日本の銀行は、原則として日曜日、土曜日、国民の祝日、12月31日から翌年の1月3日までの日を休業日としている（銀行法第15条第1項、銀行法施行令第5条）。ただし、住宅ローンなどを扱うローンセンターのような部門では、土曜や日曜に営業する店舗もある。

かつては土曜日は午前中のみ営業していたが、1983年頃に第2土曜日が休業となり、1988年頃に全土曜日が休業となった。現金自動預け払い機（ATM）については、この流れで土曜日の14時までは自行キャッシュカードでの利用には手数料を取らなかったが、土曜日にも手数料を取る銀行が増えている。逆に、（埼玉）りそな・近畿大阪（りそなグループ）のように、夜間や休業日の自行カード手数料を全廃した銀行もある。

日本の銀行の問題点

審査能力の問題

長年不動産（物的）や保証人（人的）担保に融資をするビジネススタイルをとっていたため、外資系銀行に比べて企業資産の審査能力が低いとされ、近年は、プロジェクト・ファイナンスやM&A等で、企業の生み出すキャッシュフローにて企業価値の判断やそのリスク管理を行う審査制度の確立を急いでいる。

しかし、2007年から2008年にかけて、アメリカやヨーロッパの一流大手銀行が、軒並みサブプライムローン関連の証券化商品による巨額の損失を計上し、世界的な金融システム不安が発生する中で、「外国系銀行が審査能力が高い」とは、決して言えないことが露呈されている。

また、中小企業融資に際して審査の迅速化を目的に、書類提出のみで手続きが完結するスコアリング判定ビジネスローン（以下BL）を多くの銀行が展開したが、一方で提出書類を偽造した詐欺事件が発生し、銀行員自身の目利き能力の低下にもつながりかねないという問題も指摘されている。定量評価のみの機械的な与信判断で融資量を拡大したBLは、結果として不良債権を増加させることになった（メガバンクが相次いでBLを導入したのは、中小企業向け融資を拡大しなければならない金融庁の意向が反映していた側面もあり、事実、一時期、金融庁はスコアリング融資を各金融機関に推奨していたがその後とり止めている）2007年現在、りそな、三菱東京UFJの各行が相次いで新規取り扱いを停止している。


利益率の問題

大半の邦銀は、利益原資の8〜9割が預貸金利鞘であるが、この伝統的業務に依存するビジネスモデルでは利益率が低く（邦銀の純利益率は2005年現在、1%〜0.4%と外銀に比べ非常に低い）、さらに、間接金融から直接金融の流れの中で、縮小傾向である。

この為、一時期、三井住友銀行はプロミスに、三菱UFJフィナンシャル・グループはアコムといった様に、利益率の高いとされた消費者金融業（サラ金）に出資、グループ傘下にし、連結収益のかさ上げを図った。しかし、近年の出資法改正議論によるグレーゾーン金利撤廃の動きの中、2007年現在、相次いだ過払い金返還請求により、消費者金融業界はビジネスモデルの変更を余儀なくされている。

また、外銀のように利益に占める役務収益（M&Aや金融商品販売の手数料）割合の増加に力を入れているものの、短期での利益を追求するため、優越的地位の濫用を行い、意味合いの異なる金融商品を矢継ぎ早に客や取引先に半ば強引に、または損失リスクを告げずに売りつけて不利益を被らせることが多々ある。最近では、2005年に三井住友銀行法人営業部は、中小企業に融資する際、金利スワップ商品の購入を強要したため、公正取引委員会から排除勧告を、金融庁からは一部業務停止命令を受けた。


国際マーケットでの存在感

失われた10年の間に、多くの銀行が海外から撤退・縮小し、日本では強みがあるが外国では振るわない「お山の大将」「井の中の蛙」のようになっている。近年、メガバンクは、アジア圏を中心に再進出を図っているが、セグメント収益に占める海外割合は依然2割前後と低い。例えば、HSBCの欧州・香港外地域からの収益の比率、シティグループの米国外地域からの収益の比率は、いずれもおよそ50%である。


リレーションシップの問題

例えば、銀行員の人事異動サイクルは公務員同様、平均2〜3年である。この短いサイクルの理由は、横領や経済犯罪（浮き貸しなど）を防ぐためである。しかし、バブル景気崩壊以降は、無理な融資や、十分な査定を行わなかったために不良債権となった融資などの責任の所在を不明瞭にするための隠れ蓑に利用される場合があるとされる。

耐震偽装問題における被害者の住宅ローン（※1）、保険会社が倒産した変額保険ローンやゴルフ場が倒産したゴルフ会員権ローン（※2）等の、返済が免責されない、などの問題がある。※1　アメリカでは、住居が瑕疵等で不動産担保としての価値が無くなればローンが法的に免責になる。これは、アメリカの住宅ローン制度が、担保物件以上に債務が訴求しないノンリコースローンとして“ローンの返済をしなくても、家を返せば完済となる” ⇒2008年1月21日付J-CASTニュース（枝川二郎のマネーの虎-借りてはいけない住宅ローン）仕組であり、銀行自身もローンの価格変動リスクを負うためである。ただし、不動産取引においてその担保価値の品質保証としてエスクロー制度が利用され、また、住宅ローンはすぐに証券化されモーゲージブローカによって有価証券として取引される。ローン免責が可能な背景には、法制度の前提として、制度的にその品質管理能力とリスクの分散が図られている点に留意が必要である。日本の場合は、そもそも検査機関の能力が不十分であり、不動産証券化も途についたばかりである。さらに、法的にも免責される制度はない（例えば、通常の売買契約で、耐震偽装問題のように商品に瑕疵また契約に錯誤・無効・詐欺がると、買主は、民法571条により担保責任との同時履行を主張して代金の支払を拒める。しかし、割賦購入斡旋、この場合の住宅ローンでは、売買と立替払契約とが別々になされているため、買主の売主に対する抗弁、つまり支払拒否が銀行に対して主張しうるかという問題が生ずる。判例による結論から言えば、信義則違反、つまり銀行が売主と密接不可分な関係であったことを買主が証明しない限り、その支払義務は免責されない）。※2　前述の住宅ローンと同様に免責がなされないが、これらは主にバブル期を中心に業者と銀行が一体となって販売を推進したため、より銀行の責任が大きいと言え、実際に各地でローン無効の訴訟が提起されている。


CSRの問題

また、2006年3月期決算は、各メガバンクともバブル期を上回る利益（もっとも、前年度の貸倒引当金戻入益の計上があるため、一時的な数字である）をあげた。朝日新聞は2006年11月26日付の社説で、預金者への利益還元のあり方、特に、手数料やサービスの是正が進んでいない、と主張した。一方、2006年より三菱東京UFJ銀行をはじめとする三菱UFJフィナンシャル・グループは、自行ATM及びコンビニATM（イーネット、ローソンATM、セブン銀行）での振込手数料の一部を無料化した（窓口振込、ATMでの現金による振込、三菱東京UFJダイレクト（有人対応分）による振込、他行あては対象外。