さりとて、「そもそも犯罪を犯したかどうかわからない人物の顔写真が晒されるケースがある[9]以上、西村の発言は責任逃れ以外の何物でもない」との批判もある。実際に誤認だったケースとして、佐世保小6女児同級生殺害事件が挙げられる。事件に先だって、無関係な少女の名前が多数掲示板に書き込まれており、その少女は自殺願望を抱くほど精神的被害を受けたといわれる[要出典]。このようなケースへの対応は、いかにプライバシーを保ちつつも冷静かつ厳格な判断が要求される。なぜならば、対応をほんの少しでも誤れば最悪の場合、時間の経過以外に被害拡大を止められなくなるためである[10]。
ちなみに法務局が削除要請を行うことで、かえって本物とのお墨付きを与えてしまうのではないかという意見もある。
本節の内容については実名報道も参照のこと。
西鉄バスジャック事件以降、誘発されるように犯罪予告を書き込んで逮捕される人間や、それを実行に移し逮捕される人間が現われる。また、爆破・殺人の予告書き込みによる逮捕者を輩出しているため、大きな事件があると、各板で頻繁に書き込まれている殺害・襲撃予告と事件の関連性を関係機関がチェックしているとされる他、警察庁のサイバーフォースが定期的に検索を掛けている。また明らかにいたずら目的と思われる些細な犯罪予告の書き込みでも、他のユーザーが運営側などに通報して(「通報しますた」)逮捕などに至ることがあり、多くのユーザーの間では犯罪予告は禁句となっている。犯罪予告であるというだけでは2ちゃんねるでの削除基準に触れないし、証拠保全すべきものとして扱われているので、犯罪予告を削除依頼してもまず削除されない。ただ、一部の監視が頻繁に行われている板では管理人が犯罪予告と判断したスレッドを強制的に停止するという措置もとられている。
最近では秋葉原通り魔事件を受けてサービスを開始した予告.inに通報・自動通報されることで、ある程度は抑制・逮捕することが可能であるが、抑止にまでには至っていない。
さらに、デマや悪意のある書き込みで企業が不利益を被らないよう、それらの監視を専門とする部署を設けたり監視を外部に委託する企業が、大企業を中心に増えているとも言われており、実際に大手広告代理店の電通がガーラと組んで、掲示板における自社に関する書き込みを監視、通報するシステムを顧客企業に有償で提供している。これらの2ちゃんねるを使ったサービスの提供により利益を得ることはユーザーや運営側も当初から問題視されており、トップページ（ ⇒[3]）の下部にもそれに対する注意を喚起する記載がある。
一部の「板」や「スレッド」において、中華人民共和国（中国）、大韓民国（韓国）、朝鮮民主主義人民共和国（北朝鮮）などの国に対し、差別的な用語を用いての罵倒があまりにもはげしいとの指摘がある。これらは開設当初は目立った動きではなく、むしろ嫌われてハングル板に隔離されていたのだが、時代と共に2ちゃんねる内で一般化していった。これをハングル板有志の啓蒙活動によるものとする見方もある。これらは特に、それらの国が歴史認識や領土問題などをめぐって日本の右派・保守派の主張に反する発言や行動を行った際に非常に顕著である。また、ウィキペディアに対しても、その内容に（彼らの主張するところの）「反日」的なものが多々あると主張し、またそれは朝鮮人や中国人によるものであるとしてその内容の書き換えを行うためのスレッド[11]やまとめウィキ[12]が存在している。
その他、同和利権などを理由にした同和、創価学会公明党への批判、学歴による差別（特にブランド大学至上主義、「高卒や中卒＝まともな人間でない」というレッテル張り）、精神障害者や知的障害者に対する差別（『キチガイ』や『池沼』などの差別用語の連発）を含む書き込みがなされることがある。ただし同和関係に関しては人権問題板以外ではタブー視されている（あからさまに同和地区を書くと削除されるため、人権問題板に於いてすら大量の削除跡が残り、伏せ字で書くことが一般的である）。これは前進のあめぞうの閉鎖原因の一つに同和問題があったためと考えられている。荒らしや気に入らない意見を書き込む人を障害者呼ばわりする者もいる。地理お国自慢板]]で見られるような地域対立感情（特に関西地方などへの罵倒、東京至上主義）も各板で噴出しており、ことあるごとによその地方住民たちを侮辱している。また、一般ユーザが作成するレスやスレッドばかりでなく管理人が直接作成する板の中にも「地下アイドル（AKB48）」というような差別表現を含み、特定個人･団体を誹謗中傷する名称の板が存在する。
これに対し、差別や偏見を臭わせる書き込みは2ちゃんねる以外のYahoo!掲示板などにも見られるほか、掲示板以外の場でも差別、偏見は存在する。差別、偏見は社会現象として表れるものであり、差別、偏見の書き込みが2ちゃんねるで見られるのは社会現象の反映でしかなく、2ちゃんねるだけを差別、偏見の場と主張するのはおかしいのではないかとの主張がある。また、2ちゃんねるの利用者は990万人とまで言われ、様々な思想をもった人間が存在することから、その中から一部の極端な例だけを取り上げて差別、偏見、罵倒の温床と批判すること自体が、2ちゃんねるを差別と偏見の目で見ているのではないかと主張する意見もある。
2ちゃんねるは、18歳未満閲覧が望ましくないとされている「エロ」・「グロ」・「バイオレンス」サイトではないが、全ての掲示板で「アダルトサイト」かと見まがうような、「出会い系サイト」などの広告を多数掲載している。これらは18歳未満の少年・児童が2ちゃんねるを閲覧する際や、あるいは検索サイトの検索結果にもひっかかってしまい、必然的に目に入ってしまうため、彼らに過剰なエロ分野への興味を抱かせる恐れがあることや、情報の真偽や価値を見抜く力をまだ十分に持たない場合（これは少年・児童だけに限らないが）には大きな悪影響を受けてしまう危険性があること、出会い系サイトを媒介して事件性を持つ少年被害が散見される現状をかんがみると、何らかの規制が必要ではないかとの意見がある。実際に、キッズgooの様な子供向けサイトではフィルタリングされている。