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上記の2007年10月1日の表示変更（リニューアル）に伴って、多くのユーザーが日記に「リニューアル」という語を使って感想を書いており、日記検索してみると、直近に限っても、数千件の新たな書き込みが見つかるが、10月4日分の日記キーワードランキング発表以降、「リニューアル」という語がランキングの対象から消えた。別の、もっと書き込みが少ない語はランキング入りしていることと、前日まで対象になっていた語が急に消えてしまうのは不自然であり、情報操作の疑いが持たれている。多くのユーザーが批判的な意見を書いていることの隠蔽工作ともとれ、日本テレビ系『おもいッきりイイ!!テレビ』が、このランキングを番組内で紹介していることについても問題視する意見がコミュニティに書き込まれている。
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mixiでは、推奨はされていないがチケットの売買は自己責任で行っていいことになっている。それに付け込んだ詐欺事件も発生している。
2007年10月3日、大塚愛のコミュニティなどに詐欺行為を行ったとされる特定のユーザーIDが暴露され、多数のユーザーがそのユーザーに詐欺行為をされたという書き込みがあった。暴露されたユーザーは返金するといっているが、本人が未成年であること、被害者が多数に上ること、さらには過去にも詐欺行為をしたことを本人も認めていることなどから、返金は不可能という意見もある。さらには「逮捕しろ」と刑事処分を求める意見まで飛び出した。また、被害者が返金を求めるコミュニティが作成されるまでに至っている。ただ被害者側にも「見知らぬ人といきなりやり取りするのはそれなりのリスクがある」という意見も出た。
このようにIDが晒されたケースはごく稀だが、詐欺行為自体はかなり多発していたため、2007年12月13日、2008年6月9日に運営者からのお知らせで注意喚起をするまでに至った。
2008年4月1日施行予定の利用規約改定を巡りウィキニュースに関連記事があります。
⇒mixiが利用規約改定案の内容を一部修正
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mixi事務局は、2008年3月3日に以下の内容を持つ利用規約の改定を2008年4月1日から施行する旨発表した。様々な条項がmixiユーザーの間で問題とされているが、特に新規約18条の問題が報道されている[14]。
ユーザーは株式会社ミクシィに対して、日記等の情報を無償かつ非独占的に使用する権利（複製・上映・公衆送信・展示・頒布・翻訳・改変等）を許諾するものとする。（第18条1項要旨）
ユーザーは、株式会社ミクシィに対し、著作者人格権を行使しないものとする。（第18条2項要旨）
新利用規約の施行前にユーザーによって行われた行為についても本利用規約が適用される。（附則第2項要旨）
これにより、日記・自作小説・画像・動画といった著作物が無断で株式会社ミクシィに使われる虞があることから、作家や編集者などの著作権と密接な関わりを持つ職に就いているユーザーから、「これが施行されるようであれば退会も考えなければならない」との声が上がっている[15]。米国在住の映画評論家である町山智浩は、既に退会の意向を表明しており[16]、mixiユーザーの間にも不安が広がっている。
mixi事務局はユーザーの反応及びマスコミの報道に対して、「利用規約改定に関するお知らせ（追記）」を発表し、またマスコミに対して規約改定の必要性の根拠について以下の説明を行った。
投稿された日記等の情報が、当社のサーバに格納する際、データ形式や容量が改変されること。
アクセス数が多い日記等の情報については、データを複製して複数のサーバに格納すること。
日記等の情報が他のユーザーによって閲覧される場合、当社のサーバから国内外に存在するmixiユーザー（閲覧者）に向けて送信されること。
mixi 新機能リリース・障害のご報告 利用規約改定に関するお知らせ（追記）より引用
しかしながら、本事項は「新機能リリース・障害のご報告」に掲載されている事柄であって規約としての強制力はなく、また規約自体がユーザーが有する著作権に対してmixi事務局がほぼ無制限の権利行使の許諾を強要する事に変わりは無く、本規約変更に対して否定的な意見を持つ者からは「何の説明にもなっていない」という厳しい意見も見られる。サーバに格納し配信する為だけであれば、著作人格権の放棄の必要性は全く無く、過去にそのような事を主張して認められた事例も無いとの意見もある。[17]
これについて、mixi事務局はimpress社の取材に対して「なお、利用規約に関しては利用ユーザーに理解しやすい内容になるよう、引き続き検討するとしている。」とコメントしている。[18]
なお本規約発表に伴いミクシィ社の株価は暴落し、前日比12万3000円（10.98％）安の99万7000円まで下落した。[19]
3月6日には2月の直近安値を割り込み、ストップ安（値幅制限の下限）となる前日比10万円（10％）安の88万4000円まで売り込まれ、昨年9月27日（安値 88万3000円）以来の安値水準を付けた。今月3日の規約変更を発表する直前の2月29日終値（124万円）から、わずか4営業日で下落率は3割近くに達した。 [20]
予想外の株価下落による資金流出の事態に対して、ミクシィ社は規約改定内容を再検討した結果を3月19日公表した。条文は、原則として著作権および著作者人格権等の周辺権利はユーザーに帰属するものとし一部の例外事項を設ける形とした。[21]
規約改定案公表後の同社株価は2008年3月19日15時00分時点で前日比2万1000円（2.56%）高の84万1000円で下げ止まりとなった。
騒動は結果として、規約改訂の事実上の撤回と、株式資産の約三割を失うという形で終結した。（なお有料登録の遅延金請求については行われる予定。）
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例:mixiに大量の盗撮画像-女高生撮ったのは高校教師 ⇒[1]保健所女性職員、食中毒の処分内容をmixiに書き込む ⇒[2]強姦：「ミクシィ」で知った女性に 被告に懲役７年 ⇒[3]
