内部部局
大臣官房
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防衛政策課
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国際協力課
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技術計画官
施設技術官
地方協力局
地方協力企画課
地方調整課
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防音対策課
補償課
施設管理課
提供施設課
労務管理課
沖縄調整官
調達官
審議会等
自衛隊員倫理審査会
防衛施設中央審議会
捕虜資格認定等審査会
独立行政法人評価委員会
防衛人事審議会
防衛調達審議会
特別の機関
統合幕僚監部
統合幕僚学校
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陸上自衛隊
海上自衛隊
航空自衛隊
情報本部
技術研究本部
装備施設本部
防衛監察本部
外国軍用品審判所
地方支分部局
地方防衛局
『MAMOR』（扶桑社刊） 防衛庁の時代には、広報誌として防衛弘済会が発行していた『セキュリタリアン』があったが、平成18年9月号を持って休刊となり、新たに『MAMOR』が2007年1月21日に創刊された。
漫画
『まんがで読む防衛白書』：将来の防衛に向けて子供向けに毎年製作している漫画冊子。防衛白書と同じく同省のサイト内で公開されている。
アニメ
『ディフェンス スリー3』：小中学生向けに製作した広報ビデオアニメ。
倫理啓発ビデオ
自衛隊員向けに倫理啓発ビデオを製作している。2007年3月に完成し、同年6月から全自衛隊員を対象に上映されている。皮肉にもビデオに登場する人物は、「ゴルフ接待漬けの上司」という設定であり、収賄で逮捕された守屋武昌にかけられた容疑をそのまま反映したかのようであった。
Youtube
インド洋における給油活動の様子を配信。
その他
防衛省本庁舎が存在する市ヶ谷駐屯地は、三島由紀夫が割腹自殺した三島事件でも知られる。
2007年11月28日、守屋武昌が東京地検の事情聴取を受け、山田洋行の元専務からゴルフ旅行などの接待を受けた見返りに防衛装備品の調達で便宜を図った疑いが強まったとして、妻と共に収賄容疑で逮捕された。それだけで終わらず守屋は庁の頃からゴルフ旅行などを行っており、かつての長官（久間章生、額賀福志郎）も事件の関与の疑いもあり、雑誌で庁へ格下げ論を取り上げられるなど国民の多くが日本の防衛機関に失望した。
脚注^ なお、防衛省への移行にともなって国際平和協力活動等の海外活動が自衛隊の本来任務化されているが、これは省への移行と直接関係はなく、省への移行にあわせて本来任務を追加したものである。
^ 「 ⇒衆議院TV」2006年11月30日（木） 本会議 防衛庁設置法等改正法案（164国会閣91）37:09?
^ 「 ⇒参議院インターネット審議中継 -ビデオライブラリ」2006年12月15日（金）本会議 教育基本法案（第164回国会閣法第89号）45:22?49:23
^ もっとも、3自衛隊の装備調達及び活動に際してこれらの者達が軍国主義の言葉を多用しているが、実際に軍国主義とは一般的に国際社会における協調主義、国連憲章に基づく平和主義を無視し、独裁政治（言論統制、基本的人権の剥奪など）、統制経済下において軍事力を積極的に行使する国家を指す事が通例であることに留意する必要がある。
^ 諸国の国防を所管する省庁の名称は、英語で表記すればMinistry (Department) of Defence (Defense) すなわち「防衛省」であり、国にあたる単語を含んでいるケースはカナダ、中国、韓国など少数である。