積極的に書き込みする者や閲覧のみの者まで含めると総数1000万人に及ぶとされるだけあって、2ちゃんねる閲覧者と見られる、もしくは自称するサイト管理者は多い。特にテキスト系サイトなどでは、2ちゃんねる用語やその系統の顔文字を多用している所が非常に多く見られる。他の掲示板上やblogに無意味なアスキーアートを（単に妨害や嫌がらせのために）貼る、議論を挑んだあげくに反論を無視して好き勝手に書き込む、2ちゃんねる用語で相手を侮辱するなどの各種迷惑行為を行う人間も存在するため、2ちゃんねるを利用しない他のインターネットユーザーから嫌悪されていることも多い（→荒らし）。特に、議論が活発になりやすいBBSではハンドルネームを全く入れることなく、あるいは名前入力欄に適当な文字を入力（捨てハン）しての書き込みばかりになり、結果2ch利用者ばかりが集まってしまい、投稿者名がほとんど「匿名希望」であるなどほぼ2ch化してしまっているBBSもある。一部掲示板では、2ちゃんねるで使われている固定ハンドルをNGワードに指定するところもある。逆に、政治系の掲示板やblogでは2ちゃんねらーと連携して情報収集をしたり（上記「メディアの反応」も参照）、情報の補完をする例（スレッド・レスの完全引用から、あくまで「参考資料」程度にとどめるものまで、補完のパターンは数多い）もある。一般的に中道 - 右派思想の政治系サイトではその傾向であり、左方向のそれでは前述のような迷惑行為もしばしば見受けられる。その対抗策としてパスワード制にしたり強制IP表示をする政治系の掲示板やblogもある。

前述のように、J-CASTニュースのようなインターネットニュースサイト（ミドルメディア）も2ちゃんねるの話題を取り上げることが多く、2ちゃんねるで書き込まれた事実や噂を、「オフィシャルな情報」化するという役割を担う場合もある。

2ちゃんねるを舞台とした、流出した情報の積極的な公開、個人情報の特定と公開が行われていることから、2ちゃんねるにアクセスする・アクセスされることを「悪意のある行為」とみなすネットワークやネットワーク管理者は多い。例えば、mixiではリファラが2ちゃんねるであるアクセスは全て悪意によって行われた個人情報の公開とみなして、そのアクセスを拒絶する機構が設けられている。この措置はmixiに限らず多くのブログで採用されている。しかし実際のところ、多くの2ちゃんねる利用者が使っている2ちゃんねるブラウザでは、吐き出すリファラが通常のブラウザを使って2ちゃんねるからアクセスした場合と違うため、ほとんど意味がない。またいくつかの管理委託型アプリケーションファイアーウオールでは2ちゃんねるへのアクセスを「違法なサイトへのアクセス」に分類しブロックしている。ネットワーク管理者自らが積極的にプロキシーに設定を行い、2ちゃんねるへのアクセスを遮断することは珍しくない。また2ちゃんねる自身も荒らし対策などのため、プロキシーを介した書き込みをすることが出来ない（閲覧のみは可能なことが多い）。

その他

2003年6月27日には、2ちゃんねるのサーバ会社に複数の男が侵入し、脅迫により2ちゃんねるの閉鎖を要求した。社員の安全を考えたサーバ会社はレンタルサーバ板を休止したが、2ちゃんねる管理人、西村博之の判断ですぐに再開された。

一部ウイルス対策ソフトの誤作動をおこすコードがそのまま書かれることがあるが、短時間でリロードを繰り返して読む傾向が強いスレッドなどでは頻繁にチェックが入り対応へのわずらわしさからスレッドが過疎化することがある。進展してほしくない話題などのスレッドに貼ることによりスレッドの進行を鈍らせたり検索サイトへの登録がされないようにしたりするなどの手段が存在する。

2ちゃんねるの被害を受ける危険性があるのは何も部外者だけでなく、当の2ちゃんねらーも個人攻撃の標的にされる可能性がある。2ちゃんねるでは固定ハンドルに対する「叩き（集団による中傷）」が横行しており、標的にされた利用者は酷い場合は何年にもわたって中傷され続けることがある。

上述された問題点から、2ちゃんねるやそれと同様のシステムによって運営されているウェブサイトの存在に反対しているブロガーがネット上で活動しているが、それらのブログは度々、2ちゃんねらーから嫌がらせを受けている[要出典]。

固定ハンドル叩きはスレッドや板本来の趣旨から逸れていってしまうことが多く、結果的に荒らすことが可能になるため、2ちゃんねる開設当初からユーザーより問題視されていた。この対策ため運営側は比較的初期から(旧)キャップ制度を設けて固定ハンドルを他人が騙ることを防止させた。また逆に固定ハンドルを名乗ったり目立つ書き込みを名無しで行い、一方では他人を装った名無しで自作自演により前者を構うことによってスレッドを荒らすことも横行していた。この防止のためにID制度が導入された(板の設定による)。これでもスレッド荒らしのために固定ハンドルを名乗ったり、固定ハンドルを叩くことが横行しているため、運営側は固定ハンドルに対する中傷を書き込むことを目的とした最悪板を設け、固定ハンドルを叩くのを最悪板以外では禁止した。

さらにiモードの普及と携帯電話への対応によって携帯電話とコンピュータとの二つのIDを持つことが平易になったため、この二つの区別が出来るようIDの末尾に携帯電話からの書き込みには「O(オー)」、コンピュータの書き込みには「0(ゼロ)」が付くようになった(ただし板の設定によって付かない場合がある。またPHPを使った2ちゃんねるブラウザ ⇒p2を介して書き込むと、末尾はPになる。)。このため携帯電話とコンピュータを両方使った自作自演がしばしば指摘されるが、実際のところどれだけそのようなことをしている者がいるかは不明である。

トップページの壷の画像は、イベントや各種出来事に連動して変わることがある。例えば、新潟県中越地震発生時は、被災者救援のために使い捨てカイロを差し出したモナー（マスコットキャラクター）を大きく表示し、壷は小さくなっていた。過去には鳥羽僧正の「鳥獣人物戯画」などが使われた。auの携帯電話「PENCK」のフォント無断使用疑惑が浮上していた時期には、同商品を皮肉った画像を表示したこともある（KDDI側は、後日フォント無断使用を認めて謝罪した）。2005年9月に発生したのまネコ問題以降は、FLASHで表示されている壺をマウスのカーソルで触れると、モナーが壺を守るかのように出てきていた。が、個人情報を公表された某ユーザー（後述）が2ch（正確には2ちゃんねる管理人であるひろゆき）を訴えたことによる閉鎖騒動が起こっていた時、壺には「この壺を損壊し、または無効にしたものには刑法第96条により処罰されます。 賠償金滞納差押物件 赤羽地方裁判所」と書いた赤い紙が張ってあった。（外部リンク: ⇒当時の壺）しかし、赤羽地方裁判所は実在しない。現在、赤紙は撤去されている。

2ちゃんねるに書き込みを行うウイルスがあり、一時は掲示板の機能がマヒするほど流行することもある。このウイルスの対策のため同人板は名無しで書き込むことが出来ない。