前述の2ちゃんねらーが支持する団体人物と、非難する団体人物によりいくつかの矛盾点が存在する。
2ちゃんねらーが創価学会を強く非難してるのにも関わらず、多くの自民党の国会議員が創価学会の支援を受けて当選している。2008年には橋下徹大阪府知事も大阪で集票能力のある創価学会の支援を受けている[8]。一部の自民党の支持者には、「創価学会を政権から追い出すために、自民党を大勝させる必要がある」と主張する者もいて、創価学会を政権から追い出すために自民党に投票しようという主張も多く見られる。
現在、産経新聞は大阪府を中心とする大阪本社版以外での夕刊発行を、大阪以外での発行部数低下と販売店が少ない事を理由に停止している。大阪では産経新聞の販売店が多数存在し、勧誘員が多数いるのに対して、東京本社版など他地域ではいないに等しい状況になっている。大阪では産経は毎日を抜いてトップ3のシェアを獲得しており、東京で夕刊が廃止されたことを考えると大阪は産経新聞社にとってなくなってはこまる存在となっており、事実上大阪の購読者が産経新聞の経営を支えているという結果になっている。大阪を叩く2ちゃんねらーが産経新聞の記事に対して賞賛のレスを書くのに対して、なぜか大阪叩きをしているという矛盾が生まれている。大阪以外の地方人(東京人を含む)が産経を購読せず夕刊が廃止されたという状況を考えると、大阪叩きをしている者に産経新聞購読者が本当にいるのかという疑問が生じる。大阪叩きは「在日コリアンの日本分断工作だ」との陰謀論を唱えるものもいる。
各板で他者に対する誹謗中傷や私人のプライバシー暴露、個人・企業などを貶めるために嘘の情報を書き込む者は多い。他にも、ブラウザクラッシャーという有害なリンクや、グロテスクな死体の画像といった精神的苦痛を与えるリンク・いわゆる精神的ブラクラなどを掲示板に貼る人もいる。このため、対策・警戒を講じず無思慮にリンクへアクセスする（リンクを『踏む』と称する）ことは、これらの危険に晒される危険性がある。また、ある人物や企業へ損害を与えようとして、それらが管理する掲示板を荒らすように焚き付ける書き込みがなされたり、検定試験の問題を事前に漏らす者、面白半分で犯行予告を2ちゃんねるに書き込んで実際に逮捕される者、はたまたネオむぎ茶など現実に殺人などの犯罪を起こした者もいる。このため、2ちゃんねるを「犯罪者の巣窟」などと呼び批判する人は少なくない。これらの悪意のある利用者には、西村博之や各運営人もお手上げ状態であり、これが“管理されていない何でもありの掲示板群”という悪評に繋がっている。そればかりか、管理者側がむしろ誹謗中傷や荒らしに荷担しているとの批判もある（外部リンク参照）。
管理者による自作自演荒らし説など、根拠のない批判もあるが、2ちゃんねるが外部荒らしの削除に対して消極的なのは事実である。非公開の個人情報を晒された場合や、誰が見ても荒らしをそそのかしていると明らかな場合以外は、まず削除に応じない。実質的に荒らしの原因になっていても、文面で明言しない限りは削除されることはまずないといってよい。これは、2ちゃんねるが『削除をできるだけ「しない」』ことを方針にしているからである（シスオペ参照）。そのため、結果的に悪意ある利用者に有利な規定になっている。
2ちゃんねらーとは呼ばれないが、スクリプトを使った宣伝広告をスレに貼り、2ちゃんねるのサーバに対して負荷を与える業者もいる。こういった作業を行うのは、多くがアダルトサイト業者である。2ちゃんねる管理側の対策としては、その業者が使っている特定のホスト名からプロバイダごと2ちゃんねるに書き込みをできなくさせる設定を行うために、偶然にもその業者と同じプロバイダを使っている個人が、連帯責任を負わされるような状態にされてしまう（具体的には、書き込みが不可になる）ケースが多い。
この他に、自説や自身が支持する政党等を宣伝する為か、同じ内容のレスを何度もコピペして書き込むという迷惑行為が横行している。こういった行為に普通の利用者たちは非常に迷惑している。
詳細・具体例は2ちゃんねるの歴史、「 ⇒2ちゃんねる発の逮捕者」を参照。
ネットウォッチ板など一部の板では、ネットウォッチ（ヲチ）と称してサイトの管理人を挑発、荒らしなどの行為を募るスレッドが立ち、閉鎖にまで追い込まれるケースがある。