方法で動作するようなアプリケーション管理ツールである。このプロジェクトの狙いは特定のアプリケーションをインストールするのに必要なハックを追跡するためのプラットフォームと、Wine プロジェクトの自動退行テストのフレームワークを提供することに加え、Wine-Doors とのデータ互換性をもたせることにある。
⇒WineTricks - Wine を正しく動作させるのに必要で基本的なコンポーネントをインストールするためのやっつけで汚いスタイルのスクリプトである。これを使えば QuickTime、Windows Media Player、 .NET Framework や DirectX のランタイムライブラリなどが簡単にインストールできる。
⇒IEs4Linux - バージョン4から6までの Internet Explorer (IE) をインストールするためのユーティリティであり、まもなく IE7 もサポートされる予定である。現在 IE7 のエンジンはユーザが選択したときにのみインストールされる（ベータ段階）。ただし IE のライセンスの関係上、一部のバージョンの IE に関して Wine 上で使用することはライセンス違反となる可能性が高い[注釈 1]。また、それ以外のバージョンでも Windows のライセンスが必須[注釈 2]である。
⇒WineLocale - Windows プログラムの中には日本語、中国語や韓国語などで使われることのある非 Unicode の文字コードのサポートを必要とするものがある。 WineLocale はこのようなプログラムを Wine で動作させるための拡張ユーティリティである。Ubuntu のフォーラムにこのツールを使うためのドキュメントがいくつかある[23]。
⇒PlayOnLinux - Wine を使って Windows のゲームのインストールを簡単にするためのアプリケーション。特別な設定が必要なゲームに対して適用するスクリプトのオンラインデータベースを使っている。ゲームがデータベースに無ければ、手動インストールもできる。ゲーム以外のプログラムもインストールでき、あるプログラムが他のプログラムに干渉することを避け隔離するため個々のプログラムは異なるコンテナ (環境変数の WINEPREFIX) に置かれる。これは CrossOver Office の bottles が動作する方法と同じである。
注釈^ 例えば IE6 Service Pack 1 の EULA には「本 OS コンポーネントは、該当する OS 製品の既存の機能をアップデート、またはこれに追加もしくは代替するためにのみ提供されています。」という一文があり、Windows のアップグレードとしてのみ使用できる。
^ 例えば IE7 の EULA には「お客様は、マイクロソフト Windows XP SP2 and Windows Server 2003 SP1 ソフトウェアの有効なライセンス取得済みの複製 (以下「本ソフトウェア」といいます) ごとに、本追加物の複製 1 部を使用できます。」という一文があり、Windows のライセンスと同等とみなしている。
出典^ ⇒Does Wine emulate a full computer?
^ ⇒Why do some people write WINE and not Wine?
^ ⇒Do I need to have a DOS partition on my system to use Wine?
^ ⇒Under what hardware platform(s) and operating system(s) will Wine(Lib) run?