数学（「工業数理」の一部および「簿記」「情報関係基礎」を除く）の解答方式は例外的で、一部の問いを除き、問題文中にある「ア」「イウ」といった枠で囲まれた文字に当てはまる数字や符号を直接マークする形式をとっている。誘導形式が多く、解けない問題があると、その先はできないことがある。また共通一次時代にあった、いわゆる「ダミー」は無いために、自分で出した数値と問題用紙の桁数が違うとその数値は誤答ということになる。決められた区域内の文字のマークが正解とすべて一致しないと得点にはならない。

例1：第1問の問題文中でと書かれた部分に対し「-54」と答えたい場合、問題番号1の解答欄「ア」にある (-) をマークし、同様に解答欄「イ」の (5)、解答欄「ウ」の (4) をそれぞれマークする。

例2：問題文中で と書かれた部分に対し と答えたい場合、解答欄「エ」の (-)、「オ」の (2)、「カ」の (a)、「キ」の (3) をマークする。なお、分数を含む形で解答する場合は、既約分数で答えなければならないことになっているので、上の例で と答えた場合、数学的に同じ値であっても不正解となる。また、正負の符号は必ず分子に付けることとなっている。

例3：問題文中で と書かれた部分に対し と答えたい場合、解答欄「ク」の (6)、解答欄「ケ」の (2) をマークする。なお、根号を含む形で解答する場合は、根号の中に現れる自然数が最小となる形で答えなければならないことになっているので、上の例で と答えた場合、数学的に同じ値であっても不正解となる。

例4：問題文中でと書かれた部分に対し「2BC」と答えたい場合、解答欄「コ」の (2)、解答欄「サ」の (B)、解答欄「シ」の (C) をマークする。なお、合同・相似条件やベクトルのような頂点の対応関係や向きを考慮する必要がある場合を除いては、BCとしてもCBとしてもどちらでも正解になる。なお、このように図形上の点を答えさせる場合は、『ただし、[サシ] については、 (A) から (G) までの適切な記号を入れよ。』との記述があることが多い。

例5：問題文中の [ス] に関して『ただし、[ス] については、当てはまるものを、次の (0)?(4) から一つ選べ。』と指示があり、この部分に対し (2) を選びたい場合、解答欄「ス」の (2) をマークする。

極めて技術的な解答方法として、解が小さい順から[アイウ]、[エ]、[オカ]とある時、[アイウ]は必ず負の解であり、[オカ]は二桁の解となる。このように実際の学力とは別に解答が導き出せるため、解答方法として果たして適切な方法であるかは疑問ともいわれている。

科目選択地歴科の平均点の推移公民科の平均点の推移

全科目は9グループに分類されており、この分類は同一日時に行われる科目の群と一致する。受験者は各グループからは1科目ずつ（すなわち、最大9科目）しか受験できない。出願する大学により指定された科目は受験する必要があるが、必要のない科目は受験しなくてもよい。出願時に受験する科目を指定しなければいけないが、これはあくまでも印刷部数のおおまかな数を把握するためであり、どの科目を受験するかは、試験当日に決定することができる。ただし、2教科以下の受験で出願している場合は、その教科数を超えて受験することはできない。また、試験時間中に急遽変更することもできるが、選択教科マーク欄のマークミスが発生しやすいため、注意が必要である。

なお、

「外国語」グループにおける「英語」以外の科目（ドイツ語・フランス語・中国語・韓国語）

「数学 (2)」グループにおける「工業数理基礎」「簿記・会計」「情報関係基礎」

の選択を希望する受験者は、出願時に「別冊子試験問題の配布希望」欄に配布を希望する教科を申請しなければならない。希望しなかった受験者には、試験当日に上記科目の問題冊子は配布されない。

センター試験では、高校での履修の有無などによる科目の受験制限はない。また、多くの大学では理科や地歴公民を必要数以上受験した場合、高得点のものを採用するため、とりあえず受験してみる、といった受験者もいる。 しかし、大学によっては、「選択解答できる者は、高等学校において履修した者に限る」といった受験制限をしている場合（「地理歴史のA科目」「工業数理基礎」「簿記・会計」「情報関係基礎」など）があるため、募集要項などで確認する必要がある。なお、センター試験開始当初の学習指導要領における「現代社会」「理科I」（いずれも全学科で必修）は大半の大学が普通科・理数科に在籍していた人の選択を認めていなかった。

マークシートに受験した科目をマークしていなかったり、複数の科目にマークしたりした場合は理由を問わず0点となる。2007年度からは科目選択欄の横に「チェック欄」が付けられ、マークミスを防止する仕組みが整えられた。なお、「国語」と「英語（リスニング）」は1科目しかないため受験科目のマーク欄はない。また、「外国語」において別冊子の配布を希望しなかった場合は、受験科目のマークをしなかった場合であっても「英語」として採点される。

得点調整得点調整方法

センター試験の本試験において、同一グループの科目間で20点以上の平均点差が生じ、これが問題の難易差に基づくものと認められる場合には、「得点調整」と呼ばれる統計的処理が行われる。適用対象グループは、「地理歴史のB科目（3科目）」「公民」「理科のI科目（4科目）」の3つのみである。

センター試験終了約1週間後に行われる平均点中間発表の際に予告された上で実施される。対象となる受験者と対象とならない受験者間での公平性の観点から、平均点差のすべてを調整するのではなく、調整後も平均点差が15点となるように調整される。この15点の差は、通常起こりうる平均点の変動範囲である。

得点調整は各グループごとに「分位点差縮少法」という方式を使って行われる。分位点差縮少法とは、得点調整の対象となる科目のうち、最も平均点の高い科目と最も平均点の低い科目の得点の累積分布を比較し、図の縦軸の受験者数の累積割合 (%) が等しい点（等分位点）の差（分位点差）を一定の比率で縮小する方法である。また、平均点が最大と最小以外の科目についても、素点の平均点差が同一の比率で縮小されるように調整される。縮小の比率は、15点÷（最も平均点の高い科目の平均点 - 最も平均点の低い科目の平均点）と計算される。

しかし、実際に調整が行われることは極めてまれであり、センター試験の歴史の中でも数回しか行われていない。1998年度には上記のルールに従い、地理歴史において、日本史の得点を地理に近づける形で調整が行われた。また、共通一次時代の1989年度には、物理・生物があまりに低く化学が非常に高かったので調整が行われたが、これについては分位点差縮少法ではなかったため、0点でも50点近くにまで調整されたこともあり、批判が多く出された。ひどい例の場合、受験番号を記入して座っていただけで数十点獲得した受験生もいた。また89年度の場合、設定予告なしで行われたため、制度としても問題があるものだった。

外国語の難易度と点数の扱い外国語科の平均点の推移

センター試験では開始当初、共通一次試験と同じく英語・ドイツ語・フランス語の3ヶ国語のみ試験を行っていた。その後、1997年度からは中国語が、2002年度からは韓国語がそれぞれ導入されている。

英語以外の外国語は、外国系日本人や帰国生徒などのそれらの言語をいわば母国語または母語としていた人が多く受験しているため、英語に比べ押し並べて平均点が高い。特に韓国語と中国語の平均点は毎年、英語などと比べて数十点高い。これは朝鮮学校生徒や在日華僑などが受験生の中に多いためと推測される。