基本的に番組編成の差し替えは行わない（ラジオ第2も）。
突発的な事件・災害などで総合テレビが特別番組を行い、国会中継、大相撲中継ができない時に振り替え中継を行う場合や、大地震の発生や津波災害が懸念される場合には全波共通の番組（緊急警報放送）を行ったり、阪神・淡路大震災や新潟県中越地震など、特に被災者の人命に関わる大災害があった場合にはほとんどの番組を返上し、「安否確認情報番組」を行うことがあり、その場合予定番組の移動がなされる場合がある。また津波の警報・注意報が発令された後に通常放送に戻す場合でも状況に応じて字幕情報を流すこともある。尚、2008年7月23日深夜(7月24日未明)に発生した岩手県沿岸北部地震では総合テレビとサイマル放送したが、1時15分に通常通り放送終了した。（なおその時間に予定されていた「10ミニッツボックス」は延期、「書道の国の王子様」（再放映）は休止となった）
まれに地域番組も放送する場合もあるが、高校野球地方大会などスポーツ中継に限られる。
その他、国会中継や報道特別番組のために総合テレビで予定していたスポーツ中継を教育テレビに振り替えることもある。この例として、1990年のプロ野球日本シリーズ、西武ライオンズ対読売ジャイアンツ・第4戦は、総合テレビで放映予定であったが、国会中継のため急遽教育テレビで放映された（ただし、当日の新聞朝刊のテレビ番組表には間に合った）。
1989年1月7日の昭和天皇崩御に際しても、崩御が発表された7:55前後のニュースと、小渕恵三内閣官房長官（当時）による「平成」の元号発表の記者会見について総合テレビとサイマル放送を行った以外は、局単位で次第に通常編成へ戻った（名古屋放送局の場合、10:15の「あんぜんパトロール」から）。但し日章旗露出と君が代の演奏は自粛した（1月8日、並びに2月24日の大喪の礼が行われたときも同じ）。
また総合テレビで選挙の政見放送が放送される場合は、政見放送のスケジュールが公職選挙法の取り決めで変更することが出来ないため、突発的な事件・事故が起こった場合などに教育テレビで番組を差し替えて放送するケースもある。
例として、関東地方では2005年9月6日の6:25?6:50、7:30?8:00に総合テレビで政見放送が放送されたとき、「おはよう日本」が、また午後の政見放送時のニュースも教育テレビで放送された。[1]
総合テレビが長時間番組を放送中、スポーツ中継等のローカル番組が組まれた場合、その地域では該当時間帯のみ教育テレビで放送する事がある。2008年6月8日の「SAVE THE FUTURE」はNHK広島放送局ではNHKプロ野球「広島 vs ソフトバンク」を15:10?18:00まで放送したため、その時間帯のみ教育テレビで放送された。この間、同番組は広島県のみウォーターマークのない状態での放送だった。
オリンピック中継による差し替えでは、生中継している競技の時間枠がNHKニュース7など一部のニュース番組やNHK総合で放送している生中継の競技が重複している場合、その分の放送を高校野球と同様リレー中継する場合がある。 また2008年の北京オリンピックでは8月21日に行われたサッカー女子3位決定戦に日本代表が出場する事が決まったため急遽NHK教育テレビで中継されたが、日本テレビでも中継されたため地上波によるNHK・民放との並列中継となった。
2003年から始まった地上デジタルテレビジョン放送（チャンネルID番号は全放送局で例外なく2）では、主として夜の一部時間帯でマルチ編成を実施している（マルチ編成の放送開始は2004年9月から）。021chでアナログ教育テレビと同一の番組を、022chと023chで別の番組（過去に教育テレビなどで放送された番組やNHKワールドTVの番組の放送）を放送している。ただ2006年4月以後、022ch（サブチャンネル2）では行わず、023ch（サブチャンネル3）のみで独自編成が行われている（なお日によって=特に夏・冬・春休み期間中=マルチ編成をしない場合もある。高校野球中継時はハイビジョン放送を基本とするためマルチ編成を実施しない。）。
2007年度は主に22:00以降に放送している趣味・教養番組を翌日20時から放送するほか、土曜・日曜は他の時間帯も含めてもう一度1週間分すべてを放送している。2007年9月7日の夜のマルチ編成では、前日に台風情報を放送するために教育テレビに移動して来た「世界体操」で放送されなかった番組をマルチ編成の方が先行して放送する形になった。
近年多くの一般紙が第2テレビ・ラジオ番組面でデジタルサブチャンネルの番組表を掲載するケースが増えている。朝日新聞は教育テレビの番組の末尾に、日本経済新聞はメインテレビ面（中面）の総合テレビの番組の下に掲載している。なお掲載サイズはいずれも小サイズ、または極小サイズである。
アナログ放送では正午に時報が入る（デジタルの中継回線を使用しているため地域によっては最大約1秒のタイムラグが発生する）が、デジタル放送では、「デジタルETV ひきつづきデジタル教育テレビをごらんください」と書かれた静止画に差し替えられている。ちなみにアナログ放送で流れる時報の時計はNHK放送センター内のテレビスタジオやニュースセンターのスタジオでもモニター画面にアナログ教育テレビで使われているのと同じもの（NHK時計）を映し出していることがある（主に生放送で行われるとき）。
総合テレビとは違いハイビジョン番組が少なめで、4:3標準画質で制作された番組が目立つ。ただ、最近は標準画質のマルチ編成でもハイビジョン制作の番組は2008年4月以降、増加の傾向にある。総合テレビと同じく4:3番組では画角情報も送信されている。