フランチャイズ制度の正式導入に伴い保護地域が兵庫県となったことから、1961年に社名を「株式会社阪神タイガース」、チーム名も阪神タイガースに変更した。しかし同年はチームの成績が低迷した上に、主力選手と度々衝突を繰り返した金田正泰がシーズン中に監督を解任されるなど、チームは混乱した。金田の後任として、巨人時代に7度のシーズン優勝を誇り、当時ヘッドコーチを務めていた藤本定義が監督に就任した。
1962年、藤本の下、小山、村山実の両エースの力投と遊撃手・吉田、三塁手・三宅秀史、二塁手・鎌田実らによる守りの野球で2リーグ分立後では初となる通算5度目のリーグ優勝を果たした。日本シリーズでは東映フライヤーズと対戦したが、2勝4敗1分で敗退した。村山の最高殊勲選手賞（MVP）選出が当時の慣行で日本シリーズ開催の直前に発表されたため、両輪として活躍した小山をはじめとして、チーム内の雰囲気が悪かったことが大きく影響したといわれる[要出典]。なお、シーズンMVP発表は翌年よりシリーズ後に変更された。
1964年、エース小山と大毎オリオンズの4番打者山内一弘とのトレードを成立させて打撃を強化する一方、ジーン・バッキーらが小山の穴を埋め、6度目の優勝を果たした。大洋ホエールズがあと1勝すれば優勝という絶体絶命のピンチに追い詰められながらも、最後に9連勝で逆転優勝を決めた奇跡的なシーズンであった。しかし、東京オリンピックの影響で早く始まった日本シリーズでは、南海ホークス相手に先に王手を掛けながらジョー・スタンカに2試合連続完封負けを喫し、3勝4敗で惜敗した。
1970年、村山が選手兼任監督に就任。江夏豊と田淵幸一の「黄金のバッテリー」や吉田からレギュラーを奪った藤田平といった個性的で人気と実力を兼ね備えた選手が揃ったが、当時は王貞治や長嶋茂雄ら群を抜いた戦力を持つ巨人が絶頂期を迎えており、優勝には手が届かなかった（1970年2位、1971年5位、1972年2位）。1972年に村山が監督の肩書のまま投手に専念したため、金田正泰が監督代行を務めている。村山はこの年限りで引退。
1973年、金田監督が復帰。同年、9連覇を目指す巨人と激しい優勝争いを行い、残り2試合で1勝すれば優勝というところまでこぎつけたものの中日球場での中日ドラゴンズ戦では星野仙一を攻略できずに2-4で敗れ、地元甲子園での最終戦では巨人に0-9と完敗して優勝を逃した。
1975年、吉田が監督に就任。優勝が期待されたが、エース江夏の不調などから3位に終わった。その年のオフに江夏を江本孟紀、島野育夫らとのトレードで南海へ放出。翌1976年は当時新記録のシーズン193本塁打など打撃陣は好調。ハル・ブリーデン、マイク・ラインバック、掛布雅之らの活躍により、巨人と激しく優勝争いを演じるが結局2ゲーム差の2位に終わる。1977年も序盤は好調だったが、中日戦で8勝18敗と負け越したことが大きく響いて、4位に。後藤次男監督時代の1978年には球団初の最下位に沈み、後藤は責任を取る形で辞任した。
1978年オフ、小津球団社長が就任。小津は低迷するチームの改革を図るためには大規模な改革が必要と考え、正捕手・4番打者の田淵とエース級の古沢憲司を西武ライオンズの竹之内雅史、真弓明信、若菜嘉晴との交換トレードで放出。さらに江川事件で巨人が江川卓と契約しようとすると、これに対抗してドラフト会議で江川を1位指名した。しかし巨人入団を強く望む江川との交渉に難航し、結局江川を巨人に移籍させ、その見返りとして巨人のエース・小林繁を獲得した。小林は翌1979年に巨人戦8勝を含む22勝を挙げる活躍をした。
1979年以降、ドン・ブレイザー、中西太、安藤統男が監督に就任したが、チーム成績は3〜5位が続いた。
1985年、吉田が監督に復帰。1番・真弓、3番・ランディ・バース、4番・掛布、5番・岡田彰布らの強力打線（第2次ダイナマイト打線）がシーズン219本塁打を記録。これは2004年に巨人に破られるまでセ・リーグ記録であった。また中西清起、福間納、山本和行らがリリーフ投手として大車輪の活躍をして、21年ぶりのリーグ優勝を果たした。また、日本シリーズで、4勝2敗で西武を下し日本一を達成した。同年の最優秀選手 (MVP) となったバースは同年、翌年にわたり、2年連続で三冠王を獲得した。なお、この年の8月12日に発生した日航機墜落事故で、当時の球団社長であった中埜肇が死去した。バースは翌1986年にシーズン打率.389・シーズン長打率.777・7試合連続本塁打・13試合連続打点の日本新記録をマークした。
1986年、掛布の骨折と主軸投手池田親興の負傷による長期戦線離脱、岡田などの主力選手の不振が影響し、夏のロードで広島・巨人との優勝争いから脱落して、3位。