史上初のUHFアニメとなる作品は、1996年10月に東京メトロポリタンテレビジョン（TOKYO MX）が制作した『わんころべえ』であるとされる。
その後1998年4月に開始された『LEGEND OF BASARA』は、当初から独立U局各局の深夜帯での放送を想定して制作された。[1]
これを先鞭として、その後も独立U局において主にコンピュータゲームや漫画、ライトノベルなどを原作とした、高年齢のコアなアニメファン（いわゆる“アニメオタク”）や中高生を対象とした作品の放送が次第に数を増していき、中でも地上波キー系列局では様々な理由（後述）から放送困難と思われる際どい性的表現を充実させた作品（“萌えアニメ”[2]）が本数の多くを占め、“UHFアニメ”というジャンルを確立していった。
現在では萌えアニメだけではなく、アクションを重視したハードタッチのアニメやパチスロ機のキャラクターを使ったアニメなど、そのジャンルも多岐に渡っているが、共通しているのは独立U局の表現に対する規制の緩さを最大限に活用し、現在のキー局の定めている基準に当てはめた場合、表現できない描写をしているという点にある。
これはUHFアニメの隆盛を支える根源ではあるが、総じて地上波での全国ネットで放送されるアニメ作品よりも低予算・小規模で制作される事が多いことから、各作品の品質はまさに玉石混淆の様相を呈しており、時には作画崩壊や脚本の破綻、物語の未消化、制作体制の混乱を起こすといった悲惨な状況に陥ってしまう作品も散見され、しばしば批判の対象となってしまっている。
また、キー局と主要系列局で放送される深夜アニメに比べて東名阪地区以外の地方局で放映される作品が極めて少ない[3] ことからも、テレビアニメにおける地域格差を助長しているとの批判もある（テレビアニメの項を参照されたい）が、最近では衛星放送やインターネット配信（インターネットテレビ）、またWinnyなどのファイル共有ソフトによる違法共有やYouTubeなどの動画共有サービス上への違法アップロードなどで視聴できるケースがあり、著作権と地域格差を補正する役割とで折合がつかない状況になっている。また、一部の作品や放送局（TOKYO MXやtvkなど）を除いて再放送も余りされない。
元来“UHFアニメ”という言葉は、先述したジャンル的傾向とは別に、ビデオアニメ作品を製作・販売する会社（ビデオソフトメーカー）が主体となり、テレビ局の関与を殆ど受けずに作品を製作し、東名阪地区（若しくは関東ローカルか関東・関西圏）のみで各地区の独立U局（中京圏ではテレビ愛知（TVA。