1月

1月10日

平成18年の野球殿堂入りメンバー決定。門田博光、山田久志、高木守道（以上競技者表彰）、豊田泰光、川島廣守（以上特別表彰）の5氏。

ヤクルト球団が各球団オーナーからの承認を得られたとして、球団呼称を「東京ヤクルトスワローズ」に変更したと発表。


1月31日 - 3月23日から阪神甲子園球場で行われる第78回選抜高校野球大会の出場校を決定する選考委員会が大阪市北区の毎日新聞大阪本社で開かれ、初出場12校を含む32校を選出。

2月

2月9日 - トリノで開かれたIOC総会に提出された、2012年ロンドンオリンピックでの野球、ソフトボールの復活開催についての嘆願に基づき、IOC委員による投票が行われたが、ともに4票差で復活案否決。

3月

3月2日 - 大手電子機器メーカーの京セラ（京都市）が、大阪ドームのネーミングライツを取得したと発表。期間は2006年4月1日から5年間。また同時に、オリックス・バファローズのヘルメットに京セラのステッカーを貼付するスポンサー契約を締結したと発表。ただし、京セラは球団の経営やドームの買収には一切関与しないと表明。

3月3日 - 3月の選抜高等学校野球大会に北海道地区代表として出場予定だった駒澤大学附属苫小牧高等学校が、同1日に部員10人を含む同校の卒業生14名が飲酒補導された問題を受け、同大会の出場を辞退し、監督も同日辞任。

3月20日（現地時間）

2006 ワールド・ベースボール・クラシック決勝戦がサンディエゴで行われ、日本がキューバを10-6で破り、初代王者に輝いた。最優秀選手（MVP）には松坂大輔投手（西武）が選ばれた。

タンパベイ・デビルレイズと契約した森慎二投手がオープン戦に初登板したが、3球目を投げたときに右肩を脱臼、今シーズンのプレーが絶望的となった。


3月24日 - 第78回選抜高等学校野球大会が開幕。

3月25日 - 日本プロ野球パ・リーグが開幕。

3月26日 - 第78回選抜高等学校野球大会第4日第1試合で、北信越地区代表の日本文理(新潟)が関東地区代表の高崎商(群馬)に4-3で勝利。これにより選抜未勝利都道府県は消滅。

4月

4月1日 - この日から大阪ドームは「京セラドーム」と改称される予定であったが、地元商店街が「大阪」の名称を残してほしい旨の嘆願書を京セラに提出し、また、大阪シティドーム（管財人）と京セラとの間でネーミングライツの契約の細かな詰めが行われなかったことから、当面の間「大阪ドーム」の呼称で呼ばれることとなり、京セラ側との契約がまとまり次第、「京セラドーム大阪」と呼ばれることとなった。

4月4日 - 第78回選抜高等学校野球大会最終日、横浜が清峰を21-0で降し、8年ぶり3回目の優勝を飾った。横浜の21得点は、同大会決勝戦での最多得点記録。

4月9日 - 大阪ドームで行われた日本プロ野球、阪神対横浜第3回戦で金本知憲外野手がフルイニング出場を果たし、904試合連続フルイニング出場の世界記録を樹立した。

4月18日 - （現地時間）メジャーリーグ、ニューヨーク・ヤンキースの松井秀喜はトロント・ブルージェイズ戦で、2003年のメジャーデビューから500試合連続出場を果たした。

4月26日 - 駒澤大学附属苫小牧高等学校は、3月に部員の不祥事により監督を辞任した香田誉士史の監督復帰を発表（3月3日のできごと参照）。

4月28日（現地時間） - ニューヨーク・メッツ傘下3Aノーフォークに所属する入来祐作投手から薬物反応が出たとして、メジャーリーグ機構は50試合の出場停止処分を科した。