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身体的影響
男性
オナニーをすると陰茎の皮や陰茎そのものが赤くなるが一時的なものである。オナニーや性交を繰り返すことによって、陰茎が黒ずむと言われることがあるが、皮膚の摩擦刺激による色素沈着（黒ずみ）は擦過傷、瘤、傷などの比較的深い持続的な刺激（例えば堅くてざらざらしたものの持続的な刺激）によるもの（これらも傷が深ければ治るのは遅いが持続的刺激がなくなれば消えるし直る）で、オナニーや性交を繰り返す程度で黒ずむことはない。性器が黒ずむのは、思春期から遺伝的に起こるもので、男性は陰茎よりも先端の包皮が濃く黒ずむ（皮膚の収縮が高いところなのでより多くのメラニン色素が集まるため）。包皮のシワが集まってそう見えるのもある。加齢による色素沈着は消えないので、年齢によって性器の色が異なるのはある意味当然ではある。またこの時期には性器のシミも生じてくる。これは皮膚の老化により皮膚がダメージによりシミになるやすくなるもの、主に傷、湿疹、出来物（吹き出物）で起こる（赤く腫れるぐらいではならないが）通常オナニーで性器に傷をつけることはないが、傷がつけばなる可能性はある。ただ、傷以外でもなるので、傷をつけなくても普段の生活で充分シミはできてしまう。現実に気づかない人も多いがシミある人は若い男女でもたくさんいる。勿論性器のどこにでもでき得る。大きさ、個数は人それぞれ、男性では亀頭、陰茎、そして包皮、また包皮の内側にある人もいる、女性も当然、小陰唇、大陰唇にある、これらも当然加齢とともに生じてくるごく自然なことである。逆に手の摩擦箇所の皮膚が擦りむけてくることもある。
俗に利き手の方向へ陰茎が曲がるなどと言われる。あくまで俗説であり変形は軽いものである。また、陰茎亀頭を包む包皮を利用してオナニーをすることで、包皮が伸びてしまい仮性包茎になりやすいという説があるが、これは俗説でしかなく、実際には皮が厚くなる程度。
オナニーの経験回数が増えるに従って、性器への刺激が増さないと射精しにくくなる傾向があるが、自分の手による刺激に慣れてしまうと、女性との性交時に、女性の膣圧が弱く感じられ、射精できなくなる（遅漏になる）という報告もある。性的興奮には個人差が大きいため必ずしも自慰によるものではなく性的興奮をもたらす要因にも関わる場合がある。
オナニーをすると老化やハゲなどにつながると言われることがある。男性ホルモンの分泌量増加を理由として主張する者もいるが、実際にこうした医学的証明があるわけではなく、俗説の域を出ない。
女性
男性同様、性器の黒ずみに関してはオナニー・性交の摩擦と関係があるという俗説がある。しかしオナニーや性交の摩擦によって小陰唇に色素が沈着し黒ずむわけではない。ただ、オナニーの方法や頻度により小陰唇が多少伸びることがある。しかし身体改造的に行なわなければ大きな変形とはならない。性器の色素沈着は加齢とともに起こるもので、男性同様遺伝的なもので皮膚の収縮が高い小陰唇が濃く[5]大陰唇がそれよりも薄く黒ずむ[6]。また、メラニン色素の量により黒ずみには個人差がある。特に思春期の色の変化は時期的にオナニーとの関係が疑われやすいが、ほとんど関係はないとされる。また男女ともに黒ずみ方は均一ではない(生物の細胞は１００％均一ではないので個人差はあるがまばらなもの）になる。そして、医学的な統計は出ていないが男女ともに性器が黒ずんでいる人はほとんどである（日本人は黄色人種であり皮膚に黒色色素をそれなりに含んでいるため黒ずみが起こりやすい）
美容整形の分野ではこうした色素沈着を取り除く薬品や処置を提供している場合もあるが、加齢による色素の沈着はある程度自然な成り行きなので過剰な性交や自慰との関連をことさらに不安視する必要はない
性器を清潔に保つことで、性行為感染症をある程度防ぐことができる。傷や病気になった場合主に精神的な要因で性に対する忌避が起こる場合があるので、指や体に触れる器具を清潔に保ち、傷がついた際に感染症にかからないよう気をつける必要がある。また傷も色素沈着の原因となりやすい。
女性の場合、性的刺激を与えることで女性ホルモンの分泌を促すことができる。そのため、女性らしい体、妊娠しやすい体を作る効果がある。性的興奮は個人差が激しく、女性全般に対して自慰行為のみに利点があるわけではない（虚しい、みじめという感覚をもつ女性にとっては自慰が罪悪感をもたらすため）。
オナニーの有用性についてオナニーする女性 グスタフ・クリムト画（1913年）
心理学の見地から、オナニーは自我の形成に重要な役割を果たすとも言われている[要出典]。自らの指を汚しながら人間が人間であることを確認する行為である。
現代的な考えではオナニーを性交の練習として捉える傾向もある。自身の性的快楽の習得方法を学ぶ方法として有用であり、同時にパートナーの性的快楽を理解し把握する訓練に利用できるとするものである。
男女の性的快楽は陰茎・陰核の亀頭部が主体となるが、一箇所の刺激のみではマンネリズムに陥りやすい。このためオーガズムに到達する時間が長引くか、あるいは意欲が喪失することがある。そこで新たな刺激を求め、身体の亀頭部以外の場所（性感帯）を刺激したり、エロティックな視聴覚対象などで興奮を高めたりする。これは性交においても同じであり、マンネリズム回避の方法を習得しパートナーとの性的快楽をよりよい方向へ導く学習としても有用である。
特に思春期の男女児は性ホルモンの分泌が成人より活発であるため、頻度が多いといわれている。男児は夢精の予防も兼ねて、落ち着いてオナニーできる就寝前あるいはその前の入浴時等に済ませるのが一般的といわれている。また、早朝の朝立ちにより眼が覚めてしまうと勃起したままでは再び寝付きにくいので、オナニーにより勃起を収めることもある。
有名な俗説として、一回の自慰はおよそ100メートルの短距離走と同じくらいの体力を消費するという話があるが、人によって疲労感はそれぞれであり、正しいとは言い切れない[要出典]。また、話題が話題だけに[要出典]何度も繰り返し報道や記述されたものはないが、米国の或る学者が研究したところによれば、一回の性交で男女ともオーガズムに達した後の疲労度は男子の場合100メートルを疾走、女子は50メートルの散歩程度に相当すると2000年に入ってから日本のテレビで報道された[要出典]。
2003年に出版された女性科学研究所の著書では、知力低下、疲れやすくなる、肺病にかかりやすい等の説は、数十年前まで信じられてきたものであるが何の根拠がなく子供が痴態に耽るのを防ぐための迷信であると意見している。
オナニーは、老若男女を問わず見られる行為だが、特に性的欲求の高い第二次性徴期?結婚前の若者に、よく見られる。第一次性徴期であっても、オナニーは多く見られる。女児では、手で性器を刺激するほか、机の角に性器をこすりつけたり布団をはさんだりする。男児では、手で刺激するほか床にこすりつけたりし、行為次第では男児女児ともオーガズムを得られる。このオーガズムは成人と変わりないが、男児では精子が生産されないために、女児のように性器の律動運動のみが観察される。
