センター試験の本試験において、同一グループの科目間で20点以上の平均点差が生じ、これが問題の難易差に基づくものと認められる場合には、「得点調整」と呼ばれる統計的処理が行われる。適用対象グループは、「地理歴史のB科目（3科目）」「公民」「理科のI科目（4科目）」の3つのみである。

センター試験終了約1週間後に行われる平均点中間発表の際に予告された上で実施される。対象となる受験者と対象とならない受験者間での公平性の観点から、平均点差のすべてを調整するのではなく、調整後も平均点差が15点となるように調整される。この15点の差は、通常起こりうる平均点の変動範囲である。

得点調整は各グループごとに「分位点差縮少法」という方式を使って行われる。分位点差縮少法とは、得点調整の対象となる科目のうち、最も平均点の高い科目と最も平均点の低い科目の得点の累積分布を比較し、図の縦軸の受験者数の累積割合 (%) が等しい点（等分位点）の差（分位点差）を一定の比率で縮小する方法である。また、平均点が最大と最小以外の科目についても、素点の平均点差が同一の比率で縮小されるように調整される。縮小の比率は、15点÷（最も平均点の高い科目の平均点 - 最も平均点の低い科目の平均点）と計算される。

しかし、実際に調整が行われることは極めてまれであり、センター試験の歴史の中でも数回しか行われていない。1998年度には上記のルールに従い、地理歴史において、日本史の得点を地理に近づける形で調整が行われた。また、共通一次時代の1989年度には、物理・生物があまりに低く化学が非常に高かったので調整が行われたが、これについては分位点差縮少法ではなかったため、0点でも50点近くにまで調整されたこともあり、批判が多く出された。ひどい例の場合、受験番号を記入して座っていただけで数十点獲得した受験生もいた。また89年度の場合、設定予告なしで行われたため、制度としても問題があるものだった。

外国語の難易度と点数の扱い外国語科の平均点の推移

センター試験では開始当初、共通一次試験と同じく英語・ドイツ語・フランス語の3ヶ国語のみ試験を行っていた。その後、1997年度からは中国語が、2002年度からは韓国語がそれぞれ導入されている。

英語以外の外国語は、外国系日本人や帰国生徒などのそれらの言語をいわば母国語または母語としていた人が多く受験しているため、英語に比べ押し並べて平均点が高い。特に韓国語と中国語の平均点は毎年、英語などと比べて数十点高い。これは朝鮮学校生徒や在日華僑などが受験生の中に多いためと推測される。事実、得点分布を見ると、ある集団だけが突出して高得点のところに集中している。外国語において得点調整が行われないことから、試験における公正さの観点でこれを疑問視する声が上がっており、得点調整を行うべきとの意見もある。一方で、平均点を英語など他科目に合わせようとするあまり「韓国語（中国語）を高校3年間だけ勉強した程度の学生が受ける問題にしては難しすぎる」という批判が高校教員の間で少なからず起こっている。

私立大学では学部を問わず、センター試験での英語以外の外国語の得点が認められる場合が多い。ただし、韓国語のみ認められない場合などもある。 国公立大学については、ドイツ語・フランス語は、学部を問わず認められることが多い。中国語も、比較的選択可能な大学は多い。

なお、外国語の試験で英語にリスニングが導入された結果、英語の総合得点（素点）が250点満点となるため、他の外国語の200点満点と50点の差が生じる。差分の調整方法は各大学によって異なる。以下にいくつかの例を示す。

筆記とリスニングの合計250点満点を0.8倍して、200点満点に換算する方法

筆記とリスニングの各得点を調整し、合計すると200点満点になるように換算する方法例:筆記200点満点を180点満点に換算、リスニング50点満点を20点満点に換算した後合算する。

筆記のみ200点満点の点数と、筆記とリスニングの合計250点満点を0.8倍して200点満点に換算したものとを比較し、得点の高い方を英語の得点として採用する方法

リスニングの得点を考慮せず、筆記の得点のみ参考とする方法

差分を調整せず、そのまま250点満点とする方法

試験結果

受験生は各大学に出願する前に自身のセンター試験での成績を知ることができない。そのため、解答時に問題用紙に自身の解答をメモしておき、後日、新聞などで発表される正解・配点と照合して自身の成績を推定する、いわゆる「自己採点」を行う。解答に「△（部分点）」はなく「○（正解）」か「×（誤答）」しかないので、これが唯一の情報源になるのだが、自分の解答を正確に控えておかなかったり、マークミスなどを犯していると、自己採点の点数と実際の得点が違うということが起こり、受験校を決める上で致命的なミスにつながることもある。

なお、現在では、採点結果を大手予備校に送ることにより、ある大学の志望者の中における成績の位置を知ることのできるシステムも整備されている。予備校は試験終了翌日の夜までに全国の高校・予備校・書店から申込者の自己採点結果を回収し、コンピュータシステムを使いデータを分析する。そして、試験終了から4日後には申込者に分析結果を配布するのである。予備校では、このデータ分析に加えて、各高校などに配布する成績資料も同時に作成しなければいけないため、この時期は繁忙を極めている。なお、受験者の多くは複数の予備校に自己採点の結果を送るため、予備校ごとに順位や合格判定の結果に大きな差が出ることはあまりない。代表的なものでは、代々木ゼミナールのセンターリサーチ、河合塾のセンター・リサーチ（バンザイシステム）、駿台予備学校・ベネッセコーポレーションのデータネットなどが挙げられる。

入試における利用

大学により、最終判定におけるセンター試験の利用法は異なるが、大きく3系統にまとめることができる。
センター試験単独判定型
センター試験の結果のみで合否を判定するタイプ。私立大学で一般入試（大学独自の問題による入試）と並行して行われる場合が多い。国立大学の後期試験でも、センター試験だけで合否を決めている例もある。
センター試験 + 二次試験型
センター試験の結果と二次試験（大学によっては、小論文・面接等も課される）の結果を合計して合否を判定するタイプ。ほとんどの国公立大学はこれに当てはまる。センター試験の点数による第一段階選抜（いわゆる「足切り」）が行われる場合がある。
センター試験（傾斜配点）+二次試験型
センター試験のうち、一部の科目のみを点数として採用して、かつ各教科の本来の点を75％?25％程度に圧縮し、そこに二次試験の結果を合計して合否を判定する。京都大学や筑波大学などが好んで採用している。
センター試験独立利用型
センター試験の結果を第一段階選抜にのみ利用し、最終的な合否の判定は二次試験の結果のみで行うタイプ。(京都大学理学部など)大学入試に関する詳しい情報については、大学受験を参照して下さい。

センター試験と「マークミス」

2006年5月25日、大学入試センターは1984年度以降23年間、解答用紙のマークシートに受験番号などをマークし忘れた受験生の答案でも0点にせずに、受験者を割り出して採点していた事実を明らかにした。

受験番号のマーク漏れなどがあると、電算処理でエラーが出て採点できない。センター試験の解答用紙は、模擬試験などでよく用いられる冊子型にはなっておらず、試験ごとに解答用紙が配布される仕組みになっている。