いずれも非隣接自治体同士が合併したための飛地である。飛地になる予定も含む。

既合併・既編入

北海道釧路市（2005年10月11日新設合併）（釧路市、阿寒町、音別町）

音別地区が飛地。


北海道伊達市（2006年3月1日編入合併）（伊達市、大滝村）

大滝地区が飛地。


北海道日高町（2006年3月1日新設合併）（門別町、日高町）

旧・日高町地区が飛地。合併前の門別町役場が新しい日高町役場になったため。


青森県中泊町（2005年3月28日新設合併）（中里町、小泊村）

小泊地区が飛地。


青森県五所川原市（2005年3月28日新設合併）（旧・五所川原市、金木町、市浦村）

市浦地区が飛地。


青森県外ヶ浜町（2005年3月28日新設合併）（蟹田町、平舘村、三厩村）

三厩地区が飛地。


群馬県高崎市（2006年1月23日編入合併）（高崎市、倉渕村、箕郷町、群馬町、新町：後に榛名町も編入）

新町地区が飛地。


群馬県桐生市（2005年6月13日編入合併）（桐生市、新里村、黒保根村）

新里地区・黒保根地区が飛地。


岐阜県可児市（2005年5月1日編入合併）（可児市、兼山町）

兼山地区が飛地。


岐阜県大垣市（2006年3月27日編入合併）（大垣市、上石津町、墨俣町）

上石津地区、墨俣地区が別々の飛地。


静岡県静岡市清水区蒲原（2006年3月31日編入合併）（静岡市、蒲原町）

蒲原地区が飛地。2008年11月1日、由比町編入で解消される予定。


徳島県三好市（2006年3月1日新設合併）（三野町、池田町、山城町、井川町、東祖谷山村、西祖谷山村）

三野地区が飛地。


鹿児島県奄美市（2006年3月20日新設合併）（名瀬市、笠利町、住用村）

笠利地区が飛地。

合併によるその他の飛地

北海道檜山支庁

かつて檜山支庁に属していた熊石町が、渡島支庁八雲町と2005年10月1日に合併。これに伴い、檜山支庁の管轄区域は2つに分断（離島を除く）された。

合併以外の事情により発生した飛地

沖縄県国頭郡今帰仁村の古宇利島

架橋により沖縄島と陸続きになったが、架橋で結ばれた先は名護市。橋の開通前は村の中心部付近の港までフェリーが運航していた。



長崎県松浦市の福島（旧福島町）

架橋により九州本土と陸続きになったが、架橋で結ばれた先は佐賀県伊万里市。長崎県側の港までフェリーは運航していないため、車は佐賀県経由になる。

過去に飛地だった地域

大阪府貝塚市清児新町

周囲は岸和田市尾生町、真上町、土生滝町、下松町。2007年1月1日、岸和田市尾生町に編入。

合併により解消された飛地

青森県むつ市宇曽利湖、恐山菩提寺周辺

周囲は、下北郡大畑町。

2005年3月14日の合併（大畑町・川内町・脇野沢村のむつ市編入）により飛地状態解消。


青森県弘前市大字国吉（等）

周囲は中津軽郡岩木町、相馬村、西目屋村。