7月29日に行なわれた第21回参議院議員通常選挙において、自民党は未曽有の大敗北を喫し、参議院第一党と参議院議長の座を民主党に譲り、この結果を受け総裁の安倍晋三首相は8月27日に内閣改造と党役員人事に着手した（安倍改造内閣）。
しかし、安倍首相は9月10日に召集された第168回国会において所信表明演説を行なった2日後の9月12日に突然の辞意表明を行なった。当日は10日の所信表明演説を受けての代表質問が行われる予定であり、それを目前にしての辞意表明という、前代未聞の事態となった。
この事態に対して、麻生太郎幹事長（麻生派）ら党執行部は国会会期中であることや9月25日の首相の国連総会出席を理由に9月14日告示、9月19日投票とする選挙日程案を示した。
予想外に早くポスト安倍をめぐって動き出した事態は、当初こそ麻生氏有利と見られていたが、安倍首相の辞意を事前に知っていたとされた問題や選挙日程が拙速であるとの批判などが党内より起こり、選挙日程も当初より4日延長した9月23日投票と決定された。
国会議員による議員票387票と各都道府県連3票で配布された地方票141票の計528票で総裁を選出することになった。
なお、安倍総裁の任期途中での辞任に伴う選挙であるため、新任者の任期は安倍氏の残任期間（2009年9月19日まで）である。
メディアなどではさまざまな有力人物が取りざたされ、前回総裁選で立候補辞退した額賀福志郎（津島派）がもっとも早く立候補の意思を表明した。また、小泉チルドレンらは前総裁の小泉純一郎（無派閥）へ再登板を求めて「小泉総理の再登板を実現する有志の会」[1]を立ち上げるなどの運動を行ったが、小泉本人は出馬を完全に否定した。
また、いわゆる「麻生クーデター説」が安倍の辞意表明当日に放送された日本テレビ『NEWS ZERO』での報道[2]、小泉チルドレンのひとりである片山さつきの発言[3]などで流布され始めた。これは、安倍改造内閣組閣前のアジア諸国外遊中に安倍が人事権を麻生と与謝野馨官房長官に奪われ、遠藤武彦農林水産大臣の辞任問題やテロ特措法の延長問題などが、安倍を無視して麻生・与謝野ライン主導で決定されていくことに安倍が絶望して辞意を表明したとする説である。このクーデター説は選挙後に全くのデマであったことが明らかとなるが、このことは麻生有利の流れを決定的に転換することとなった（→中川秀直#麻生クーデター説も参照）。
「反麻生」への動きが党内にくすぶるなか、9月13日には福田康夫元官房長官（町村派）が出馬の意向を示す。福田は古賀誠（古賀派）、山崎拓（山崎派）、谷垣禎一（谷垣派）など、政治姿勢の近しいとされる派閥の領袖たちと次々と会談して支持を取り付けたほか、津島派でも額賀が福田との会談後に自身の出馬断念と福田支持を表明した（→麻生包囲網も参照）。
また、小泉も「福田さんも小泉政権を支えてくれた人」と福田支持の意向を持っており、小泉チルドレンが多く所属する新しい風（武部グループ）も福田支持を打ち出すことになった。こうして、麻生派を除く全派閥が福田支持を表明するという状況のなかで総裁選はスタートした。
最終的に総裁選候補は福田康夫と麻生太郎の二人の一騎打ちとなった。自民党総裁選の候補が二人による一騎打ちになったのは1995年の総裁選以来となった。
福田の圧倒的な優勢が伝えられる中、「勝ち馬」に乗っかって大臣・党役員ポストを狙って主流派入りを目論む各派閥、議員の姿勢に対する不信感が世論にあった。1年前の総裁選では安倍が圧倒的な支持で総裁となったが、安倍を支持した議員は安倍内閣での様々な不祥事の総括や反省もしないままに、安倍とは思想が異なる福田の支持に雪崩うったことを批判するメディアも少なくない。
また、原稿のまま選挙活動で言論を述べていた福田と違い、麻生の場合は小泉純一郎前首相を彷彿とさせる持論を展開したことも支持を増やす要因となった。総裁選当日には、自民党本部前に戸井田徹が自らのブログ上での呼びかけを行った[4]ことなどで集まった数百人の男女が麻生コールをするなど、麻生人気の片鱗を見せている。
また、若手の議員を中心に「政策すら聞いてないのに福田支持を決めるとは何事だ」など、一昔前の派閥談合の様相を見せた総裁選に対する批判の声も聞かれた。小泉チルドレンの一人である杉村太蔵は、所属している「新しい風」（武部グループ）で、武部勤元幹事長が一致結束して福田支持を呼びかけたことを批判し、会合を途中退席して、そのままグループを脱会してしまった。
日程
9月14日（金） 告示
9月15日（土） 立候補受付・記者会見
9月16日（日） 所見立会演説会・街頭演説（渋谷駅ハチ公前）
9月17日（月・祝） 街頭演説（大阪難波高島屋前・高松三越前）
9月21日（金） 日本記者クラブ主催討論会
9月22日（土） 街頭演説（仙台フォーラス前）
9月23日（日） 党大会に代わる両院議員総会（投開票）