都道府県の境界変更も、廃置分合と同じく法律（地方自治特別法）によることを原則とするが、次のような場合は「自ら変更する」こととなっている（地方自治法第6条第2項）。
都道府県の境界でもある市町村の境界に変更があったとき
都道府県の境界にわたって市町村の設置があったとき
この二つの場合においては、関係する市町村・都道府県が、それぞれ議会の議決を経て申請し、総務大臣が定めることとなる（ ⇒第7条第3項）。
従来地方公共団体の区域に属しなかった地域を市町村の区域に編入したとき
市町村の境界変更と同じく、市町村の区域に変更があったことに伴う変更であるからである。
一の市町村又は一の郡の全体が他の都道府県に編入されるとき（所属変更）も、都道府県の境界変更であり、前述のように法律によることとなる（昭和25年9月9日付け 自行発第203号）。
異なる都道府県に所属する市町村が廃止され、その区域に市町村が設置される場合は、関係する市町村・都道府県が、それぞれ議会の議決を経て申請し、総務大臣が定める（第7条第3項）。
従来、都道府県の境界を越える市町村の合体（複数の市町村を廃止して、その区域に新たに市町村を設置すること）にも、第6条第1項により、新たに制定される法律によるものとされていた（昭和28年6月29日付け 自行行発第195号）。
そのためもあり、2005年の長野県山口村と岐阜県中津川市との合併は、中津川市への編入という形をとることになった。 それを契機として、平成16年法律第57号による改正により、都道府県の境界にわたる市町村の境界変更の手続きと同様の簡易な手続きによることとされた。
北海道青森県岩手県宮城県秋田県山形県福島県茨城県栃木県群馬県埼玉県千葉県東京都神奈川県新潟県富山県石川県福井県山梨県長野県岐阜県静岡県愛知県三重県滋賀県京都府大阪府兵庫県奈良県和歌山県鳥取県島根県岡山県広島県山口県徳島県香川県愛媛県高知県福岡県佐賀県長崎県熊本県大分県宮崎県鹿児島県沖縄県
以下にJIS X 0401による都道府県コードの順番で日本の都道府県を挙列する。
北海道地方：北海道
東北地方：青森県 - 岩手県 - 宮城県 - 秋田県 - 山形県 - 福島県
関東地方：茨城県 - 栃木県 - 群馬県 - 埼玉県 - 千葉県 - 東京都 - 神奈川県
中部地方：新潟県 - 富山県 - 石川県 - 福井県 - 山梨県 - 長野県 - 岐阜県 - 静岡県 - 愛知県
近畿地方：三重県 - 滋賀県 - 京都府 - 大阪府 - 兵庫県 - 奈良県 - 和歌山県
中国地方：鳥取県 - 島根県 - 岡山県 - 広島県 - 山口県
四国地方：徳島県 - 香川県 - 愛媛県 - 高知県
九州地方：福岡県 - 佐賀県 - 長崎県 - 熊本県 - 大分県 - 宮崎県 - 鹿児島県
