WOWOWでは"I Love Disney"というキャッチフレーズを掲げ、ディズニー作品にも注力している。また、その他の海外アニメも多数放送している。なお、海外アニメは基本的にスクランブル放送。
WOWOWは開局当時からディズニーの名作アニメを中心とした児童向けのアニメを放送していたが、1998年4月からは高年齢のアニメファン（いわゆる“アニメオタク”）を視聴対象とした日本のアニメーションを無料放送（ノンスクランブル）枠で放送する様になった。
1998年10月からは半年間ノンスクランブル深夜枠で放映された『カウボーイビバップ』が人気となり（※）、ソフト販売も好調。以降、全国で一斉に同時刻放送出来るというメリットを生かしたWOWOWノンスクランブル枠は1999年4月に大幅な拡充が行われ、最盛期には平日夜7時台というゴールデンタイムに週5つの30分枠を確保するまでに至った。
しかし拡充されたとはいえ、限られている放映枠を巡る競争は激しく、『THE ビッグオー』のように1クール（約3ヶ月）に短縮されるケースも生じるなど、枠を拡大した事が災いして一つの作品に対する成果（ソフトの売り上げ）が落ちてしまった事や、いわゆるUHFアニメや深夜アニメで安価に製作する事を望むメーカーの増加といった影響から徐々に放送数は低下。2003年度には一時期ノンスクランブル枠が無くなる状況も発生した。
その後、今度は逆に地上波深夜アニメが飽和状態に陥った（特に端的だったのがフジテレビの深夜アニメ枠の崩壊であった）影響もあって、近年は往時程ではないが、深夜枠に一定数のアニメ枠を確保している。
なお、WOWOWが直接製作に関わるスクランブル放送作品は年に1?数本のペースで安定して製作されており、過去には『ブレンパワード』や『オーバーマン キングゲイナー』といった富野由悠季監督作品、最近では『妄想代理人』や『Ergo Proxy エルゴプラクシー』などの最先端を行くアダルトな作風（同局では“カッティング・エッジ”と呼ぶ）の作品など、多彩なジャンルの良作を生み出している。今まではスクランブル放送作品はノンスクランブル放送作品に比べると数が少なかったが2007年にはノンスクランブル放送作品よりも数が多くなった。
（※）作品の半分は1998年4月からテレビ東京で放映されたエピソードの再放送であったが、テレビ東京版がいわゆる“テレ東規制”によって大幅な放映内容の変更を加えられていたため、WOWOWで放映されたものは完全版として高い評価を得ることとなったという経緯がある。“テレ東規制”に関しては右記リンクなどを参照の事。（ ⇒[1]）。
主な放送作品
※印 - R-15指定相当の作品。
＊印 - デジタル放送では16:9のワイドスクィーズ画面での放送。
◎印 - デジタル放送ではハイビジョン放送。
放送年ノンスクランブルアニメスクランブルアニメ
1998年
熱沙の覇王ガンダーラ
カウボーイビバップ
アニメコンプレックス
ああっ女神さまっ
小っちゃいって事は便利だねっ
アンドロイド・アナ MAICO 2010
南海奇皇（ネオランガ）
鉄コミュニケイション
ブレンパワード
1999年
星方天使エンジェルリンクス
デュアル!ぱられルンルン物語
Arc The Lad
課長王子
魔法使いTai!
THE ビッグオー（第1期のみ）
今、そこにいる僕
WILDARMS?Twilight Venom?
アニメコンプレックス
南海奇皇（第2期）
D4プリンセス
アニメコンプレックス2
臣士魔法劇場 リスキー☆セフティ
鋼鉄天使くるみ
星界の紋章
人形草紙あやつり左近
2000年
風まかせ月影蘭
OH!スーパーミルクチャン
銀装騎攻オーディアン
BOYS BE…
妖しのセレス
ゲートキーパーズ
NieA_7
STRANGE DAWN
HAND MAID メイ
VANDREAD＊
グラビテーション
闇の末裔
星界の戦旗
BRIGADOON まりんとメラン
2001年
Tales of Eternia The Animation
破壊魔定光
地球防衛家族
魔法戦士リウイ