防衛庁の省への「昇格」を望む声の背景には、自衛官の士気向上や各国の国防組織（多くは省レベル）との均衡を図る、単に自衛隊の管理にとどまらず政策官庁とすることで防衛政策の推進を図る、などの目的があった。
また、防衛庁が「省」でないことによる実務上のデメリットとしては、防衛庁は内閣府（旧総理府）の外局であるために、所管する事務について制定する命令は防衛庁独自の名前で出すのではなく「内閣府令」として出すことになり、その制定・改廃ごとに内閣府本府の内閣府大臣官房に上申しなければならず、手続が繁雑で遅くなる、などの点が挙げられていた。なお防衛庁の主たる業務はあくまで自衛隊の管理であり、防衛政策全般は内閣府本府の所管とされていた。
士気や組織風土を問題にする議論で取り上げられたのが、防衛庁の組織上の特殊性である。防衛庁では、内局を中心とするいわゆる文官（「背広組」）と、三自衛隊を中心とする自衛官（「制服組」）に、職員が大別されるが、防衛庁の内部意思決定において「制服組」は立場が弱く、「背広組」に政策の主導権を握られてきた。
背広組にあっても、防衛庁採用の生え抜きよりも他省庁からの出向組（主に警察庁、財務省、経済産業省、厚生労働省など）が多く、長い間、主要なポストは出向者によって占められてきたので、政策決定過程が『百家争鳴』の体をなすと批判されてきた。また制服組との間でも深刻な軋轢があると言われ、このため深刻な弊害が生じているとの指摘が以前からなされてきた。
省への昇格を期待する声の中にはこうした問題の解消を省昇格によってはかろうとする考え、すなわち防衛庁を名目の上でも他の省と対等とすることで、他省庁の影響力を軽減し、これによって防衛庁生え抜き、特に「制服組」の発言力を高め、組織上の弊害も解消できるのではないか、と期待するものが見られた。
現在、制度面において、防衛参事官への制服組の登用など、従来の背広組による自衛隊統制を変化させようという動きは、省昇格の動きとは直接的には切り離されて、広く日本の防衛体制見直しの観点から検討されている。
しかし、日本の防衛体制の再構築の一環として省昇格を望む声の中には、米軍のアジアにおける戦力配置の後退、北朝鮮核問題などの、近年の日本を取り巻く国際軍事情勢の変化を念頭に、わが国の防衛体制再編のために省昇格は急務とするものもあり、省昇格賛成派の間において省昇格と防衛体制の再構築は不可分とみなす意見がみられた。
また、1990年代の自衛隊の海外活動が行われるようになり、日本の国防組織として内外への認知がなされていく中で、諸外国では国防をつかさどる行政機関は軒並み日本の「省」に相当するのに対し、日本だけが省の下部機関である「庁」を名称としているのは対外的に不均衡なので是正すべきであるとされた。
なお、省への昇格にあわせて、有事の際に自衛隊の出動命令等を新たな主任の大臣となる防衛大臣の独自判断で行えるようにすべきという意見もみられた。
ただしこれは、省昇格を支持する勢力の国会議員にあっても、文民統制尊重の観点から自衛隊に対する内閣総理大臣の最高指揮権限を残す（防衛担当の国務大臣の職務執行に対し一定の歯止めを残す）べきとの意見が多かったので、2006年の防衛庁設置法等の改正でも自衛隊の出動に関する権限は、最高指揮監督権、防衛出動の命令、治安出動の命令、海上における警備行動の承認を内閣の長である内閣総理大臣の権限とする従来の規定が維持された。
防衛庁の省への移行自体に対する反対意見としては、省への昇格は自衛隊の自衛以上の役割の拡大や、自衛隊を軍隊へ格上げしようとする動きであるというもの、省への昇格によって諸外国（特に中国や韓国などの近隣アジア諸国）に日本が軍備の増強、ひいては旧日本軍・軍国主義の復活をはかっているなどの批判を誘発することを危惧する声などがあった。また、「制服組」の発言力向上をはかりたいという意識と結びついた省昇格論への反発として、省昇格によって文民統制が脅かされるのではないか、という警戒論も見られた。
結果的には省昇格に直接ともなう制度上の変化はわずかなものに留まったが、省への昇格と活発化する日本の防衛体制の見直し論議に対する反対意見を複合させて、省昇格に対する否定的な意見は反自衛隊の色彩が強い市民団体などを中心に依然として見られる。例えば、「防衛庁の省昇格は、日本を再び軍国主義への第一歩に踏み出させるものではないか」といったものである。[4]
省移行後の名称に関して「庁」から「省」へそのまま移行した現在の「防衛省」の名称以外に、2005年4月に民主党から防衛庁の省昇格意見が出された際などには、「国防省」という名称にすべきという意見が見られた。
「国防省」という日本語は諸外国の国防行政機関の日本語訳名称として広く用いられていること、また、「防衛省という名称では何を防衛するのか不明瞭である」という理由をあげて「国防省」を推す者がいた[5]。
また、2005年末に防衛庁の「防衛省」移行が政治日程に上った際に、連立与党の公明党の中からは、「防衛省」という名称の軍事色を薄めるために「防衛国際平和省」や「防衛国際貢献省」という名称を推す意見もあった。
最終的には与党の合意のもと「防衛省」の名称で法案が提出された。野党の民主党・国民新党を含む賛成多数によって原案どおり可決、省の名称は「防衛省」となった。
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