小泉首相が行った「郵政解散」で、日本列島は選挙一色に染まった衆院選の結果、与党の議席占有率は戦後最高の68.1%となった
9月2日 - アフガニスタンのカンダハル近郊で、当地を旅行していた広島県尾道市の中学校教諭2人の銃殺体が発見される。
9月5日 - インドネシアのスマトラ島の都市メダンのメダン空港でマンダラ航空のジャカルタ行きのボーイング737-200が離陸して1分後に、住宅地に墜落。多数の死者が出る。
9月8日〜9月11日 - 世界柔道選手権がエジプト・カイロで開催。
9月7日 - 携帯音楽プレーヤーiPod miniの後継機種としてiPod nanoが発売される。
9月9日 - 北海道滝川市の小学校の6年生の女子児童が自殺。1年後、教育委員会の対応が問題化。社会問題に。
9月11日 - 第44回衆議院議員総選挙投票日。自由民主党が296議席という記録的な圧勝、与党が衆議院の3分の2超の議席を獲得。民主党は議席を大幅に失い、岡田克也代表が辞任。郵政民営化反対派は33人中16人が敗北。投票率は67%超と前回を大幅に上回る。
9月12日
香港ディズニーランドが開業。
コロンビアでフロレンシア発ボゴタ行きのアイレス航空のプロペラ旅客機が親子にハイジャックされ、空軍基地に緊急着陸した。乗客と乗員は無事解放。
9月17日 - 民主党代表選で、「脱労組」を掲げる43歳の前原誠司が、元代表菅直人を2票差で破り、代表に選ばれる。
9月18日 - ドイツ連邦議会の総選挙が実施されるも、社会民主党などの連立与党と、キリスト教民主同盟を中心とする野党・保守連合の、いずれも過半数を獲得できず、政局は混迷。
先の総選挙で落選した民主党の前衆議院議員小林憲司と秘書ら3名が覚醒剤取締法違反の現行犯で逮捕された。
9月21日 - 第163回特別国会召集。衆参両院で首相指名選挙が行われ、小泉純一郎自民党総裁が第89代内閣総理大臣に指名される。同日第3次小泉内閣が発足。
9月22日
早稲田大学などが、電気の直流を交流に変換するインバーターのように働くBEDT-TTFと呼ばれる有機化合物を発見。
9月24日 - 最盛期の強さが「カトリーナ」を上回るハリケーン「リタ」が米国南部に上陸(上陸時の強さはカテゴリ3で、カテゴリ4で上陸した「カトリーナ」の方が強かった)。石油生産施設などに被害が出る。
9月25日 - 2005年日本国際博覧会が閉幕。累計来場者数は約2,205万人(185日間)。
9月27日 - 大阪・和歌山の阪神高速道路で走行中の車を狙った、改造し殺傷能力を高めたエアガンによる狙撃事件が発生(犯人は10月7日に逮捕)。以降改造エアガンによる狙撃事件が全国各地で多発、社会問題化する。
9月29日 - プロ野球・セ・リーグ、阪神タイガースが2年ぶり5度目のリーグ優勝。
9月30日 - 小泉純一郎首相の靖国神社参拝に対し、大阪高等裁判所は高裁としては初めて違憲であるとの判断を示す。前日の29日には東京高裁が私的参拝であるとの判断を示しており、高裁での判断が分かれることとなる。
寝台特急「彗星」がこの日で最後の運行。