以下の13市4郡10町がある。「町」の読みは、すべて「ちょう」。村は2005年10月1日の大島村の合併をもって消滅している。

長崎市（県庁所在地）

壱岐市

諫早市

雲仙市

大村市

五島市

西海市

佐世保市

島原市

対馬市

平戸市

松浦市

南島原市

西彼杵郡

長与町 - 時津町


東彼杵郡

波佐見町 - 川棚町 - 東彼杵町


北松浦郡

小値賀町 - 江迎町 - 鹿町町 - 佐々町


南松浦郡

新上五島町

すでに消滅した自治体

本項では記事がある市町村のみ掲載する。記事がないものについては、長崎県の廃止市町村一覧を参照のこと。

西彼杵郡 西彼町・大瀬戸町・西海町・崎戸町・大島町・外海町・香焼町・伊王島町・高島町・三和町・野母崎町・琴海町・多良見町

北高来郡 森山町・飯盛町・高来町・小長井町

南高来郡 国見町・瑞穂町・吾妻町・愛野町・千々石町・小浜町・南串山町・有明町・加津佐町・口之津町・南有馬町・北有馬町・西有家町・有家町・布津町・深江町

北松浦郡 大島村・生月町・田平町・福島町・鷹島町・吉井町・世知原町・宇久町・小佐々町

福江市

南松浦郡 富江町・三井楽町・岐宿町・奈留町・玉之浦町・上五島町・若松町・新魚目町・有川町・奈良尾町

上県郡 上県町・上対馬町・峰町

下県郡 厳原町・美津島町・豊玉町

壱岐郡 郷ノ浦町・勝本町・芦辺町・石田町

交通

航空

長崎県内の空港に就航している航空会社は以下のとおり。

オリエンタルエアブリッジ (ORC)

日本航空グループ (JAL)

全日本空輸グループ (ANA)

スカイネットアジア航空 (SNA)

空港
2005年度旅客数（日本の空港#乗降客数参照）

空港旅客合計国内線国際線
旅客数定期便旅客数定期便
長崎2,610,770人2,555,843人県外
東京・名古屋・