英語のリスニング試験では、ICプレイヤーの不具合によるトラブルが開始年度から毎年報告されている。2006年度は451人、2007年度は381人、2008年度は175人の受験生が再テストを受けることになった。リスニング試験に関しての一定確率でのトラブルはセンター側としても想定済みの事態であり、試験当日における対応マニュアルなども試験監督者に渡されている。
その他、機器の不具合以外のトラブルで再試験が認められる例が何件か報告されている。
2008年度の本試験
日本文理大学の受験生179人の教室内で、試験開始5分後に、受験生の足元のバッグに入っていた携帯電話の着信音が鳴りだした。試験監督者はバッグを会場の外へ持ち出したが、約30秒間鳴り続けた。大学入試センターは携帯電話の持ち主を除く残りの受験生全員の再試験を認めた。なお、この行為はセンター試験の受験の注意事項に書かれている「試験開始時間中に携帯電話や時計の音（着信・アラーム・振動音など）を鳴らすこと」の不正行為に該当する。試験開始前には口頭で受験の注意事項の説明があるため、この受験生は注意事項を守るのを怠っていたことになる。
成蹊大学では、試験中に大学内の全教室で約5?30秒間停電した。これは節電のため自動的に消灯されるシステムによるもので、大学側がこのシステムを事前に解除しておくのを忘れた。停電している間教室はかなり暗くなったとみられるが、幸いパニックに陥る受験生はいなかったとされている。この大学で受験した855人が再試験の対象となった。
横浜国立大学では、試験を行っている教室の近くに物品販売車が停車し、約5分間、客集めの為の音楽を流した。問題が聞き取れなかった可能性もあり、この教室にいた受験生1人の再試験を認めた。
センター試験では、前身である大学共通一次試験を含めて過去に出題した問題、いわゆる過去問を再度出題したことはない。これは、問題を解いた経験がある受験生と、その経験がない受験生とで不公平が生じるのを避けるためである。加えて、教科書に載せられた題材も出題しないことが慣習となっている。これも過去問と同様に、履修した経験で不公平が生じるのを避けるためである。
しかし、問題を作成する過程で、センター試験や他の大学の過去問、模擬試験、教科書などと題材が重複していないかを点検する作業に、膨大な時間と労力を割かれる状況が年々深刻化してきた。また一方で、センター試験の問題は、各大学が入試問題を作成するときに参考資料とすることが想定されているため、学習指導要領に基づいた良質な問題を出すことが求められており、年々少なくなる題材から良質な問題を作成することは限界に近付いていた。
このような状況を憂慮した大学入試センターは、文部科学省や国立大学協会などと協議したうえで、過去問の活用を行う方針を固めている。良質な問題の収集と分析評価を行い、過去問を再利用するのである。導入時期は2010年度からとしている。対象は主に国語や英語といった教科における「出典文」とされ、設問ではなく、文章や題材が再利用される予定である。受験生にとって、センター試験の過去問演習は、現在よりも一層重要度を増すと考えられている。
2008年8月5日、大学入試センターは2012年度から、「地理歴史」と「公民」を統合して1科目とすることに加え、6科目を3グループに分けている「理科」のグループ制を廃止することを発表した[10]。変更後は、「地理歴史・公民」の9科目から最大2科目を、「理科」の6科目から最大2科目を選択する仕組みになる。ただし、同じ名称の科目（世界史Aと世界史Bなど）を同時に選択することはできない。
センター試験では、出願時にあらかじめ受験する科目を指定しなければいけないが、これはあくまでも印刷部数のおおまかな数を把握するためであり、どの教科・科目を受験するかは試験当日に決めることができる。
大学入試センターは、2012年度から受験教科の事前登録制を導入する方針を固めている。現在の制度では、センターは教科ごとの正確な受験者数を把握することができないため、大量に問題冊子を印刷しなければならず、毎年億単位の印刷費の無駄を抱える一方で、一部の会場では問題冊子の不足も生じている。解答教科の事前登録制の導入は、これらの問題を解決するのが狙いとされている。なお、この事前登録制度の対象は「教科」であり、「科目」はこれまでと同様、試験当日に決めることができるという。
脚注^ a b ⇒第1期中期目標期間業務実績報告書・大学入試センター
^ 大学入試センターは報道機関に対して、正式に追試験の問題非公表に関して発表していない。しかし、予備校や出版社、教育関係者のWebサイトに加え、 ⇒センター試験過去問題集のページなどでは、問題が非公表になった旨が記載されている。ところが、時が経つにつれて、追試験の実施から1年あまり経過すると続々と出版物に掲載される傾向が明らかになってきている。これに関して、2009年度受験用の黒本の各問題集では『追試験問題は、試験実施の1年後に公表されるようになりました』との記述がなされている。