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2007年10月1日の午後から、表示デザインがリニューアルされたが、一部の古いWebブラウザでの表示やアクセスが正しく行われなくなったり、ハングルなどの多言語表示が出来なくなる問題が発生している（ただし多言語表示はもともと動作保障されている規格ではない）。
また、画面が以前よりも明るく表示されるため、眼が疲れる、間延びして見づらい、スクロールする必要が増えて操作性が悪い、不要なツールバーが追加されて誤って操作しやすいなどの問題を指摘する意見が出ている。再変更あるいは元のデザインへ復帰を希望するコミュニティも複数作られている。
mixiの公式発表によると、Microsoft Windows 2000、Microsoft Windows XP、Mac OS X v10.3以降のみが推奨環境OSとしており、Mac OS X v10.2以前のMac OS X、Mac OS 9以前、Microsoft Windows Vistaでは一部もしくはすべてのサービスが利用できないとしている。対応ブラウザもMicrosoft Internet Explorer 6.x、Safari、Mozilla Firefoxのみとしており、OperaやWindows Internet Explorer 7.x、そして当然ながら各Webブラウザのベータ版は推奨対象外となっている。実際には、CSSに非常に多くの記述ミスがあり、その為にCSSが適切に処理されず、画面の左側に寄ったり、ブラウザ本来の規定値が適用された結果デザインに影響を与えるのが現実であり、mixi製作側がコンテンツの精査を怠ったが為に生じる制限である事が明らかにされている。
現在ユーザーから、元のデザインに戻してほしい、あるいはCSSの不具合を修正してほしい、という要望に対して、のべ27万人の賛同が得られている（機能要望が多数重複している為、正確な総数は不明である）。また一部の要望に対してmixi事務局が賛同意見もろとも機能要望のトピックを削除した事から、これに対する強い非難が事務局に寄せられている。
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上記の2007年10月1日の表示変更（リニューアル）に伴って、多くのユーザーが日記に「リニューアル」という語を使って感想を書いており、日記検索してみると、直近に限っても、数千件の新たな書き込みが見つかるが、10月4日分の日記キーワードランキング発表以降、「リニューアル」という語がランキングの対象から消えた。別の、もっと書き込みが少ない語はランキング入りしていることと、前日まで対象になっていた語が急に消えてしまうのは不自然であり、情報操作の疑いが持たれている。多くのユーザーが批判的な意見を書いていることの隠蔽工作ともとれ、日本テレビ系『おもいッきりイイ!!テレビ』が、このランキングを番組内で紹介していることについても問題視する意見がコミュニティに書き込まれている。
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mixiでは、推奨はされていないがチケットの売買は自己責任で行っていいことになっている。それに付け込んだ詐欺事件も発生している。
2007年10月3日、大塚愛のコミュニティなどに詐欺行為を行ったとされる特定のユーザーIDが暴露され、多数のユーザーがそのユーザーに詐欺行為をされたという書き込みがあった。暴露されたユーザーは返金するといっているが、本人が未成年であること、被害者が多数に上ること、さらには過去にも詐欺行為をしたことを本人も認めていることなどから、返金は不可能という意見もある。さらには「逮捕しろ」と刑事処分を求める意見まで飛び出した。また、被害者が返金を求めるコミュニティが作成されるまでに至っている。ただ被害者側にも「見知らぬ人といきなりやり取りするのはそれなりのリスクがある」という意見も出た。
このようにIDが晒されたケースはごく稀だが、詐欺行為自体はかなり多発していたため、2007年12月13日、2008年6月9日に運営者からのお知らせで注意喚起をするまでに至った。
2008年4月1日施行予定の利用規約改定を巡りウィキニュースに関連記事があります。
⇒mixiが利用規約改定案の内容を一部修正
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mixi事務局は、2008年3月3日に以下の内容を持つ利用規約の改定を2008年4月1日から施行する旨発表した。様々な条項がmixiユーザーの間で問題とされているが、特に新規約18条の問題が報道されている[14]。
ユーザーは株式会社ミクシィに対して、日記等の情報を無償かつ非独占的に使用する権利（複製・上映・公衆送信・展示・頒布・翻訳・改変等）を許諾するものとする。（第18条1項要旨）
ユーザーは、株式会社ミクシィに対し、著作者人格権を行使しないものとする。（第18条2項要旨）
新利用規約の施行前にユーザーによって行われた行為についても本利用規約が適用される。（附則第2項要旨）
これにより、日記・自作小説・画像・動画といった著作物が無断で株式会社ミクシィに使われる虞があることから、作家や編集者などの著作権と密接な関わりを持つ職に就いているユーザーから、「これが施行されるようであれば退会も考えなければならない」との声が上がっている[15]。米国在住の映画評論家である町山智浩は、既に退会の意向を表明しており[16]、mixiユーザーの間にも不安が広がっている。
mixi事務局はユーザーの反応及びマスコミの報道に対して、「利用規約改定に関するお知らせ（追記）」を発表し、またマスコミに対して規約改定の必要性の根拠について以下の説明を行った。
投稿された日記等の情報が、当社のサーバに格納する際、データ形式や容量が改変されること。
アクセス数が多い日記等の情報については、データを複製して複数のサーバに格納すること。
日記等の情報が他のユーザーによって閲覧される場合、当社のサーバから国内外に存在するmixiユーザー（閲覧者）に向けて送信されること。
mixi 新機能リリース・障害のご報告 利用規約改定に関するお知らせ（追記）より引用
しかしながら、本事項は「新機能リリース・障害のご報告」に掲載されている事柄であって規約としての強制力はなく、また規約自体がユーザーが有する著作権に対してmixi事務局がほぼ無制限の権利行使の許諾を強要する事に変わりは無く、本規約変更に対して否定的な意見を持つ者からは「何の説明にもなっていない」という厳しい意見も見られる。サーバに格納し配信する為だけであれば、著作人格権の放棄の必要性は全く無く、過去にそのような事を主張して認められた事例も無いとの意見もある。
