戦後まもなく、明治2年（1869年）11月22日に黒田は中山清（せい）と結婚した。樺太でのロシアの圧力が増したため、明治3年（1870年）5月に樺太専任の開拓次官となった。7月から樺太に赴き、現地のロシア官吏との関係を調整し、北海道を視察して、帰京した。10月20日に建議して、樺太は3年も持たないとし、北海道の開拓に本腰を入れなければならないと論じた。
明治4年（1871年）1月から5月まで、アメリカ合衆国とヨーロッパ諸国を旅行した。旅行中、米国の農務長官ホーレス・ケプロンが黒田に会って顧問に赴くことを承諾し、他多数のお雇い外国人の招請の道を開いた。帰国後、10月15日に開拓使長官東久世通禧が辞任した後は、次官のまま開拓使の頂点に立った。明治7年（1874年）6月23日、陸軍中将となり、北海道屯田憲兵事務総理を命じられた。同年8月2日、参議兼開拓長官となった。黒田は榎本ら箱館で降った旧幕臣を開拓使に登用した。
黒田はケプロンの献策にもとづき基盤整備事業を起こしたが、たちまち支出超過を招いた。これに苦慮した黒田は、明治6年（1873年）に事業を縮小し、即効性を求めて産業振興に重点を移した。
明治6年の征韓論に際して、黒田は内治重視の立場から西郷らに反対した。明治7年（1874年）の台湾出兵に際してもロシアの脅威をあげて不可の立場をとり、出兵後には清国との全面戦争を避けるため速やかに外交交渉に入ることを唱えた。この年、ロシアとの交渉にあたって黒田は榎本武揚を使節に推薦して容れられ、榎本が特命全権公使として樺太・千島交換条約の交渉と締結にあたった。黒田の方は、1875年の江華島事件をきっかけに、1876年2月に朝鮮と交渉する全権弁理大臣となり、日朝修好条規を締結した。
樺太と千島は開拓使の管轄であるから、受理と明け渡しは黒田の職務であった。このとき黒田は樺太アイヌを北海道に強制移住させた。札幌本庁を預かっていた松本十郎は、強制移住に反対して辞任した。
明治10年（1877年）に西南戦争が起きると、黒田は2月に海路鹿児島に至ってここを確保し、いったん長崎に引き上げた。3月14日に征討参軍に任命された。このとき熊本城は包囲され、北から来る山縣有朋の主力軍が解囲戦に苦戦していた。黒田は敵の背後をつくため八代付近に上陸し、3月30日から交戦をはじめ、前進を続けて4月15日に熊本城に入った。翌16日、山縣と合流した当日に自らの辞任を請い、23日に辞令を受け取った。開拓使で黒田が育てた屯田兵は、入れ替わりに戦線に到着し、以後の戦闘で活躍した。
明治11年（1878年）3月28日、肺を患っていた妻の清が死んだ。このとき、黒田が酔って妻を殺したのだという噂が流れたため、大警視川路利良は清の墓を開け、病死であることを確認した。これについては、川路も薩摩出身であり、黒田をかばったという見方もある。黒田はこの頃より酒を過ごすことが多く、酔って怒気を発することがあった。同年5月に大久保利通が暗殺されると、黒田は薩摩藩閥の最有力者とみられるようになった。
明治14年（1881年）に開拓使の廃止方針が固まると、黒田は開拓使の官営事業の継続のため、官吏を退職させて企業を起こし、これに官営事業の設備を払い下げる計画を立てた。このとき事業が赤字であったことを理由に、非常な安値を付けた。黒田は、事業には私利で動かない官吏出身者をあてるべきだとして優遇を弁護したが、払い下げの規則を作った大隈重信が反対した。黒田の払い下げ計画が新聞報道されると、在野はこれを薩摩出身の政商五代友厚のたくらみによるものだとして、激しく非難した。大隈が情報を流したせいだと考えた伊藤・黒田ら薩長閥は、明治十四年の政変で大隈を失脚させた。しかし払い下げは中止になり、黒田は開拓長官を辞めて内閣顧問の閑職に退いた。
醜聞と疑獄事件は後々まで世人に記憶され、黒田の名声を傷つけた。しかし薩摩閥の重鎮たることは変わらず、明治20年（1887年）に第1次伊藤内閣の農商務大臣となり、伊藤の後をうけて明治21年（1888年）4月に二人目の内閣総理大臣となった。在任中もっとも大きな事件は、大日本帝国憲法の発布であったが、黒田自身は憲法制定に深く関与しなかった。この憲法公布の翌日、鹿鳴館において、「政府は議会・政党の意思に制約されることなく独自性を貫くべき」とする主張、いわゆる超然主義を表明する超然主義演説を行っている。黒田内閣は、大隈重信が主導した不平等条約改正交渉の失敗によって大隈が襲撃され、翌明治22年 （1889年）10月に倒れた。改正の条件に外国人の裁判官をおくという別の不平等をもってきたことが、国内の反対を受けたのである（辞職後2ヶ月間三条實美内大臣が首相を兼任）。なお、この時に、条約改正案に反対した井上馨への鬱積から、酒に酔ったまま井上邸内に忍び込むという事件（1889年12月15日夜）を起こして政府内から非難を浴びて謹慎している。
首相辞任後、黒田は枢密顧問官になった。明治25年（1892年）8月8日、第2次伊藤内閣の逓信大臣になった。伊藤内閣のもとで日清戦争が起こったが、特に活躍することなく、明治28年（1895年）に枢密院議長となった。明治26年（1893年）から体の不調が募り、仕事に支障をきたすことが多くなった。明治33年（1900年）8月23日、脳出血で死去した。葬儀委員長は榎本武揚であった。
薩摩閥の重鎮とはいえ、醜聞と疑獄事件で晩年は浮いた存在となり、同郷の人々は離れていった。代わって旧幕臣との付き合いが濃密となり、特に外交分野などでは榎本武揚を重用するようになった。黒田の死に際し榎本が葬儀委員長を務めたのも、薩摩の人々が黒田を敬遠したためと見られる。
参考文献
井黒弥太郎『黒田清隆』、吉川弘文館、1977年。
夜会の果て 水曜ドラマ (NHK)（演：江守徹）
発足したばかりの当時の内閣は閣議を開催する場所すらなく、各大臣が交替で自宅の一室を提供し、そこへ全大臣が集まり閣議を開いていた、といった史実に基づいた演出がされている。
関連項目
黒田内閣