538年（宣化三年）に百済の聖明王が釈迦仏像や経論などを朝廷に贈り仏教が公伝されると、587年（用明二年）天皇の仏教帰依について物部守屋と蘇我馬子が対立。後の聖徳太子は蘇我氏側につき、物部氏を滅ぼした。物部氏を滅ぼして以降約半世紀の間、蘇我氏が大臣として権力を握った。588年（崇峻元年）には蘇我馬子が飛鳥に法興寺（飛鳥寺）の建立を始める。592年、蘇我馬子は東漢駒を遣い崇峻天皇を暗殺すると、女帝推古天皇を立てた。厩戸皇子（聖徳太子）が皇太子に立てられ摂政となった。604年（推古十二年）には、冠位十二階を制定し、聖徳太子が憲法十七条をつくり、仏教の興隆に力を注ぐなど、天皇中心の理想の国家体制づくりの礎を築いた。法隆寺金堂（西院伽藍）
607年、小野妹子らを隋に遣隋使として遣わして、隋の皇帝に日出る処の天子、書を日没する処の天子に致す。恙無きや。云々。(「日出處天子致書日沒處天子無恙云云」)の上表文（国書）をおくる。留学生・留学僧を隋に留学させて隋の文化を大いに取り入れて、国家の政治・文化の向上に努めた。620年（推古二十八年）には、聖徳太子は蘇我馬子と「天皇記・国記、臣連伴造国造百八十部併公民等本記」を記した。
国造制が、遅くとも推古朝頃には、全国的に行われていた。国造とは、王権に服属した各地の有力豪族に与えられた一種の称号で、ヤマト政権の地方官的な性格をもつものである。
聖徳太子と推古天皇が没した後は、蘇我蝦夷と子の蘇我入鹿（いるか）の専横ぶりが目立ったと日本書紀には記されている。推古天皇没後、皇位継承候補となったのは舒明天皇（田村皇子）と山背大兄王（聖徳太子の子）であった。蝦夷は推古の遺言を元に舒明を擁立するが、同族境部摩理勢は山背大兄を推したため、蝦夷に滅ぼされる。舒明の没後は、大后である宝皇女が皇極天皇として即位した。さらに蝦夷・入鹿の専横は激しくなり、蘇我蝦夷が自ら国政を執り、紫の冠を私用したことや643年聖徳太子の子山背大兄王一族（上宮王家）を滅ぼしたことなど、蘇我氏が政治をほしいままにした。
645年（皇極4年）の乙巳の変で、中大兄皇子・中臣鎌子（中臣鎌足）らが宮中（飛鳥板蓋宮）で蘇我入鹿を暗殺し、蘇我蝦夷を自殺に追いやり、半世紀も続いた蘇我氏の体制を滅ぼした。
新たに即位した孝徳天皇は次々と改革を進めていった（大化の改新）。日本書紀の記述によると、翌年（646年）正月には改新の詔を宣して、政治体制の改革を始めた。その後も、今までは蘇我氏の大臣一人だけの中央官制を左大臣・右大臣・内大臣の三人に改めた。東国等の国司に戸籍調査や田畑の調査を命じたとある。
孝徳天皇没後は、中大兄皇子が政治の実権を握った。中大兄皇子は何らかの理由により皇位にはつかず、母である皇極上皇を、再度即位（重祚）させた（斉明天皇）。斉明天皇没後も数年の間、皇位につかず皇太子の地位で政務に当たった（天皇の位につかず政務を執ることを称制という）。
663年、百済復興に助力するため朝鮮半島へ出兵したが、白村江（はくすきのえ）の戦いで新羅・唐連合軍に大敗した。そのことは当時の支配層にとっては大変な脅威であり、日本列島の各地に防衛施設を造り始めるきっかけとなった。664年（天智2年）筑紫に大宰府を守る水城を造り、対馬・隠岐・筑紫に防人や烽を置いた。666年（天智5年）には、百済人二千余人を東国へ移すなど、防衛施設の整備が進んだ。667年（天智6年）都城も防衛しやすい近江大津宮に移された。そのほか、大和に高安城、讃岐に屋島城、対馬に金田城が築かれている。
668年（天智7年）に皇太子中大兄皇子が即位して、天智天皇となる。
670年（天智9年）全国的な戸籍（庚午年籍）をつくり人民を把握する国内政策も推進した。また、東国に柵を造った。
天智天皇が没すると、天智の弟である大海人皇子（後の天武天皇）と、息子である大友皇子（明治時代に弘文天皇と諡号され、歴代に加えられる）との間で、争いが起こった。672年（弘文元）壬申の乱である。この戦いは、地方豪族の力も得て、最終的には大海人が勝利、即位し、天武天皇となった。天武天皇は、中央集権的な国家体制の整備に努めた。
672年の末に宮を飛鳥浄御原宮に移した。官人登用の法、甲子の宣の廃止、貴族・社寺の山・島・浦・林・池などの返還、畿外の豪族と才能のある百姓の任官への道を開き、官人の位階昇進の制度などを新設したりといった諸政を行った。
681年（天武10年）には、律令の編纂を開始した。5年後の686年（朱鳥元年）に天武は没する。8年後の689年（持統3年）に諸氏に令1部全22巻で構成される飛鳥浄御原令が制定される。律は編纂されず、唐律をそのまま用いたのではないかと考えられている。
人民支配のための本格的な戸籍づくりも開始される。690年（持統4年）には、庚寅年籍が造られ、「六年一造」の造籍の出発点となった。692年（持統6年）には、畿内に班田大夫を派遣し、公地公民制を基礎とした班田収授法を実施した。
