醤油は醤（ひしお）の一種である。醤は、広義には「食品の塩漬け」のことを指す。紀元前8世紀頃の「周礼」で、「醤」という漢字が初めて使われた。この醤は肉の塩漬けだったようである。
文献上で日本の「醤」の歴史をたどると、701年の「大宝律令」には、醤を扱う「主醤」という官職名が見える。また923年公布の「延喜式」には大豆3石から醤1石5斗が得られることが記されており、この時代、京都には醤を製造・販売する者がいたことが分かっている。また和名抄では、「醢」の項目にて「肉比志保」「之々比之保」（ししひしほ）についてふれており、「醤」の項目では豆を使って作る「豆醢」についても解説している。
醤はその素材により、
乾肉の塩漬け（ジャーキーのようなもの）は「肉醤」（ししびしお）
魚の塩辛は「魚醤」（うおびしお）
果物や野菜の塩漬けは「草醤」（くさびしお）
穀物からつくった一種の味噌は「穀醤」（こくびしお[要出典]。重箱読みがこの時代なかったとすれば、「こくしょう」か）
と呼んで区別された[要出典]。ここで言う「うおびしお」は魚醤（ぎょしょう）とは異なる。区別のためにここではひらがな表記とする。
なお、江戸時代の和漢三才図会では「魚醢」と書いて「しゝひしを」と訓じ、魚の塩辛類を指している。
「うおびしお」は、イカや魚の塩漬けで、イカの塩辛などもその一種である。「くさびしお」は、現在で言うところの「漬物」である。日本における醤の起源は、魚や植物を塩漬けにして保存した縄文時代まで遡ることができると言える。
醤油は麹を用いて製造することが特徴である。麹を用いた発酵食品は5 - 6世紀頃に中国で発明されたと考えられている。ちなみに500年頃の中国の『斉民要術』には、現代の日本の醤油に似た醤の製造法が記述されている。
現在の醤油の直接の起源は金山寺味噌とされる。
伝承によれば、13世紀頃、南宋鎮江（現中国江蘇省鎮江市）の金山寺で作られていた、刻んだ野菜を味噌につけ込む金山寺味噌の製法を、紀州（和歌山県）の由良興国寺の開祖法燈円明國師（ほうとうえんめいこくし）が日本に伝え、湯浅周辺で金山寺味噌作りが広まった。この味噌の溜（たまり）を調味料としたものが、現代につながるたまり醤油の原型とされている。ただし、この伝承を直接裏付ける史料は見つかっていない。
なお、「たまり」の文献上の初出は1603年に刊行された『日葡辞書』で、同書には「Tamari. Miso（味噌）から取る、非常においしい液体で、食物の調理に用いられるもの」と記述されている。また、同書で「醤油」の別名とされている「スタテ（簀立）」が、1548年成立の古辞書『運歩色葉集』に「簀立 スタテ 味噌汁立簀取之也」と記されていることも、醤油の成立を考える上でともども注目される。
日本国外への醤油の輸出は1647年にオランダ東インド会社によって開始された。伝承によればルイ14世の宮廷料理でも使われたという。フランスでの日本産醤油に関する記述は、『百科全書』（1765年）に現れる。当時の記録によると腐敗防止のために、醤油を一旦沸騰させて陶器に詰めて歴青で密封したという。用いられたビンは「コンプラ瓶」と呼ばれた陶器の瓶であり、多数が現存する。
濃口醤油・淡口醤油の登場うすくち醤油（左）、こいくち醤油（右）
江戸時代初期までは、日本の醤油の主流はたまり醤油で、主な産地は上記の湯浅に代表される近畿と讃岐（引田、小豆島）に集中していた。しかし、たまり醤油は製造開始から出荷まで3年かかり、生産量が需要に追いつかなかった。
1640年代頃、寛永年間、巨大な人口を抱えて醤油の一大消費地となっていた 江戸近辺において、1年で製造できる「こいくち醤油」が考案された。また1666年には、現在の兵庫県たつの市で円尾孫右兵衛が「うすくち醤油」を考案したと言われている。
明治以後、醸造技術及び企業形態の近代化が進む一方で、醤油が生活必需品である事に目をつけた政府が「醤油税」を導入。これは大正期まで続いた。
第二次大戦後、食糧難に伴い主原料の大豆が確保出来ず、日本の醤油製造は危機的状況に陥った。連合国軍最高司令官総司令部が醤油の重要性を理解せず、大豆を酸で加水分解した方が効率良く製造できるとの指導を行ったとも言われる。このため、苦肉の策として大豆の加水分解液を醤油に利用する方法が導入され、戦後しばらくの間はこうした醤油造りが続いた。
しかし、食糧事情の回復とともに本来の醤油造りが復活し、現在ではアミノ分解法等の製法は、ほとんど用いられていない。
現在、減塩食の流行や食事の欧米化に伴い、醤油の国内消費量は減少傾向にある。一方、日本人海外渡航者数の増加や、海外における健康食としての日本食の流行などにより、醤油の輸出量は増加していった。こうした状況を受け、キッコーマンはアメリカ合衆国に工場を建設するなど、醤油は国際的な調味料として愛好されている。
様々な醤油近年登場した「卵かけ飯専用醤油」台湾の醤油インドネシアのケチャップマニス中国の醤油
