400系「つばさ」（2005年10月、東京駅にて撮影）E3系「こまち」（2005年10月、東京駅にて撮影）
ミニ新幹線（ミニしんかんせん）は、新幹線の建設費用を抑えるため、新幹線規格（フル規格）の線路を新規に建設することなく既存の在来線を改良した上で新幹線路線と直通運転（新在直通運転という）できるようにした方式である。また、新在直通運転を行う路線やそこを走行する車両（列車）もこう呼ぶ。
目次
1 概要
2 路線
3 車両
3.1 営業用車両
3.2 試験車両など
4 その他
5 関連項目
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この方式を採用した鉄道路線は案内上「新幹線」と称しているが、法規的には在来線であって、新幹線ではない。また、当然整備新幹線にも含まれない。あくまで在来線の改軌並びに高速化改良であり、在来線区間の最高速度もフル規格新幹線区間の200km/h以上に対して、関東圏の常磐線や関西圏の東海道本線や山陽本線など、在来線のうち高規格な一部路線と同じ130km/h程度である（現在の在来線最高速度は北越急行ほくほく線の160km/h）。とはいえ、通常の在来線区間としては比較的高速度の運転が実施されることになるため、地平の踏切には目視性を強化した警報機を設置したり、踏切を廃して立体化・地下化するなど、道路などの横断交通への安全対策が実施されている。
新在直通を行う路線は、標準軌に改軌するか、三線軌条化し、軌道を強化するなど高速運転に対応した改良工事を行う必要があるが、新規路線の建設用地確保が不要なため、建設コストが格段に安く、また建設期間も短くて済む。並行在来線の経営分離問題も生じない。さらに、接続駅での乗り換えが不要となり直通運転が実施されることで、所要時間短縮や利用者の負担軽減を図ることができるというメリットがある。
その反面で、フル規格新幹線のように劇的な時間短縮にはならない上、改軌によって従来からあった在来線のネットワークを寸断し、直通列車の運行が不可能になるため、列車の経路変更や途中駅での打ち切りが必要になり、これらの利用者にとってはサービスダウンとなる。また、複線区間であればともかく単線区間では列車の長期運休が避けられず、工事中の代替輸送をどうするかも問題である。車両面では、直通特急用の車両ばかりでなく、ローカル列車用にも標準軌用の車両を新しく用意しなければならない。
この方式では、新在直通を図った路線として2008年現在山形新幹線（奥羽本線福島?新庄間）と秋田新幹線（田沢湖線・奥羽本線盛岡?秋田間）の2路線がある。前述のように「新幹線」と称しているものの、法的には在来線である。
山形新幹線では、改軌区間で運転される貨物列車のために一部区間で3線軌を敷設（後に廃止）し、山形?新庄間の改軌にあたっては山形?羽前千歳間に乗り入れる仙山線や左沢線列車のために狭軌線路を併設のままで残存させた。この区間のローカル列車については案内上山形線の名称を使用している。
また、秋田新幹線では、大曲?秋田間は奥羽本線の狭軌線路と単線並列の形とし、一部区間を3線軌とするなどして運行の自由度を確保している。同区間では、営業列車としては新幹線直行特急のみ（非営業の回送列車として田沢湖線用のローカル列車用の車両が運転される）が標準軌の線路上を運行され、この区間のローカル列車は狭軌の線路を運行している。
これらの路線で運転される特急列車「つばさ」や「こまち」は、新幹線直行特急と呼ばれる。
ミニ新幹線に用いる車両は、在来線の車両限界で設計され、フル規格の新幹線車両よりも小型であるため、この呼び名がある。車長は、フル規格新幹線の25mに対してミニ新幹線では20?21mであり、車幅も狭く新幹線区間で乗降口とホームとの間隔が開いてしまうため、開閉式のステップを備える。また、電気方式も新幹線区間が交流25,000Vに対して在来線区間は従来通り交流20,000Vとなっているため、両電圧に対応した複電圧仕様である。また、安全装置についても新幹線区間のATCと在来線区間のATS-Pの両方を積んである。
2007年現在、狭軌のままの在来線との新在直通運転を行うことを目的とした軌間可変電車（フリーゲージトレイン）の実用化試験も最終段階に入っており、それが実用化されると改軌工事が不要となり地上設備の改良が最小限で済むため、運用の自由度も増すことなどについて期待されている。
営業用車両
400系 - 2008年12月から2009年夏までに順次新型車両に置き換え予定
E3系
試験車両など
E926形（EAST i）
E955形（FASTECH 360 Z）
上記の新幹線直通列車とは全く関係ないが、湖西線は開業当初「ミニ新幹線」と呼ばれていたこともある。これは琵琶湖沿岸西側をほぼ直線にレールを建設したことと全線のほとんどを高架とトンネルで整備され踏切が全くないことから新幹線をイメージして呼ばれたものである。高規格路線であり、優等列車は最高速度130km/hで運行している。
