全科目は9グループに分類されており、この分類は同一日時に行われる科目の群と一致する。受験者は各グループからは1科目ずつ（すなわち、最大9科目）しか受験できない。出願する大学により指定された科目は受験する必要があるが、必要のない科目は受験しなくてもよい。出願時に受験する科目を指定しなければいけないが、これはあくまでも印刷部数のおおまかな数を把握するためであり、どの科目を受験するかは、試験当日に決定することができる。ただし、2教科以下の受験で出願している場合は、その教科数を超えて受験することはできない。また、試験時間中に急遽変更することもできるが、選択教科マーク欄のマークミスが発生しやすいため、注意が必要である。

なお、

「外国語」グループにおける「英語」以外の科目（ドイツ語・フランス語・中国語・韓国語）

「数学 (2)」グループにおける「工業数理基礎」「簿記・会計」「情報関係基礎」

の選択を希望する受験者は、出願時に「別冊子試験問題の配布希望」欄に配布を希望する教科を申請しなければならない。希望しなかった受験者には、試験当日に上記科目の問題冊子は配布されない。

センター試験では、高校での履修の有無などによる科目の受験制限はない。また、多くの大学では理科や地歴公民を必要数以上受験した場合、高得点のものを採用するため、とりあえず受験してみる、といった受験者もいる。 しかし、大学によっては、「選択解答できる者は、高等学校において履修した者に限る」といった受験制限をしている場合（「地理歴史のA科目」「工業数理基礎」「簿記・会計」「情報関係基礎」など）があるため、募集要項などで確認する必要がある。なお、センター試験開始当初の学習指導要領における「現代社会」「理科I」（いずれも全学科で必修）は大半の大学が普通科・理数科に在籍していた人の選択を認めていなかった。

マークシートに受験した科目をマークしていなかったり、複数の科目にマークしたりした場合は理由を問わず0点となる。2007年度からは科目選択欄の横に「チェック欄」が付けられ、マークミスを防止する仕組みが整えられた。なお、「国語」と「英語（リスニング）」は1科目しかないため受験科目のマーク欄はない。また、「外国語」において別冊子の配布を希望しなかった場合は、受験科目のマークをしなかった場合であっても「英語」として採点される。

得点調整得点調整方法

センター試験の本試験において、同一グループの科目間で20点以上の平均点差が生じ、これが問題の難易差に基づくものと認められる場合には、「得点調整」と呼ばれる統計的処理が行われる。適用対象グループは、「地理歴史のB科目（3科目）」「公民」「理科のI科目（4科目）」の3つのみである。

センター試験終了約1週間後に行われる平均点中間発表の際に予告された上で実施される。対象となる受験者と対象とならない受験者間での公平性の観点から、平均点差のすべてを調整するのではなく、調整後も平均点差が15点となるように調整される。この15点の差は、通常起こりうる平均点の変動範囲である。

得点調整は各グループごとに「分位点差縮少法」という方式を使って行われる。分位点差縮少法とは、得点調整の対象となる科目のうち、最も平均点の高い科目と最も平均点の低い科目の得点の累積分布を比較し、図の縦軸の受験者数の累積割合 (%) が等しい点（等分位点）の差（分位点差）を一定の比率で縮小する方法である。また、平均点が最大と最小以外の科目についても、素点の平均点差が同一の比率で縮小されるように調整される。縮小の比率は、15点÷（最も平均点の高い科目の平均点 - 最も平均点の低い科目の平均点）と計算される。

しかし、実際に調整が行われることは極めてまれであり、センター試験の歴史の中でも数回しか行われていない。1998年度には上記のルールに従い、地理歴史において、日本史の得点を地理に近づける形で調整が行われた。また、共通一次時代の1989年度には、物理・生物があまりに低く化学が非常に高かったので調整が行われたが、これについては分位点差縮少法ではなかったため、0点でも50点近くにまで調整されたこともあり、批判が多く出された。ひどい例の場合、受験番号を記入して座っていただけで数十点獲得した受験生もいた。また89年度の場合、設定予告なしで行われたため、制度としても問題があるものだった。

外国語の難易度と点数の扱い外国語科の平均点の推移

センター試験では開始当初、共通一次試験と同じく英語・ドイツ語・フランス語の3ヶ国語のみ試験を行っていた。その後、1997年度からは中国語が、2002年度からは韓国語がそれぞれ導入されている。

英語以外の外国語は、外国系日本人や帰国生徒などのそれらの言語をいわば母国語または母語としていた人が多く受験しているため、英語に比べ押し並べて平均点が高い。特に韓国語と中国語の平均点は毎年、英語などと比べて数十点高い。これは朝鮮学校生徒や在日華僑などが受験生の中に多いためと推測される。事実、得点分布を見ると、ある集団だけが突出して高得点のところに集中している。外国語において得点調整が行われないことから、試験における公正さの観点でこれを疑問視する声が上がっており、得点調整を行うべきとの意見もある。一方で、平均点を英語など他科目に合わせようとするあまり「韓国語（中国語）を高校3年間だけ勉強した程度の学生が受ける問題にしては難しすぎる」という批判が高校教員の間で少なからず起こっている。

私立大学では学部を問わず、センター試験での英語以外の外国語の得点が認められる場合が多い。ただし、韓国語のみ認められない場合などもある。 国公立大学については、ドイツ語・フランス語は、学部を問わず認められることが多い。中国語も、比較的選択可能な大学は多い。

なお、外国語の試験で英語にリスニングが導入された結果、英語の総合得点（素点）が250点満点となるため、他の外国語の200点満点と50点の差が生じる。差分の調整方法は各大学によって異なる。以下にいくつかの例を示す。

筆記とリスニングの合計250点満点を0.8倍して、200点満点に換算する方法

筆記とリスニングの各得点を調整し、合計すると200点満点になるように換算する方法例:筆記200点満点を180点満点に換算、リスニング50点満点を20点満点に換算した後合算する。

筆記のみ200点満点の点数と、筆記とリスニングの合計250点満点を0.8倍して200点満点に換算したものとを比較し、得点の高い方を英語の得点として採用する方法

リスニングの得点を考慮せず、筆記の得点のみ参考とする方法

差分を調整せず、そのまま250点満点とする方法

入試における利用

大学により、最終判定におけるセンター試験の利用法は異なるが、大きくいくつかの系統にまとめることができる。
センター試験単独判定型
センター試験の結果のみで合否を判定するタイプ。私立大学で一般入試（大学独自の問題による入試）と並行して行われる場合が多い。国立大学の後期試験でも、センター試験だけで合否を決めている例もある。
センター試験 + 二次試験型
センター試験の結果と二次試験（大学によっては、小論文・面接等も課される）の結果を合計して合否を判定するタイプ。ほとんどの国公立大学はこれに当てはまる。センター試験の点数による第一段階選抜（いわゆる「足切り」）が行われる場合がある。
センター試験（傾斜配点）+ 二次試験型
センター試験のうち、一部の科目のみを点数として採用して、かつ各教科の本来の点を75%?25%程度に圧縮し、そこに二次試験の結果を合計して合否を判定する。京都大学や筑波大学などが好んで採用している。
センター試験独立利用型
センター試験の結果を第一段階選抜にのみ利用し、最終的な合否の判定は二次試験の結果のみで行うタイプ（京都大学理学部など）。

大学入試に関する詳しい情報については、大学受験を参照のこと。