「鹿児島」という名の由来は、野生の鹿の子（鹿児）が多く生息していたからとか、多くの水夫（かこ）が住んでいたから、火山を意味するカグという言葉から由来した等諸説ある。さらに、神話から来たという説もあり現在でもどれが正しいか確定していない。しかし、「カゴ」は崖という意味の古語であり、桜島の四方が崖になっていたので島名を鹿児島（麑嶋）と称する様になり、それが対岸の神社名（鹿児島神宮）として定着し、更には郡名に拡大したという説が有力である。

都市としての始まりは、島津家第6代当主島津氏久が東福寺城（鹿児島市清水町）を居城にしたとき（1340年頃）とみられる。1549年（天文18年）、フランシスコ・ザビエルが現在の市域に当たる場所（祇園之洲町）に上陸し、日本初のキリスト教伝来の地となる。

19世紀の中頃にはヨーロッパの機械文明を取り入れた研究が進み、第28代当主島津斉彬のもと集成館（現・尚古集成館）事業として反射炉や溶鉱炉が造られ、日本における近代工業化の発祥の地となり、近代日本の黎明期、明治維新において政治家、官僚、軍人等数多くの人物を輩出し、近代日本建設の礎となる。

中心市街地は、薩英戦争、西南戦争、第二次世界大戦と三度も壊滅的打撃を蒙ったため、城下町としての面影は殆ど残っていない。

近現代

1871年（明治4年）8月29日 廃藩置県により県庁所在地となる。

1889年（明治22年）4月1日 旧鹿児島城下46町及び旧近在の内1町3村の区域を以て市制施行。

1901年（明治34年）6月10日 市内初の鉄道路線となる鹿児島本線（現・日豊本線）国分-鹿児島間が開業。

1913年（大正2年）10月11日 川内線（現・鹿児島本線）が開業。

1914年（大正3年）1月12日 桜島が大噴火し、同時にマグニチュード7級の地震が発生。死者58名。これにより桜島は大隅半島と地続きになった（大正大噴火）。

1916年（大正5年）10月14日 日本で四番目である鴨池動物園（現・平川動物公園）が現在のダイエー鹿児島店敷地に開園。

1928年（昭和3年）7月1日 市内の路面電車路線を市営に移管し、鹿児島市電気局（現・鹿児島市交通局）が発足。

1934年（昭和10年）11月3日 全国で七番目、九州で最初に青果・水産を併せ持った鹿児島中央卸売市場が住吉町に完成。

1945年（昭和20年）6月17日 鹿児島大空襲。死者約2,300名。

1955年（昭和30年）山之口町などで公共下水道の供用開始。終末処理場を持つ公共下水道としては大阪市以西では最初で、同時に全国でも戦後最も早く工事に着手・完工し、戦中・戦後を含めて全国で7番目の公共下水道となる。

1967年（昭和42年）4月29日 南側に隣接する谷山市と合併し新制の鹿児島市に。

1980年（昭和55年）7月10日 人口50万人を突破。

1989年（平成元年） 市政施行100周年。

1993年（平成5年）6月12日より長期的な異常多雨。8月6日、甲突川が氾濫。死者・行方不明者81名。平成5年鹿児島大水害（いわゆる8.6水害）と呼ばれる。甲突川に架かる五石橋のうち、新上橋と武之橋が流出する。この年、鹿児島市では年降水量4,022mmを記録。

1996年（平成8年）4月1日 第一期の中核市に指定される。

1996年（平成8年）11月それまで山下町に在った県庁が鴨池新町に移転。

2003年（平成15年）1月24日 鹿児島郡吉田町、桜島町、日置郡松元町、郡山町、揖宿郡喜入町とともに鹿児島地区合併協議会を設置。

2004年（平成16年）11月1日 上記合併協議会の各町を編入。人口60万人を突破。

発祥

1549年（天文18年） キリスト教日本初伝来の地（フランシスコ・ザビエルの上陸により）。

1853年（嘉永6年） 日の丸発祥の地（第28代当主島津斉彬の幕府への提案により）。

1854年（安政元年） 国産第1号軍艦昇平丸竣工。

1857年（安政4年） 島津家の磯別邸（現・仙巌園）にて日本初のガス灯が灯る。

1865年（慶応元年） 日本初の活版印刷による英和辞書を著す。

1984年（昭和59年） 日本で初めてコアラの飼育が開始された（平川動物公園にて。他には、多摩動物公園・東山動物園がある）。