シャーロット・ボブキャッツの新規加入に伴うNBAの地区の再編の後に導入された2004年から05年にかけて、また2005年から06年にかけてのNBAプレーオフに用いられた以前のプレーオフの方式は、2005年から06年にかけてのシーズン・プレーオフの最中に議論を呼んだ。そして、2006年から07年にかけてのシーズンの開始前に変更されることとなった。
アメリカの主要なプロスポーツのリーグ（NFL、NHL、MLB）では、地区のチャンピオンを地区で優勝していないプレーオフ参加チームよりも上位にシードするのが慣例となっていた。これはカンファレンスやリーグ全体での成績の順位を問わないものであった（ホームコートアドバンテージについては、通常勝敗に基づいてのみ割り当てられていたが）。2006年から07年のシーズンの前までは、NBAにおいても同様であった。
NBAが2つのカンファレンスに分けられたとき、それぞれのカンファンレンスには2つの地区が設けられ、各地区で2位に終わったチームはカンファレンスの3位シードより上のシードは得られなかった。上2つのシードは地区の勝者のために確保されていたからである。このシステムを変更することについての議論はあまりなされてこなかった。
NBAがその2つのカンファレンスをそれぞれ3つの地区に再編した後には、各地区は5チームから構成され（プレーオフにおけるシードに関するルールはほとんど変更されなかった）、カンファレンスで最も良い勝敗成績を残した2チームがカンファレンスの決勝ではなく、カンファレンスの準決勝で対戦する可能性が出てきた。2005年から06年にかけてのNBAシーズンで、西カンファンレンスの南西地区に属するダラス・マーベリックスとサンアントニオ・スパーズは、（東カンファレンスに属するデトロイト・ピストンズを除けば）リーグに属する他のチームより抜き出て良い成績を収めていたが、これら2つのチームがカンファレンスの2つのベストチームであって、それらのチームがカンファレンスの決勝ではなく準決勝で対戦しなければならないことがアンフェアである、と多くの評論家やファンが考えることとなった。これは、ベストチーム同士の対戦がなるべくプレーオフの後のラウンドで対戦すべきことに反するからのみならず、当該カンファレンスからプレーオフに参加する残り半分のチームは、カンファレンスで優勝するためにトップ2チームの双方と対戦しなくて済むことで楽な時期を与えているということからであった。
南西地区の勝者であるサンアントニオは、第1シードを獲得したが、ダラスは第4シードとされた。パシフィック地区の勝者フェニックス・サンズは、カンファンレンスで3位の成績を有していたが、第2シードとされ、北西地区の勝者デンバー・ナゲッツは、カンファレンス7位タイの成績でありながら、第3シードとされた。
第5シードのメンフィス・グリズリーズと第6シードのロサンゼルス・クリッパーズは、各地区の勝者が確定し、ダラスが第4シードとなることが決まった後のレギュラーシーズンの最終盤に対戦があった。メンフィスとロサンゼルスは少なくとも第6シードは確保しており、どちらのチームが第5シードのチームとしてダラスとプレーオフ第1ラウンドで、また7戦のうち4戦を敵地で、対戦するかを決めるのみであった。第6シードとなるチームは第3シードのデンバーと、ホームで7戦中4戦を行う条件で対戦することとなっていた。さらには、もし第5シードとなったチームが難敵ダラスを何とか破ったとしても、第2ラウンドでサンアントニオと対戦することはほとんど確実であった。第5シードとなるチームはカンファレンス決勝にたどり着くためには、カンファレンス上位の2チームを破る必要がある一方で、第6シードとなったチームはそれら上位2チームのうち1チームだけとカンファレンス決勝まで来た後でしか対戦する必要がないこととなった。
このことから、メンフィスとロサンゼルスが、第6シードとなるためには負けたほうが良いとも言えるシーズン最後から2戦目の対戦でどれだけ本気で勝とうとするかについて疑問が持たれることとなった。結局ロスアンゼルスがメンフィスに破れたが、クリッパーズがわざと負けたという証拠はなかった。
プレーオフの第1ラウンドで、有利とされたロサンゼルス・クリッパーズは、デンバーを5戦で破る一方で、メンフィスは優勢なダラスに4連敗で敗れた。
NBAは、2006年8月3日に、改正されたプレーオフのシード決定システムを発表した。新ルールでは、3つの地区の勝者とそれ以外で最も勝利したチームは、勝利数にしたがって第1から第4のシードに割り振られることとなった（地区での優勝チームは少なくとも第4シードを確保することになる）。残りの出場4チームも同様にシーズン成績が上位のチームから第5シードから順にシードされる。このシステムには欠点があると考えるものもいた。それは、地区優勝以外のチームで最も勝利したチームが複数あった場合には、そのうちの1チームを単にタイブレークのルールに従って、上位にシードすることが不公正だというものである。
2007年4月17日にフェニックス・サンズとアトランタ・ホークス以外のチームがレギュラーシーズンの試合を1試合だけ残すのみとなった時点で、シカゴ・ブルズは、セントラル地区2位の成績である49勝32敗の成績で第2シードの位置にいた。クリーブランド・キャバリアーズも同じ49勝32敗の成績を残していたが、シカゴがクリーブランドに対しタイブレークのルールで上位にいたことから、1試合を残して44勝37敗でサウスイースト地区の優勝を確保し、第4シードの位置にいたマイアミ・ヒートよりも多く勝利していたにもかかわらず、クリーブランドは第5シードの位置にとどまっていた。地区優勝チームが第1から第3のシードを確保するシステムでは、クリーブランドは第5シードにとどまるが、シカゴは第4シードとなり、地区優勝チームのなかでは一番低いシーズン成績であるマイアミが第3シードとなることになる。4月18日、ブルズは、ニュージャージー・ネッツに破れ、クリーブランドがミルウォーキー・バックスに勝利した。これにより、クリーブランドはブルズより1勝多い勝利を挙げてシーズンを終えたこととなった。これによりシカゴは東カンファレンスで3番目によいシーズン成績を残しながら第5シードとなり、クリーブランドが第2シードとなった。
2チームがシードの対象として同じシーズン成績であったときには、以下のタイブレーク・ルールが適用される。
2チーム間の直接対戦成績
地区内での成績（両チームが同一地区に属する場合）
カンファレンス内での成績
所属するカンファレンスでプレーオフに進出するチームとの対戦成績
所属しないカンファレンスでプレーオフに進出するチームとの対戦成績
総得点
その他
第1シードのチームを倒して第8シードのチームが勝ち上がったのは3例だけである。1994年にデンバー・ナゲッツがシアトル・スーパーソニックスに3-2で勝利、1999年（ロックアウトによりシーズンが短縮された年）にニューヨーク・ニックスがマイアミ・ヒートに3-2で勝利、そして2007年西カンファレンス1回戦で、ゴールデンステート・ウォリアーズがダラス・マーベリックスを4-2で打破。これは7戦制になって初めて第8シードが第1シードを倒した例である。1999年のニックスはこれまでのところ唯一第8シードのチームがNBAファイナルに到達した例である。
1994年から95年のシーズンのヒューストン・ロケッツは、NBAファイナルを勝った最低シードのチームである。この前年優勝チームはそのシーズンで強豪が揃った西カンファレンスの第6シードにいた。1995年のファイナルで、ロケッツは、オーランド・マジック（東カンファレンス57勝25敗）を4連勝で破った。ロケッツは、ユタ・ジャズ（西カンファレンス60勝22敗）を3勝2敗で、フェニックス・サンズ（西カンファレンス59勝23敗）を4勝3敗でそれぞれ破った。1995年のリーグMVPデビッド・ロビンソン率いるサンアントニオ・スパーズ（西カンファレンス62勝20敗）を4勝2敗で破り、ファイナルに到達した。NBA史上唯一、50勝以上しているチームをプレーオフで4チーム破ったこととなる。このシーズン、ロケッツはプレーオフ争いから脱落しそうになって以降5連勝するなど、大事な場面での勝負強さを発揮した。
ボストン・セルティックスは、16勝3敗というNBAファイナル最多勝記録を有している。