設置に際しては、一般に利用し易いよう、また加熱調理中の食品の状態が目で確認し易いよう、目の高さかやや低い位置に置かれる傾向がある。一般の家電製品の中でも突出して電力を消費するものであるため、他の家電製品では無視されがちな部分にも注意が必要である。
1kW程度の電力を消費するので、電源系統の過負荷には注意する必要がある。電源も蛸足配線のような高電気抵抗配線やトラッキング火災を誘発させかねない状態は避けたほうがよい。
調理の際に水濡れなども起こりうるほか、高電圧を利用するため、漏電に伴う感電防止の観点からアースを取ることを、メーカーなどでも推奨している（無くても動くが正しい利用方法とは呼べない）。
かなり重く比較的高い位置に設置して使う機器なので、震災時に動いて思わぬ事故にならないよう耐震補強しておくとよい。
基本的に利用できる食器は、陶器・磁器（いわゆる「せともの」）のうち金箔・銀箔などを使っていないもの（色彩・装飾された皿は注意が必要である）か、MICROWAVABLEの刻印があるなど電子レンジ用であることが明記された耐熱ガラス器などである。合成樹脂容器の中にも電子レンジ対応のものが見られるが、こちらは内容物（油を含む食品など）によっては融けたり溶けたり（融解・溶解）する場合もあり、過度に熱しないよう注意が必要である。所定の利用方法が説明書などに示されている電子レンジ対応プラスチック容器は、それに従うようにする。
電子レンジはマイクロ波を使うため、金属箔（アルミ箔など）、金属粉を使った（装飾の金線・銀線など）陶器、沈金を施した漆器などは、火花を生じるので使用できない。漆器自体も塗装面が傷むので避けたほうがよい。
耐熱性の無いプラスチック容器を用いると、高温により変形することもある。特に油物を入れた発泡スチロール製のトレーでは溶解する場合がある。また、容器の材質によっては高温により可塑剤などの人体に有害な成分が食品に溶出する恐れもあるので、極力電子レンジ用の容器に移し替えて調理することが望ましい。
食品用ラップフィルムでも成分が溶出する製品も存在するので、電子レンジに利用するものは慎重に選ぶことが望ましい。また耐熱性の面から、ほとんどの製品には「油分の強い食品を直接包んで電子レンジに入れないでください」という注意書きがある。耐熱限度を超えたラップフィルムは溶融して食品に付着してしまう場合もある。
耐熱ガラス容器と混同され易い強化ガラス容器は、これに入れられた料理の加熱後にステンレス流し台の上に置くと、容器の底面接触部分だけが急速冷却された形になり、粉々に破砕することもある。2000年代に肉じゃがを加熱したガラス器がひとりでに粉砕したとしてニュースで取り上げられた。
調理
電子レンジ調理の際、食品から熱が伝達して容器が熱くなる場合があるので、容器の耐熱性や取り扱いには十分注意する。必要に応じて鍋掴みを用いたり、あら熱を取ってから食品を取り出すようにすることも火傷の事故を防ぐ手段となる。
密封された冷凍食品や透明袋入りのレトルト食品を加熱する場合は、パッケージの指示に従って、一部を切るなど、蒸気の逃げ場を作る必要があり、これを怠ると容器が破裂する場合もある。スナックフードなどプラスチック袋で包装されたものなども同様で、パンパンに膨れたパッケージを破る際には蒸気でやけどする場合があるため、加熱前に穴をあける。レトルトカレーなど遮光性を目的としたアルミ蒸着フィルム（不透明なもの）のレトルトに入った食品は加熱できないため、事前に陶器などの容器にあけて加熱する必要がある。
縦長のコップなどの深い容器で液体を加熱すると、突沸と呼ばれる沸点にある液体が外部からの振動などの刺激により、突然爆発したかのように沸騰する現象が発生する危険性があるので注意が必要である。加熱後に取り出そうとして突然の沸騰に驚いて容器を倒し、こぼれた中の液体で火傷する危険もある。基本的に、電子レンジで液体（飲み物）を沸騰させるようなことは避けた方が望ましい。湯を沸かすための広口の専用容器を附属している場合は、指定の容器を使うことが望ましい。
他にも、電子レンジ加熱に不向きな食品や、過剰な加熱でトラブルを起こす食品もある。
膜や殻で覆われているもの（鶏卵、銀杏、栗、ソーセージ、飴など）は破裂する危険があるので、これらの食品は極力電子レンジで調理しないこと。やむをえない場合は蒸気を逃がす穴や切れ目をつくる必要がある。殻が無くてもおでんの卵・スコッチエッグなど調理済みの卵料理も「加熱されたところほど固くなる」という性質もあり注意が必要。大きな塊の肉料理も過度に加熱すると破裂することがある（豚の角煮やラフテイなど）。
炭化した物（焦げのあるもの・焼き芋など）を長い時間温めると、スパークを起こして発火し調理中に燃え出す可能性がある。
加熱はできるが焦げ目はつかないため、トーストはうまく作れない。生地が乾燥し噛み切れなくなる。ただし冷凍食品の中には「焦げ目がつくよう工夫されたもの」も存在する。
なお、揚げ物料理（フライ・カツレツ・コロッケ・天ぷらなど）を温めなおす場合、クッキングシートと呼ばれる特殊加工された紙を皿の上に敷いて加熱すると比較的揚げ立ての風味（食感）を保ったまま加熱することが可能である。余剰な水蒸気がクッキングシートを通り抜け、皿の表面で結露しても揚げ物をふやかせることないためである。これは冷凍したパンの解凍においても同様であるが、加熱時間が長過ぎるとパンが乾燥してしまう場合もある。
食品の加熱・解凍以外の用途に電子レンジを使用することは、原則的に各製造メーカーは認めておらず、動作保証対象外である。こういった電子レンジ利用製品の中には、一定限度を超えて加熱すると破裂や発火の虞がある物もあるが、加熱時間は電子レンジ側の出力により変わることを知らないままに表示されている時間通りに加熱して、事故を起こす場合もある。
湿布や湯たんぽ・おしぼりなど調理以外の用途に電子レンジを使う商品も出回っているが、扱いは慎重に行う方が望ましい。破裂や内容物の漏出といった事例も報告されている。
ドライフラワーを作るのに電子レンジを利用する方法もあるが、こちらもメーカー側ではそのような用法を想定しておらず、トラブルは保証対象外である。
その他
「電子レンジ」という名前は、安全でスピーディーなこの装置を東海道本線の電車特急「こだま」（151系電車）に搭載する際、国鉄の担当者のひらめきによって命名されたのが最初とされる。